转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004246; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021799-RA_Salv SmilChr08G004246 WRKY XP_057780410.1 MP00422 AAAAGTCAACGAT

可能结合的靶基因

9791 个结合位点 6535 个候选靶基因 第 53 / 131 下载 TSV

上一页 53 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002350 Chr02 NC_080388.1:41264771-41264783promoter 内 284-296 bp - 3705 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 41268488-41273790(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AGGTTTGACTTTC
SmilChr03G001405 Chr03 NC_080389.1:16641801-16641813promoter 内 280-292 bp + 3709 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 16634872-16638092(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 CCATTTGACTTTG
SmilChr01G004370 Chr01 NC_080387.1:61894943-61894955promoter 内 270-282 bp - 3719 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 61898674-61900356(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TCGTTTGACTTTT
SmilChr01G003151 Chr01 NC_080387.1:50309933-50309945promoter 内 233-245 bp + 3756 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 50313701-50316532(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TAAAGTCAACATA
SmilChr01G005194 Chr01 NC_080387.1:69635743-69635755promoter 内 198-210 bp - 3791 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 69627145-69631952(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TGAAGTCAACCTC
SmilChr02G005313 Chr02 NC_080388.1:74021860-74021872promoter 内 174-186 bp - 3815 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 74015848-74018045(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 CAAAGTCAAACAC
SmilChr02G003552 Chr02 NC_080388.1:56703294-56703306promoter 内 158-170 bp - 3831 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 56694510-56699463(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GAAAGTCAAACCT
SmilChr03G001440 Chr03 NC_080389.1:17113179-17113191promoter 内 77-89 bp + 3912 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 17117103-17118739(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 CCAAGTCAAAGGC
SmilChr02G003077 Chr02 NC_080388.1:51695774-51695786promoter 内 1214-1226 bp - 2775 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 4 51691094-51692999(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 CGAAGTCAAAGTC
SmilChr02G001761 Chr02 NC_080388.1:32367638-32367650promoter 内 666-678 bp - 3323 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 4 32363557-32364315(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 CAAAGTCAAACAT
SmilChr03G001420 Chr03 NC_080389.1:16825986-16825998promoter 内 3458-3470 bp + 531 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 3 16820699-16825455(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 CTATTTGACTTTT
SmilChr01G000358 Chr01 NC_080387.1:7395738-7395750promoter 内 3433-3445 bp - 556 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 3 7392108-7395182(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GTAAGTCAACCGA
SmilChr02G001130 Chr02 NC_080388.1:20438291-20438303promoter 内 2836-2848 bp - 1153 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 3 20436674-20437138(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TCAAGTCAACTAT
SmilChr03G001223 Chr03 NC_080389.1:14096477-14096489promoter 内 2599-2611 bp + 1390 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 3 14097879-14100533(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AAAAGTCAAAACC
SmilChr01G004178 Chr01 NC_080387.1:60228783-60228795promoter 内 2508-2520 bp + 1481 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 3 60222171-60227302(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 CTATTTGACTTTT
SmilChr03G000964 Chr03 NC_080389.1:10869411-10869423promoter 内 2453-2465 bp + 1536 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 3 10870959-10873841(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AAAAGTCAAATAG
SmilChr03G000965 Chr03 NC_080389.1:10879159-10879171promoter 内 2414-2426 bp + 1575 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 3 10880746-10883586(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AAAAGTCAAATAG
SmilChr03G001844 Chr03 NC_080389.1:25339385-25339397promoter 内 1563-1575 bp + 2426 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 3 25341823-25343163(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GAAAGTCAAATAC
SmilChr01G004021 Chr01 NC_080387.1:58603485-58603497promoter 内 1310-1322 bp + 2679 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 3 58606176-58610147(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GTAAGTCAACCGG
SmilChr03G000369 Chr03 NC_080389.1:4124247-4124259promoter 内 1255-1267 bp - 2734 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 3 4120538-4121513(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GAAAGTCAAATAT
SmilChr03G000898 Chr03 NC_080389.1:10266391-10266403promoter 内 1218-1230 bp - 2771 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 3 10261530-10263620(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GGGAGTCAACGGC
SmilChr03G001396 Chr03 NC_080389.1:16578084-16578096promoter 内 243-255 bp - 3746 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 3 16581842-16589213(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TCCGTTGACTCCT
SmilChr01G004947 Chr01 NC_080387.1:67566292-67566304promoter 内 3760-3772 bp + 229 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 67561799-67566063(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TTAGTTGACTTGC
SmilChr01G004787 Chr01 NC_080387.1:66095798-66095810promoter 内 3749-3761 bp - 240 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 66093412-66095558(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AAAAGTCAAATAG
SmilChr02G004801 Chr02 NC_080388.1:70200958-70200970promoter 内 3587-3599 bp - 402 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 70197661-70200556(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 CTAGGTCAACGTA
SmilChr02G000586 Chr02 NC_080388.1:8430374-8430386promoter 内 3125-3137 bp + 864 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 8431250-8434837(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AAAAGTCAAATAG
SmilChr01G005037 Chr01 NC_080387.1:68306533-68306545promoter 内 3034-3046 bp + 955 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 68307500-68325829(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 ATAAGTCAACATC
SmilChr03G000500 Chr03 NC_080389.1:5367293-5367305promoter 内 2734-2746 bp - 1255 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 5365559-5366038(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GAAAGTCAAATAT
SmilChr02G001299 Chr02 NC_080388.1:24050785-24050797promoter 内 2687-2699 bp + 1302 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 24052099-24068327(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GAGGGTCAACGCT
SmilChr01G004533 Chr01 NC_080387.1:63501653-63501665promoter 内 2514-2526 bp - 1475 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 63495354-63500178(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TTAAGTCAACTAT
SmilChr01G000359 Chr01 NC_080387.1:7395738-7395750promoter 内 2447-2459 bp - 1542 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 7397292-7399378(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TCGGTTGACTTAC
SmilChr02G001881 Chr02 NC_080388.1:34125655-34125667promoter 内 2151-2163 bp + 1838 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 34127505-34128953(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AAAAGTCAAAACC
SmilChr02G001880 Chr02 NC_080388.1:34125565-34125577promoter 内 1832-1844 bp + 2157 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 34122199-34123408(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GGTTTTGACTTTT
SmilChr01G003482 Chr01 NC_080387.1:53371521-53371533promoter 内 1680-1692 bp + 2309 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 53373842-53376928(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 ATAAGTCAACATC
SmilChr01G003163 Chr01 NC_080387.1:50439092-50439104promoter 内 1668-1680 bp - 2321 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 50441425-50448394(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TTGGTTGACTATG
SmilChr01G005036 Chr01 NC_080387.1:68306533-68306545promoter 内 1613-1625 bp + 2376 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 68298512-68304157(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GATGTTGACTTAT
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