转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004607; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002089-RA_Salv SmilChr02G004607 C2H2 XP_057791470.1 MP00608 AAAAACAGAGCA

可能结合的靶基因

9817 个结合位点 6398 个候选靶基因 第 41 / 128 下载 TSV

上一页 41 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001584 Chr01 NC_080387.1:29864320-29864331promoter 内 3790-3801 bp + 200 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 29864531-29866855(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAGAGAT
SmilChr01G003849 Chr01 NC_080387.1:56793122-56793133promoter 内 3721-3732 bp - 269 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 56793402-56795438(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TTCTCTGTTTTA
SmilChr01G005567 Chr01 NC_080387.1:72461012-72461023promoter 内 3721-3732 bp + 269 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 72458824-72460743(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CCCTCTGTTTCA
SmilChr01G004631 Chr01 NC_080387.1:64352278-64352289promoter 内 3596-3607 bp - 394 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 64349703-64351884(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TAAAACAGAGAA
SmilChr01G004722 Chr01 NC_080387.1:65420166-65420177promoter 内 3553-3564 bp - 437 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 65418099-65419729(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AGAAACAGAGAT
SmilChr01G004075 Chr01 NC_080387.1:59195426-59195437promoter 内 3518-3529 bp + 472 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 59195909-59201102(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TAAAACAGAGAA
SmilChr02G002569 Chr02 NC_080388.1:44700640-44700651promoter 内 3430-3441 bp - 560 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 44692150-44700080(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TAAAACAGAGAA
SmilChr03G000737 Chr03 NC_080389.1:8349544-8349555promoter 内 3392-3403 bp - 598 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 8350153-8351648(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TTCTCTGTTTTA
SmilChr02G004847 Chr02 NC_080388.1:70609194-70609205promoter 内 3283-3294 bp + 707 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 70609912-70613661(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TAAAACAGAGAA
SmilChr02G000351 Chr02 NC_080388.1:4529263-4529274promoter 内 3275-3286 bp + 715 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 4526416-4528548(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AACTCTGTTTTG
SmilChr01G000018 Chr01 NC_080387.1:374145-374156promoter 内 3253-3264 bp + 737 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 371113-373408(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 ATCTCTGTTTCT
SmilChr02G000288 Chr02 NC_080388.1:3672915-3672926promoter 内 3237-3248 bp - 753 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 3673679-3675762(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AACTCTGTTTTG
SmilChr03G000795 Chr03 NC_080389.1:9075055-9075066promoter 内 3175-3186 bp + 815 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 9069358-9074240(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 ATCTCTGTTTTT
SmilChr01G004403 Chr01 NC_080387.1:62144495-62144506promoter 内 3156-3167 bp + 834 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 62138438-62143661(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AACTCTGTTTTG
SmilChr01G000108 Chr01 NC_080387.1:1851808-1851819promoter 内 3144-3155 bp - 846 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 1852665-1854729(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 ATCTCTGTTTCT
SmilChr02G002478 Chr02 NC_080388.1:43165369-43165380promoter 内 3079-3090 bp + 911 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 43161796-43164458(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GTCTCTGTTTCG
SmilChr02G002320 Chr02 NC_080388.1:40869808-40869819promoter 内 2976-2987 bp + 1014 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 40870833-40873277(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CAAAACAGAGAC
SmilChr02G004544 Chr02 NC_080388.1:68002983-68002994promoter 内 2893-2904 bp + 1097 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 67993430-68001886(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GTCTCTGTTTTG
SmilChr01G002598 Chr01 NC_080387.1:44155483-44155494promoter 内 2871-2882 bp + 1119 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 44146211-44154364(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GTCTCTGTTTTG
SmilChr02G003147 Chr02 NC_080388.1:52486714-52486725promoter 内 2855-2866 bp - 1135 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 52483738-52485579(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AGAAACAGAGAT
SmilChr02G003384 Chr02 NC_080388.1:54958023-54958034promoter 内 2732-2743 bp + 1258 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 54954313-54956765(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 ATCTCTGTTTCT
SmilChr02G003581 Chr02 NC_080388.1:56974611-56974622promoter 内 2673-2684 bp - 1317 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 56970000-56973294(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GGAAACAGAGAC
SmilChr01G006001 Chr01 NC_080387.1:75588653-75588664promoter 内 2581-2592 bp + 1409 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 75590073-75592161(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGAAACAGAGAA
SmilChr02G005517 Chr02 NC_080388.1:75285476-75285487promoter 内 2562-2573 bp + 1428 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 75286915-75287274(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGAAACAGAGAA
SmilChr01G000639 Chr01 NC_080387.1:14366993-14367004promoter 内 2414-2425 bp - 1576 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 14368580-14375203(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GTCTCTGTTTTG
SmilChr01G003207 Chr01 NC_080387.1:50855194-50855205promoter 内 2362-2373 bp - 1628 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 50856833-50858826(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TTCTCTGTTTTA
SmilChr02G000982 Chr02 NC_080388.1:17270147-17270158promoter 内 2346-2357 bp - 1644 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 17271802-17274084(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CCCTCTGTTTCA
SmilChr02G000125 Chr02 NC_080388.1:1703565-1703576promoter 内 2280-2291 bp + 1710 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 1705286-1708522(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGAAACAGAGAA
SmilChr03G000709 Chr03 NC_080389.1:7887316-7887327promoter 内 2278-2289 bp + 1712 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 7878409-7885604(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GTCTCTGTTTTG
SmilChr03G000014 Chr03 NC_080389.1:141732-141743promoter 内 2144-2155 bp + 1846 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 143589-147616(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TAAAACAGAGAA
SmilChr03G000710 Chr03 NC_080389.1:7887316-7887327promoter 内 2093-2104 bp + 1897 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 7889224-7889565(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CAAAACAGAGAC
SmilChr02G005068 Chr02 NC_080388.1:72346921-72346932promoter 内 2066-2077 bp - 1924 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 72342434-72344997(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TAAAACAGAGAA
SmilChr02G000521 Chr02 NC_080388.1:7161279-7161290promoter 内 2061-2072 bp + 1929 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 7163219-7165430(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAGAGAT
SmilChr02G000352 Chr02 NC_080388.1:4529263-4529274promoter 内 2006-2017 bp + 1984 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 4531258-4532840(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CAAAACAGAGTT
SmilChr02G000287 Chr02 NC_080388.1:3672915-3672926promoter 内 1987-1998 bp - 2003 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 3669304-3670912(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CAAAACAGAGTT
SmilChr02G003800 Chr02 NC_080388.1:59634325-59634336promoter 内 1880-1891 bp + 2110 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 59631682-59632215(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TTCTCTGTTTTA
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