转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G002885; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022980-RA_Salv SmilChr01G002885 ERF XP_057767601.1 MP00151 ATGGACGGTGGAGG

可能结合的靶基因

9976 个结合位点 6907 个候选靶基因 第 44 / 139 下载 TSV

上一页 44 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005129 Chr01 NC_080387.1:69084133-69084146promoter 内 3204-3217 bp - 784 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 69078077-69083349(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr06G002882 Chr06 NC_080392.1:41632726-41632739promoter 内 3204-3217 bp - 784 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 41630437-41631942(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr03G000587 Chr03 NC_080389.1:6533550-6533563promoter 内 3203-3216 bp - 785 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 6527470-6532765(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr03G003809 Chr03 NC_080389.1:57152980-57152993promoter 内 3202-3215 bp + 786 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 57149189-57152194(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCTCCGTCCAC
SmilChr04G003696 Chr04 NC_080390.1:53331435-53331448promoter 内 3195-3208 bp + 793 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 53332241-53333104(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr02G002079 Chr02 NC_080388.1:37375113-37375126promoter 内 3193-3206 bp - 795 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 37372666-37374318(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr03G004181 Chr03 NC_080389.1:60533633-60533646promoter 内 3174-3187 bp + 814 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 60534460-60538815(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr02G001364 Chr02 NC_080388.1:25621942-25621955promoter 内 3172-3185 bp - 816 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 25615077-25621126(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr02G000344 Chr02 NC_080388.1:4495774-4495787promoter 内 3163-3176 bp - 825 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 4492434-4494949(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr06G002206 Chr06 NC_080392.1:30636077-30636090promoter 内 3161-3174 bp + 827 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 30636917-30638254(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr01G005095 Chr01 NC_080387.1:68791504-68791517promoter 内 3153-3166 bp - 835 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 68790592-68790669(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr02G002641 Chr02 NC_080388.1:45822672-45822685promoter 内 3152-3165 bp - 836 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 45823521-45826770(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CGTTCGCCGTCCAT
SmilChr03G000431 Chr03 NC_080389.1:4670015-4670028promoter 内 3150-3163 bp + 838 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 4668593-4669177(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCTCCGTCCAC
SmilChr06G000364 Chr06 NC_080392.1:2774272-2774285promoter 内 3142-3155 bp + 846 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 2775131-2783777(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr02G003936 Chr02 NC_080388.1:61436849-61436862promoter 内 3141-3154 bp - 847 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 61434867-61436002(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr03G003380 Chr03 NC_080389.1:52156690-52156703promoter 内 3138-3151 bp - 850 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 52144526-52155840(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr03G002600 Chr03 NC_080389.1:41296182-41296195promoter 内 3124-3137 bp + 864 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 41297059-41300263(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr03G003445 Chr03 NC_080389.1:52815557-52815570promoter 内 3121-3134 bp - 867 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 52816437-52820917(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCTCCGTCCAC
SmilChr06G001233 Chr06 NC_080392.1:12725942-12725955promoter 内 3117-3130 bp + 871 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 12719820-12725071(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCGCCACCGTCTAG
SmilChr04G001869 Chr04 NC_080390.1:30501451-30501464promoter 内 3095-3108 bp - 893 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 30496658-30500558(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr02G002613 Chr02 NC_080388.1:45306289-45306302promoter 内 3092-3105 bp + 896 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 45307198-45309376(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr04G003408 Chr04 NC_080390.1:50683704-50683717promoter 内 3090-3103 bp + 898 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 50662333-50682806(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCTCCGTCCAC
SmilChr03G004536 Chr03 NC_080389.1:63393819-63393832promoter 内 3083-3096 bp - 905 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 63392106-63392914(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr05G000827 Chr05 NC_080391.1:6487917-6487930promoter 内 3080-3093 bp - 908 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 6485898-6487009(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr05G001025 Chr05 NC_080391.1:8407688-8407701promoter 内 3079-3092 bp + 909 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 8408610-8411944(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr03G003945 Chr03 NC_080389.1:58517063-58517076promoter 内 3070-3083 bp + 918 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 58517994-58598431(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr01G000803 Chr01 NC_080387.1:17332950-17332963promoter 内 3061-3074 bp - 927 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 17333890-17338222(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCTCCGTCCAC
SmilChr06G001946 Chr06 NC_080392.1:24007257-24007270promoter 内 3058-3071 bp + 930 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 24008200-24026207(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr01G003057 Chr01 NC_080387.1:49479455-49479468promoter 内 3051-3064 bp - 937 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 49477247-49478518(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr01G005042 Chr01 NC_080387.1:68351637-68351650promoter 内 3046-3059 bp + 942 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 68343649-68350695(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCTCCGTCCAC
SmilChr04G003968 Chr04 NC_080390.1:55155884-55155897promoter 内 3041-3054 bp + 947 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 55156844-55158172(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr05G002229 Chr05 NC_080391.1:23848443-23848456promoter 内 3034-3047 bp + 954 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 23849410-23854261(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr04G000697 Chr04 NC_080390.1:8137863-8137876promoter 内 3026-3039 bp - 962 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 8136306-8136901(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr05G003311 Chr05 NC_080391.1:43376053-43376066promoter 内 3018-3031 bp + 970 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 43377036-43380032(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr02G004028 Chr02 NC_080388.1:62557757-62557770promoter 内 3012-3025 bp + 976 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 62558746-62562572(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr07G000972 Chr07 NC_080393.1:7044716-7044729promoter 内 3011-3024 bp + 977 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 7045706-7048433(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr04G003208 Chr04 NC_080390.1:48935335-48935348promoter 内 3008-3021 bp + 980 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 48936328-48941246(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr02G004975 Chr02 NC_080388.1:71639312-71639325promoter 内 3005-3018 bp + 983 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 71632567-71638329(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCTCCGTCCAC
SmilChr04G003018 Chr04 NC_080390.1:46563955-46563968promoter 内 3004-3017 bp - 984 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 46557291-46562971(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr02G001918 Chr02 NC_080388.1:35140172-35140185promoter 内 3001-3014 bp - 987 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 34532972-35139185(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr03G001429 Chr03 NC_080389.1:16954773-16954786promoter 内 3001-3014 bp - 987 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 16947341-16953786(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr02G001138 Chr02 NC_080388.1:20513213-20513226promoter 内 3000-3013 bp - 988 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 20509831-20512225(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr02G000792 Chr02 NC_080388.1:13060112-13060125promoter 内 2990-3003 bp + 998 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 13058344-13059114(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCTCCGTCCAC
SmilChr01G005966 Chr01 NC_080387.1:75371193-75371206promoter 内 2988-3001 bp + 1000 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 75372206-75373023(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr07G000989 Chr07 NC_080393.1:7209154-7209167promoter 内 2988-3001 bp - 1000 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 7210167-7213128(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCACCGTCCCA
SmilChr01G001996 Chr01 NC_080387.1:35427571-35427584promoter 内 2987-3000 bp + 1001 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 35428585-35432335(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr03G000734 Chr03 NC_080389.1:8292906-8292919promoter 内 2987-3000 bp - 1001 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 8291056-8291905(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr04G003337 Chr04 NC_080390.1:50039784-50039797promoter 内 2985-2998 bp + 1003 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 50040800-50043893(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr07G001250 Chr07 NC_080393.1:9647593-9647606promoter 内 2985-2998 bp - 1003 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 9634170-9646590(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr01G002473 Chr01 NC_080387.1:42462283-42462296promoter 内 2980-2993 bp - 1008 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 42455494-42461275(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG