转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G002048; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00024366-RA_Salv SmilChr06G002048 bHLH XP_057770293.1 MP00035 CCCACGTGC

可能结合的靶基因

9903 个结合位点 6618 个候选靶基因 第 47 / 133 下载 TSV

上一页 47 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000129 Chr02 NC_080388.1:1751051-1751059promoter 内 643-651 bp + 3350 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 3 1754409-1755279(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ACCACGTGG
SmilChr02G002236 Chr02 NC_080388.1:39693542-39693550promoter 内 463-471 bp - 3530 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 3 39697080-39698597(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCACGTGGT
SmilChr02G000038 Chr02 NC_080388.1:471365-471373promoter 内 393-401 bp - 3600 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 3 474973-478772(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGA
SmilChr02G003331 Chr02 NC_080388.1:54561766-54561774promoter 内 88-96 bp + 3905 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 3 54556216-54557861(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGA
SmilChr01G002497 Chr01 NC_080387.1:42783178-42783186promoter 内 41-49 bp + 3952 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 3 42787138-42790359(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ACCACGTGG
SmilChr01G001979 Chr01 NC_080387.1:35190881-35190889promoter 内 3989-3997 bp - 4 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 35189026-35190877(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TCCACGTGC
SmilChr01G003702 Chr01 NC_080387.1:55405593-55405601promoter 内 3919-3927 bp - 74 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 55403087-55405519(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ACCACGTGG
SmilChr01G002346 Chr01 NC_080387.1:40599202-40599210promoter 内 3868-3876 bp + 125 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 40593257-40599077(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCACGTGGT
SmilChr02G000643 Chr02 NC_080388.1:9724412-9724420promoter 内 3863-3871 bp + 130 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 9721651-9724282(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGA
SmilChr01G001963 Chr01 NC_080387.1:34963162-34963170promoter 内 3858-3866 bp - 135 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 34961171-34963027(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TCCACGTGC
SmilChr01G004009 Chr01 NC_080387.1:58507803-58507811promoter 内 3857-3865 bp - 136 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 58507947-58510160(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCACGTGGT
SmilChr01G000897 Chr01 NC_080387.1:19056426-19056434promoter 内 3778-3786 bp - 215 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 19056649-19058109(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCACGTGGT
SmilChr01G005702 Chr01 NC_080387.1:73265766-73265774promoter 内 3709-3717 bp + 284 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 73262006-73265482(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCACGTGGT
SmilChr01G002912 Chr01 NC_080387.1:47845346-47845354promoter 内 3690-3698 bp + 303 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 47841294-47845043(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGA
SmilChr03G004134 Chr03 NC_080389.1:60179821-60179829promoter 内 3661-3669 bp - 332 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 60180161-60183575(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCACGTGGT
SmilChr02G005539 Chr02 NC_080388.1:75417281-75417289promoter 内 3559-3567 bp + 434 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 75413636-75416847(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCACGTGGT
SmilChr03G003401 Chr03 NC_080389.1:52381848-52381856promoter 内 3475-3483 bp + 518 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 52382374-52388352(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ACCACGTGG
SmilChr02G005125 Chr02 NC_080388.1:72714298-72714306promoter 内 3420-3428 bp - 573 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 72714879-72730812(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCACGTGGT
SmilChr03G002287 Chr03 NC_080389.1:36070547-36070555promoter 内 3394-3402 bp - 599 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 36067534-36069948(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ACCACGTGG
SmilChr03G001122 Chr03 NC_080389.1:12919078-12919086promoter 内 3390-3398 bp - 603 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 12919689-12925466(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCACGTGGT
SmilChr02G005122 Chr02 NC_080388.1:72698637-72698645promoter 内 3355-3363 bp - 638 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 72699283-72703370(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCACGTGGT
SmilChr01G006075 Chr01 NC_080387.1:76204089-76204097promoter 内 3160-3168 bp - 833 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 76204930-76207442(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGA
SmilChr01G003697 Chr01 NC_080387.1:55350744-55350752promoter 内 3072-3080 bp - 921 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 55351673-55352897(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCACGTGGT
SmilChr03G004460 Chr03 NC_080389.1:62690026-62690034promoter 内 3063-3071 bp - 930 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 62687438-62689096(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ACCACGTGG
SmilChr02G000389 Chr02 NC_080388.1:4815782-4815790promoter 内 3019-3027 bp - 974 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 4816764-4820556(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGA
SmilChr02G000090 Chr02 NC_080388.1:1164386-1164394promoter 内 3005-3013 bp - 988 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 1165382-1170075(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCACGTGGT
SmilChr01G004491 Chr01 NC_080387.1:63054861-63054869promoter 内 2879-2887 bp - 1114 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 63052343-63053747(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TCCACGTGC
SmilChr02G003446 Chr02 NC_080388.1:55716415-55716423promoter 内 2872-2880 bp + 1121 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 55717544-55720811(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ACCACGTGG
SmilChr03G000130 Chr03 NC_080389.1:1420404-1420412promoter 内 2859-2867 bp - 1134 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 1418005-1419270(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TCCACGTGC
SmilChr02G004228 Chr02 NC_080388.1:64490995-64491003promoter 内 2813-2821 bp - 1180 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 64489743-64489815(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TCCACGTGC
SmilChr03G001121 Chr03 NC_080389.1:12919077-12919085promoter 内 2763-2771 bp + 1230 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 12913771-12917847(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCACGTGGT
SmilChr02G003838 Chr02 NC_080388.1:60070096-60070104promoter 内 2746-2754 bp + 1247 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 60067055-60068849(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCACGTGGT
SmilChr02G000519 Chr02 NC_080388.1:7156101-7156109promoter 内 2673-2681 bp + 1320 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 7153767-7154781(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCACGTGGT
SmilChr02G005540 Chr02 NC_080388.1:75417281-75417289promoter 内 2618-2626 bp + 1375 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 75418664-75420406(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ACCACGTGG
SmilChr02G000128 Chr02 NC_080388.1:1751051-1751059promoter 内 2601-2609 bp + 1392 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 1745405-1749659(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCACGTGGT
SmilChr02G004834 Chr02 NC_080388.1:70457993-70458001promoter 内 2568-2576 bp + 1425 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 70459426-70471260(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TCCACGTGC
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