转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G002277; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003292-RA_Salv SmilChr05G002277 ERF XP_057809665.1 MP00452 TCTTTGCCGACATCA

可能结合的靶基因

7783 个结合位点 6671 个候选靶基因 第 52 / 134 下载 TSV

上一页 52 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002971 Chr01 NC_080387.1:48650065-48650079promoter 内 1226-1240 bp - 2761 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 48642797-48647304(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GACCCGCCGACAAAG
SmilChr01G005238 Chr01 NC_080387.1:69946722-69946736promoter 内 1222-1236 bp + 2765 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 69941803-69943957(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCTTGTCGGCGGTTG
SmilChr04G002555 Chr04 NC_080390.1:40864554-40864568promoter 内 1202-1216 bp - 2785 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 40867353-40870508(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGTTGTCGGCGTGGC
SmilChr01G005656 Chr01 NC_080387.1:72905647-72905661promoter 内 1183-1197 bp + 2804 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 72908465-72910533(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTTATACCGACATGG
SmilChr01G001199 Chr01 NC_080387.1:24127023-24127037promoter 内 1089-1103 bp + 2898 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 24129935-24142594(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCTCTACCGACATTT
SmilChr05G003498 Chr05 NC_080391.1:46650374-46650388promoter 内 1072-1086 bp + 2915 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 46643576-46647459(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCATGTCGGCTCTGA
SmilChr01G001696 Chr01 NC_080387.1:31226046-31226060promoter 内 1071-1085 bp + 2916 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 31228976-31230418(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCTTCGCCGACAGCA
SmilChr01G003264 Chr01 NC_080387.1:51332887-51332901promoter 内 1053-1067 bp - 2934 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 51323635-51329953(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGCTCGCCGACAAAG
SmilChr05G003480 Chr05 NC_080391.1:46199130-46199144promoter 内 1034-1048 bp - 2953 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 46202097-46206198(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGTTGTCGGCGTGGC
SmilChr04G000145 Chr04 NC_080390.1:1274363-1274377promoter 内 979-993 bp - 3008 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 1260934-1271355(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TATTGGCCGACATAT
SmilChr01G000559 Chr01 NC_080387.1:11649071-11649085promoter 内 906-920 bp - 3081 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 11644323-11645990(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGACTACCGACATAA
SmilChr04G000081 Chr04 NC_080390.1:724998-725012promoter 内 906-920 bp + 3081 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 728093-728637(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CAAGTGCCGACATTG
SmilChr05G002114 Chr05 NC_080391.1:22165991-22166005promoter 内 889-903 bp + 3098 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 22169103-22175351(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CAACCGCCGACAAGC
SmilChr05G001705 Chr05 NC_080391.1:16285145-16285159promoter 内 720-734 bp - 3267 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 16288426-16289947(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTTTGTCGGCAGCGC
SmilChr05G001795 Chr05 NC_080391.1:17693719-17693733promoter 内 554-568 bp + 3433 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 17697166-17700138(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGGCGGCCGACATTT
SmilChr08G002297 Chr08 NC_080394.1:21481941-21481955promoter 内 552-566 bp + 3435 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 21477562-21478506(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGTTGTCGGCATCGC
SmilChr08G003431 Chr08 NC_080394.1:36586514-36586528promoter 内 552-566 bp - 3435 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 36589963-36591637(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TAATGTCGGCGCAAC
SmilChr04G000547 Chr04 NC_080390.1:6082344-6082358promoter 内 511-525 bp - 3476 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 6085834-6087763(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGTTGTCGGCCGATG
SmilChr07G001143 Chr07 NC_080393.1:8586117-8586131promoter 内 498-512 bp + 3489 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 8589620-8590343(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATCTAACCGACATCG
SmilChr03G002543 Chr03 NC_080389.1:40611080-40611094promoter 内 438-452 bp + 3549 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 40614643-40617797(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGCAGACCGACATGC
SmilChr04G004179 Chr04 NC_080390.1:56373311-56373325promoter 内 371-385 bp - 3616 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 56376941-56383053(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TAACGTCGGCAGCGA
SmilChr07G003737 Chr07 NC_080393.1:45521199-45521213promoter 内 305-319 bp + 3682 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 45516096-45517517(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGTTGTCGGCGTGGC
SmilChr05G004098 Chr05 NC_080391.1:54840913-54840927promoter 内 189-203 bp - 3798 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 54836572-54837115(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCTATGCCGACATTA
SmilChr02G004976 Chr02 NC_080388.1:71646302-71646316promoter 内 146-160 bp - 3841 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 71650157-71655342(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCTTGTCGGCGGTTG
