靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr02G004600; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00007048-RA_Salv |
SmilChr02G004600 |
ARF | XP_057791481.1 |
MP00574 |
ATCCGACAAA |
9846 个结合位点 7302 个候选靶基因 第 51 / 147 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr01G003220 |
Chr01 | NC_080387.1:50968445-50968454promoter 内 981-990 bp |
- | 3011 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 1 | 50971465-50972430(+) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
GTTGTCGGAG |
SmilChr04G000871 |
Chr04 | NC_080390.1:11026969-11026978promoter 内 956-965 bp |
+ | 3036 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 1 | 11022968-11023933(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
TTTGTCGGTT |
SmilChr03G003346 |
Chr03 | NC_080389.1:51778610-51778619promoter 内 948-957 bp |
+ | 3044 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 1 | 51781663-51784959(+) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
GTCCGACAAG |
SmilChr02G004858 |
Chr02 | NC_080388.1:70723618-70723627promoter 内 929-938 bp |
+ | 3063 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 1 | 70719282-70720555(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
GCTGTCGGAT |
SmilChr04G001660 |
Chr04 | NC_080390.1:27562203-27562212promoter 内 928-937 bp |
- | 3064 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 1 | 27565276-27583680(+) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
TTTGTCGGTT |
SmilChr02G003180 |
Chr02 | NC_080388.1:52964685-52964694promoter 内 927-936 bp |
+ | 3065 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 1 | 52957826-52961620(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
TTTGTCGGAA |
SmilChr01G000935 |
Chr01 | NC_080387.1:19832245-19832254promoter 内 910-919 bp |
+ | 3082 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 1 | 19827940-19829163(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
ATTGTCGGCG |
SmilChr01G001932 |
Chr01 | NC_080387.1:34479396-34479405promoter 内 907-916 bp |
- | 3085 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 1 | 34482490-34484538(+) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
TTTGTCGGTT |
SmilChr01G002678 |
Chr01 | NC_080387.1:44980588-44980597promoter 内 890-899 bp |
- | 3102 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 1 | 44983699-44992343(+) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
GTTGTCGGAT |
SmilChr01G005810 |
Chr01 | NC_080387.1:74127022-74127031promoter 内 883-892 bp |
- | 3109 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 1 | 74123288-74123913(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
GTCCGACAGG |
SmilChr01G002170 |
Chr01 | NC_080387.1:37805299-37805308promoter 内 876-885 bp |
+ | 3116 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 1 | 37799636-37802183(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
GTTGTCGGAG |
SmilChr04G002306 |
Chr04 | NC_080390.1:37333827-37333836promoter 内 875-884 bp |
+ | 3117 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 1 | 37336953-37339538(+) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
AGCCGACAAT |
SmilChr01G004088 |
Chr01 | NC_080387.1:59284584-59284593promoter 内 870-879 bp |
+ | 3122 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 1 | 59287715-59289915(+) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
TGGCGACAAA |
SmilChr02G001261 |
Chr02 | NC_080388.1:23116454-23116463promoter 内 869-878 bp |
+ | 3123 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 1 | 23119586-23122429(+) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
CTCCGACAAC |
SmilChr03G002541 |
Chr03 | NC_080389.1:40572393-40572402promoter 内 868-877 bp |
- | 3124 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 1 | 40575526-40577406(+) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
ATTGTCGGCG |
SmilChr02G003360 |
Chr02 | NC_080388.1:54735015-54735024promoter 内 865-874 bp |
+ | 3127 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 1 | 54738151-54742587(+) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
CTCCGACACG |
SmilChr03G002966 |
Chr03 | NC_080389.1:46411612-46411621promoter 内 863-872 bp |
- | 3129 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 1 | 46399994-46408483(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
CTCCGACACG |
SmilChr01G002024 |
Chr01 | NC_080387.1:35798129-35798138promoter 内 841-850 bp |
- | 3151 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 1 | 35793992-35794978(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
AGCCGACAAT |
SmilChr01G003560 |
Chr01 | NC_080387.1:54210046-54210055promoter 内 833-842 bp |
- | 3159 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 1 | 54203024-54206887(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
AACCGACAAA |
SmilChr01G005194 |
Chr01 | NC_080387.1:69635116-69635125promoter 内 828-837 bp |
+ | 3164 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 1 | 69627145-69631952(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
GTTGTCGGAT |
SmilChr03G001046 |
Chr03 | NC_080389.1:12193634-12193643promoter 内 828-837 bp |
+ | 3164 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 1 | 12187211-12190470(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
CGTGTCGGAG |
SmilChr03G002873 |
Chr03 | NC_080389.1:45410305-45410314promoter 内 825-834 bp |
+ | 3167 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 1 | 45395002-45407138(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
TTTGTCGGAA |
SmilChr03G003738 |
Chr03 | NC_080389.1:56399767-56399776promoter 内 819-828 bp |
- | 3173 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 1 | 56389572-56396594(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
TTCCGACAAA |
SmilChr01G000733 |
Chr01 | NC_080387.1:16295933-16295942promoter 内 811-820 bp |
- | 3181 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 1 | 16289859-16292752(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
AGCCGACAAT |
SmilChr04G001556 |
Chr04 | NC_080390.1:25755102-25755111promoter 内 788-797 bp |
- | 3204 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 1 | 25758315-25760192(+) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
CGTGTCGGAG |
SmilChr03G003344 |
Chr03 | NC_080389.1:51778610-51778619promoter 内 782-791 bp |
+ | 3210 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 1 | 51767952-51775400(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
CTTGTCGGAC |
SmilChr02G005315 |
Chr02 | NC_080388.1:74035820-74035829promoter 内 765-774 bp |
+ | 3227 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 1 | 74039056-74041937(+) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
TTCCGACAAA |
SmilChr03G003474 |
Chr03 | NC_080389.1:53266090-53266099promoter 内 761-770 bp |
- | 3231 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 1 | 53269330-53273731(+) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
GTTGTCGGAG |
SmilChr02G004019 |
Chr02 | NC_080388.1:62503341-62503350promoter 内 751-760 bp |
+ | 3241 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 1 | 62498208-62500100(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
TTTGTCGGTT |
SmilChr01G002532 |
Chr01 | NC_080387.1:43324084-43324093promoter 内 741-750 bp |
- | 3251 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 1 | 43327344-43329010(+) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
CGTGTCGGAG |
SmilChr03G002722 |
Chr03 | NC_080389.1:43237592-43237601promoter 内 731-740 bp |
- | 3261 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 1 | 43231638-43234331(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
CTCCGACACG |
SmilChr02G002418 |
Chr02 | NC_080388.1:42177138-42177147promoter 内 702-711 bp |
+ | 3290 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 1 | 42172958-42173848(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
TTTGTCGGAA |
SmilChr01G004857 |
Chr01 | NC_080387.1:66742944-66742953promoter 内 660-669 bp |
+ | 3332 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 1 | 66736214-66739612(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
TTTGTCGGAA |
SmilChr02G005382 |
Chr02 | NC_080388.1:74492570-74492579promoter 内 650-659 bp |
- | 3342 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 1 | 74486327-74489228(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
ATCCGACAAC |
SmilChr03G004181 |
Chr03 | NC_080389.1:60531108-60531117promoter 内 649-658 bp |
- | 3343 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 1 | 60534460-60538815(+) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
GTTGTCGGAT |
SmilChr02G004816 |
Chr02 | NC_080388.1:70312232-70312241promoter 内 645-654 bp |
- | 3347 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 1 | 70305970-70308885(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
TGGCGACAAA |
SmilChr03G001047 |
Chr03 | NC_080389.1:12193634-12193643promoter 内 645-654 bp |
+ | 3347 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 1 | 12196990-12199512(+) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
CTCCGACACG |
SmilChr01G005958 |
Chr01 | NC_080387.1:75295629-75295638promoter 内 639-648 bp |
- | 3353 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 1 | 75291259-75292276(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
ATCCGACAAC |
SmilChr02G003304 |
Chr02 | NC_080388.1:54305278-54305287promoter 内 639-648 bp |
+ | 3353 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 1 | 54308640-54311391(+) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
CTCCGACAAC |
SmilChr01G005915 |
Chr01 | NC_080387.1:74984483-74984492promoter 内 636-645 bp |
- | 3356 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 1 | 74987848-74990787(+) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
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SmilChr02G005098 |
Chr02 | NC_080388.1:72547108-72547117promoter 内 632-641 bp |
+ | 3360 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 1 | 72541437-72543748(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
TTTGTCGCCA |
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Chr01 | NC_080387.1:52657574-52657583promoter 内 616-625 bp |
+ | 3376 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 1 | 52660959-52662894(+) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
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- | 3381 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 1 | 39404594-39406292(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
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+ | 3386 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 1 | 59038436-59043053(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
GTTGTCGGAT |
SmilChr02G004481 |
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- | 3389 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 1 | 67268535-67271788(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
AACCGACAAA |
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- | 3401 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 1 | 22815321-22818349(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
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+ | 3432 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 1 | 34622560-34629149(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
GCTGTCGGAT |
SmilChr03G002720 |
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- | 3481 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 1 | 43218896-43220717(+) |
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CGTGTCGGAG |
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SmilChr01G004299 |
Chr01 | NC_080387.1:61177979-61177988promoter 内 497-506 bp |
- | 3495 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 1 | 61172693-61174484(-) |
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