转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G001094; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021820-RA_Salv SmilChr04G001094 WRKY XP_057804404.1 MP00408 AGCGTTGACTTTT

可能结合的靶基因

9902 个结合位点 8149 个候选靶基因 第 53 / 163 下载 TSV

上一页 53 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G001165 Chr08 NC_080394.1:9301813-9301825promoter 内 3871-3883 bp - 118 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 9300345-9301695(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GCCGTTGACTGCG
SmilChr08G003220 Chr08 NC_080394.1:33071676-33071688promoter 内 3871-3883 bp + 118 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 33070434-33071558(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 TGAGGTCAACGCG
SmilChr04G001457 Chr04 NC_080390.1:23979205-23979217promoter 内 3838-3850 bp + 151 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 23974953-23979054(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 TGAGGTCAACGCG
SmilChr03G001818 Chr03 NC_080389.1:24844658-24844670promoter 内 3795-3807 bp + 194 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 24844864-24846175(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 TCCGTTGACCCTG
SmilChr08G001618 Chr08 NC_080394.1:13418866-13418878promoter 内 3784-3796 bp + 205 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 13414487-13418661(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GTAAGTCAACTGC
SmilChr04G003112 Chr04 NC_080390.1:47681052-47681064promoter 内 3706-3718 bp + 283 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 47679646-47680769(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CTCAGTCAACGCC
SmilChr08G000616 Chr08 NC_080394.1:4603014-4603026promoter 内 3637-3649 bp - 352 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 4597038-4602662(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 ACGGTTGACTTGT
SmilChr05G001686 Chr05 NC_080391.1:16012712-16012724promoter 内 3564-3576 bp + 425 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 16010204-16012287(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GAAAGTCAACCTT
SmilChr06G001226 Chr06 NC_080392.1:12662625-12662637promoter 内 3492-3504 bp - 497 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 12663134-12665459(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GGTAGTCAACGCG
SmilChr06G002711 Chr06 NC_080392.1:39191509-39191521promoter 内 3491-3503 bp + 498 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 39189633-39191011(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 ATAAGTCAACTCG
SmilChr08G001503 Chr08 NC_080394.1:12181912-12181924promoter 内 3481-3493 bp - 508 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 12180097-12181404(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 ATTGTTGACTTTT
SmilChr05G000271 Chr05 NC_080391.1:2087067-2087079promoter 内 3446-3458 bp + 543 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 2084021-2086524(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 AAAAGTCAACAAT
SmilChr08G002969 Chr08 NC_080394.1:29719597-29719609promoter 内 3411-3423 bp - 578 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 29720187-29721238(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CGCAGTCAACGGC
SmilChr03G003265 Chr03 NC_080389.1:50588773-50588785promoter 内 3351-3363 bp + 638 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 50589423-50590130(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 AACGTTGACCATT
SmilChr02G004942 Chr02 NC_080388.1:71366187-71366199promoter 内 3347-3359 bp - 642 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 71366841-71374911(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GTAAGTCAACTGC
SmilChr08G000160 Chr08 NC_080394.1:1061050-1061062promoter 内 3300-3312 bp + 689 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 1061751-1067997(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 ACCGTTGACCTGA
SmilChr03G002546 Chr03 NC_080389.1:40630089-40630101promoter 内 3244-3256 bp + 745 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 40626762-40629344(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GGTAGTCAACGCG
SmilChr06G001554 Chr06 NC_080392.1:16935380-16935392promoter 内 3156-3168 bp + 833 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 16936225-16937582(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CCCGTTGACTCCG
SmilChr04G001543 Chr04 NC_080390.1:25528939-25528951promoter 内 3025-3037 bp + 964 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 25524323-25527975(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 AAAAGTCAACAAT
SmilChr06G001903 Chr06 NC_080392.1:22838478-22838490promoter 内 3012-3024 bp - 977 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 22834511-22837501(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 ATTGTTGACTTTT
SmilChr05G000588 Chr05 NC_080391.1:4446649-4446661promoter 内 2984-2996 bp - 1005 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 4447666-4447801(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CAGGGTCAACGGA
SmilChr07G000436 Chr07 NC_080393.1:3057427-3057439promoter 内 2965-2977 bp - 1024 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 3055954-3056403(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 ACCATTGACTTTT
SmilChr07G000231 Chr07 NC_080393.1:1497098-1497110promoter 内 2872-2884 bp + 1117 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 1498227-1502313(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 ATTGTTGACTTTT
SmilChr07G003636 Chr07 NC_080393.1:43050588-43050600promoter 内 2834-2846 bp + 1155 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 43051755-43056440(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CGAGTTGACTTAT
SmilChr08G000618 Chr08 NC_080394.1:4603014-4603026promoter 内 2828-2840 bp - 1161 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 4604187-4607667(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 ACAAGTCAACCGT
SmilChr07G001529 Chr07 NC_080393.1:12358478-12358490promoter 内 2770-2782 bp - 1219 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 12359709-12363222(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 AAAAGTCAATGGT
SmilChr05G002656 Chr05 NC_080391.1:30062122-30062134promoter 内 2705-2717 bp + 1284 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 30063418-30065256(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 ATTGTTGACTTTT
SmilChr08G002812 Chr08 NC_080394.1:27971534-27971546promoter 内 2676-2688 bp - 1313 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 27968980-27970221(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 TACGTTGACTATA
SmilChr02G005476 Chr02 NC_080388.1:75000935-75000947promoter 内 2664-2676 bp + 1325 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 74998728-74999610(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 AAAAGTCAACAAT
SmilChr03G000797 Chr03 NC_080389.1:9123425-9123437promoter 内 2647-2659 bp - 1342 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 9121977-9122083(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 ATTGTTGACTTTT
SmilChr03G000799 Chr03 NC_080389.1:9144899-9144911promoter 内 2647-2659 bp - 1342 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 9143451-9143557(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 ATTGTTGACTTTT
SmilChr07G003635 Chr07 NC_080393.1:43050588-43050600promoter 内 2647-2659 bp + 1342 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 43043182-43049246(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 ATAAGTCAACTCG
SmilChr02G005477 Chr02 NC_080388.1:75000935-75000947promoter 内 2635-2647 bp + 1354 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 75002301-75004018(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 ATTGTTGACTTTT
SmilChr06G002687 Chr06 NC_080392.1:38791145-38791157promoter 内 2606-2618 bp + 1383 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 38792540-38795395(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 ATCGTTGACTCTA
SmilChr06G003283 Chr06 NC_080392.1:45375005-45375017promoter 内 2530-2542 bp + 1459 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 45376476-45379542(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 ATTGTTGACTTTT
SmilChr06G001012 Chr06 NC_080392.1:10001840-10001852promoter 内 2529-2541 bp + 1460 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 9998499-10000380(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 AAAAGTCAACAAT
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SmilChr08G001164 Chr08 NC_080394.1:9301813-9301825promoter 内 2341-2353 bp - 1648 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 9299590-9300165(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GCCGTTGACTGCG
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