SmilChr02G000917 Chr02 NC_080388.1:15899315-15899329promoter 内 112-126 bp + 3875 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 15893831-15895440(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGGTGTCGGCCACCC
SmilChr06G000571 Chr06 NC_080392.1:4884394-4884408promoter 内 99-113 bp - 3888 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 4876436-4880506(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACTTAACCGACATAG
SmilChr06G000140 Chr06 NC_080392.1:986867-986881promoter 内 97-111 bp + 3890 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 990771-994092(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTAACGCCGACATTG
SmilChr04G000546 Chr04 NC_080390.1:6082344-6082358promoter 内 83-97 bp - 3904 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 6077172-6078440(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CATCGGCCGACAACA
SmilChr04G002725 Chr04 NC_080390.1:42863485-42863499promoter 内 20-34 bp - 3967 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 42853277-42859518(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCAACGCCGACAAAG
SmilChr07G002810 Chr07 NC_080393.1:28135234-28135248promoter 内 15-29 bp - 3972 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 28130423-28131262(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTCCTGCCGACGCCG
SmilChr02G003501 Chr02 NC_080388.1:56219754-56219768promoter 内 11-25 bp - 3976 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 56215152-56215778(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACTTAACCGACATAG
SmilChr08G004715 Chr08 NC_080394.1:56564084-56564098promoter 内 223-237 bp + 3764 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 3 56567862-56569413(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATCCAGCCGACATGC
SmilChr01G004453 Chr01 NC_080387.1:62657335-62657349promoter 内 3957-3971 bp + 30 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 62657379-62661525(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CACGGGCCGACATAT
SmilChr05G002784 Chr05 NC_080391.1:32546587-32546601promoter 内 3888-3902 bp - 99 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 32546700-32546806(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCAGGTCGGCAGCTG
SmilChr07G004720 Chr07 NC_080393.1:60087488-60087502promoter 内 3847-3861 bp + 140 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 60085419-60087348(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AAATGTCGGCGGTTT
SmilChr05G003840 Chr05 NC_080391.1:51857024-51857038promoter 内 3596-3610 bp + 391 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 51846027-51856633(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGATGTCGGTACAAA
SmilChr08G000249 Chr08 NC_080394.1:1728830-1728844promoter 内 2662-2676 bp - 1325 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 1726933-1727505(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CAGCTACCGACATTT
SmilChr03G001915 Chr03 NC_080389.1:26800733-26800747promoter 内 2284-2298 bp - 1703 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 26802450-26806550(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCTTGTCGGCAGTTG
SmilChr04G000573 Chr04 NC_080390.1:6405917-6405931promoter 内 2084-2098 bp - 1903 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 6399138-6404014(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AATTGACCGACATCT
SmilChr08G000248 Chr08 NC_080394.1:1728830-1728844promoter 内 1920-1934 bp - 2067 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 1724769-1726763(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CAGCTACCGACATTT
SmilChr04G002475 Chr04 NC_080390.1:39544500-39544514promoter 内 1129-1143 bp - 2858 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 39547372-39550843(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GAATGTCGGTCCAGG
SmilChr01G004206 Chr01 NC_080387.1:60500277-60500291promoter 内 1105-1119 bp - 2882 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 60503173-60504883(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGGTGTCGGCCAGCC
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SmilChr05G004036 Chr05 NC_080391.1:54327921-54327935promoter 内 629-643 bp + 3358 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 54323422-54324563(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGACGTCGGCACGAG
SmilChr08G001368 Chr08 NC_080394.1:10901390-10901404promoter 内 557-571 bp + 3430 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 10904834-10906922(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATTTTACCGACATTG
SmilChr08G001944 Chr08 NC_080394.1:17083072-17083086promoter 内 478-492 bp - 3509 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 17086595-17089872(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGACGTCGGCACGAG
SmilChr04G002501 Chr04 NC_080390.1:39959194-39959208promoter 内 282-296 bp - 3705 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 39962913-39966362(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GAATGTCGGTCCAGG
SmilChr04G000574 Chr04 NC_080390.1:6405917-6405931promoter 内 223-237 bp - 3764 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 6409695-6411980(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGGTCAATT
SmilChr05G003842 Chr05 NC_080391.1:51857024-51857038promoter 内 44-58 bp + 3943 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 51860981-51863738(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTTGTACCGACATCC
SmilChr05G001449 Chr05 NC_080391.1:13225680-13225694promoter 内 7-21 bp - 3980 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 13229674-13239752(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGACGTCGGCACGAG