转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004600; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007048-RA_Salv SmilChr02G004600 ARF XP_057791481.1 MP00574 ATCCGACAAA

可能结合的靶基因

9846 个结合位点 7302 个候选靶基因 第 51 / 147 下载 TSV

上一页 51 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003220 Chr01 NC_080387.1:50968445-50968454promoter 内 981-990 bp - 3011 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 50971465-50972430(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTTGTCGGAG
SmilChr04G000871 Chr04 NC_080390.1:11026969-11026978promoter 内 956-965 bp + 3036 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 11022968-11023933(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGGTT
SmilChr03G003346 Chr03 NC_080389.1:51778610-51778619promoter 内 948-957 bp + 3044 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 51781663-51784959(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTCCGACAAG
SmilChr02G004858 Chr02 NC_080388.1:70723618-70723627promoter 内 929-938 bp + 3063 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 70719282-70720555(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GCTGTCGGAT
SmilChr04G001660 Chr04 NC_080390.1:27562203-27562212promoter 内 928-937 bp - 3064 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 27565276-27583680(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGGTT
SmilChr02G003180 Chr02 NC_080388.1:52964685-52964694promoter 内 927-936 bp + 3065 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 52957826-52961620(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGGAA
SmilChr01G000935 Chr01 NC_080387.1:19832245-19832254promoter 内 910-919 bp + 3082 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 19827940-19829163(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATTGTCGGCG
SmilChr01G001932 Chr01 NC_080387.1:34479396-34479405promoter 内 907-916 bp - 3085 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 34482490-34484538(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGGTT
SmilChr01G002678 Chr01 NC_080387.1:44980588-44980597promoter 内 890-899 bp - 3102 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 44983699-44992343(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTTGTCGGAT
SmilChr01G005810 Chr01 NC_080387.1:74127022-74127031promoter 内 883-892 bp - 3109 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 74123288-74123913(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTCCGACAGG
SmilChr01G002170 Chr01 NC_080387.1:37805299-37805308promoter 内 876-885 bp + 3116 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 37799636-37802183(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTTGTCGGAG
SmilChr04G002306 Chr04 NC_080390.1:37333827-37333836promoter 内 875-884 bp + 3117 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 37336953-37339538(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 AGCCGACAAT
SmilChr01G004088 Chr01 NC_080387.1:59284584-59284593promoter 内 870-879 bp + 3122 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 59287715-59289915(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TGGCGACAAA
SmilChr02G001261 Chr02 NC_080388.1:23116454-23116463promoter 内 869-878 bp + 3123 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 23119586-23122429(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTCCGACAAC
SmilChr03G002541 Chr03 NC_080389.1:40572393-40572402promoter 内 868-877 bp - 3124 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 40575526-40577406(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATTGTCGGCG
SmilChr02G003360 Chr02 NC_080388.1:54735015-54735024promoter 内 865-874 bp + 3127 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 54738151-54742587(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTCCGACACG
SmilChr03G002966 Chr03 NC_080389.1:46411612-46411621promoter 内 863-872 bp - 3129 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 46399994-46408483(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTCCGACACG
SmilChr01G002024 Chr01 NC_080387.1:35798129-35798138promoter 内 841-850 bp - 3151 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 35793992-35794978(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 AGCCGACAAT
SmilChr01G003560 Chr01 NC_080387.1:54210046-54210055promoter 内 833-842 bp - 3159 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 54203024-54206887(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 AACCGACAAA
SmilChr01G005194 Chr01 NC_080387.1:69635116-69635125promoter 内 828-837 bp + 3164 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 69627145-69631952(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTTGTCGGAT
SmilChr03G001046 Chr03 NC_080389.1:12193634-12193643promoter 内 828-837 bp + 3164 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 12187211-12190470(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CGTGTCGGAG
SmilChr03G002873 Chr03 NC_080389.1:45410305-45410314promoter 内 825-834 bp + 3167 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 45395002-45407138(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGGAA
SmilChr03G003738 Chr03 NC_080389.1:56399767-56399776promoter 内 819-828 bp - 3173 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 56389572-56396594(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTCCGACAAA
SmilChr01G000733 Chr01 NC_080387.1:16295933-16295942promoter 内 811-820 bp - 3181 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 16289859-16292752(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 AGCCGACAAT
SmilChr04G001556 Chr04 NC_080390.1:25755102-25755111promoter 内 788-797 bp - 3204 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 25758315-25760192(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CGTGTCGGAG
SmilChr03G003344 Chr03 NC_080389.1:51778610-51778619promoter 内 782-791 bp + 3210 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 51767952-51775400(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTTGTCGGAC
SmilChr02G005315 Chr02 NC_080388.1:74035820-74035829promoter 内 765-774 bp + 3227 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 74039056-74041937(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTCCGACAAA
SmilChr03G003474 Chr03 NC_080389.1:53266090-53266099promoter 内 761-770 bp - 3231 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 53269330-53273731(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTTGTCGGAG
SmilChr02G004019 Chr02 NC_080388.1:62503341-62503350promoter 内 751-760 bp + 3241 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 62498208-62500100(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGGTT
SmilChr01G002532 Chr01 NC_080387.1:43324084-43324093promoter 内 741-750 bp - 3251 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 43327344-43329010(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CGTGTCGGAG
SmilChr03G002722 Chr03 NC_080389.1:43237592-43237601promoter 内 731-740 bp - 3261 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 43231638-43234331(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTCCGACACG
SmilChr02G002418 Chr02 NC_080388.1:42177138-42177147promoter 内 702-711 bp + 3290 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 42172958-42173848(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGGAA
SmilChr01G004857 Chr01 NC_080387.1:66742944-66742953promoter 内 660-669 bp + 3332 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 66736214-66739612(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGGAA
SmilChr02G005382 Chr02 NC_080388.1:74492570-74492579promoter 内 650-659 bp - 3342 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 74486327-74489228(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATCCGACAAC
SmilChr03G004181 Chr03 NC_080389.1:60531108-60531117promoter 内 649-658 bp - 3343 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 60534460-60538815(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTTGTCGGAT
SmilChr02G004816 Chr02 NC_080388.1:70312232-70312241promoter 内 645-654 bp - 3347 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 70305970-70308885(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TGGCGACAAA
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