转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003688; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003637-RA_Salv SmilChr02G003688 MYB XP_057794248.1 MP00028 GGCTCAGCGCG

可能结合的靶基因

9024 个结合位点 6764 个候选靶基因 第 54 / 136 下载 TSV

上一页 54 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002180 Chr03 NC_080389.1:33888342-33888352promoter 内 2955-2965 bp + 1036 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 33889388-33890394(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACTCAGCGCT
SmilChr04G004155 Chr04 NC_080390.1:56256739-56256749promoter 内 2941-2951 bp - 1050 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 56252704-56255689(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGGTCAGCGCG
SmilChr04G001165 Chr04 NC_080390.1:17369594-17369604promoter 内 2896-2906 bp + 1095 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 17370699-17373631(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACTCAGCGCT
SmilChr02G001509 Chr02 NC_080388.1:28107690-28107700promoter 内 2892-2902 bp + 1099 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 28108799-28112251(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCTCAGCGTT
SmilChr03G001305 Chr03 NC_080389.1:15282483-15282493promoter 内 2861-2871 bp + 1130 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 15280207-15281353(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGAGTT
SmilChr04G002581 Chr04 NC_080390.1:41179424-41179434promoter 内 2847-2857 bp - 1144 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 41175439-41178280(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACTCAGCGCT
SmilChr01G001796 Chr01 NC_080387.1:32823681-32823691promoter 内 2835-2845 bp - 1156 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 32824847-32825280(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGAGTT
SmilChr08G003690 Chr08 NC_080394.1:41207346-41207356promoter 内 2782-2792 bp + 1209 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 41208565-41212566(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCTCAGCGTT
SmilChr02G001571 Chr02 NC_080388.1:29131026-29131036promoter 内 2754-2764 bp + 1237 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 29132273-29135783(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCTCAGCGTT
SmilChr02G000657 Chr02 NC_080388.1:9985094-9985104promoter 内 2741-2751 bp + 1250 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 9981181-9983844(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGAGTT
SmilChr02G004606 Chr02 NC_080388.1:68564801-68564811promoter 内 2738-2748 bp + 1253 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 68561984-68563548(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGAGTT
SmilChr03G001229 Chr03 NC_080389.1:14168110-14168120promoter 内 2694-2704 bp + 1297 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 14169417-14173721(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCCCAGCGCG
SmilChr04G003670 Chr04 NC_080390.1:53147542-53147552promoter 内 2689-2699 bp - 1302 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 53148854-53151775(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGAGTT
SmilChr01G000114 Chr01 NC_080387.1:1963711-1963721promoter 内 2636-2646 bp + 1355 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 1965076-1968156(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACTCAGCGCT
SmilChr01G003631 Chr01 NC_080387.1:54840405-54840415promoter 内 2608-2618 bp - 1383 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 54837134-54839022(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACTCAGCGCT
SmilChr02G003833 Chr02 NC_080388.1:59977240-59977250promoter 内 2579-2589 bp - 1412 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 59974151-59975828(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACTCAGCGCT
SmilChr03G002239 Chr03 NC_080389.1:35269716-35269726promoter 内 2568-2578 bp - 1423 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 35271149-35272183(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGAGTT
SmilChr01G000697 Chr01 NC_080387.1:15670613-15670623promoter 内 2519-2529 bp - 1472 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 15672095-15672531(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGAGTT
SmilChr08G000517 Chr08 NC_080394.1:3761584-3761594promoter 内 2493-2503 bp - 1498 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 3763092-3764580(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TACGCTGAGGG
SmilChr07G004735 Chr07 NC_080393.1:60224346-60224356promoter 内 2460-2470 bp + 1531 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 60209536-60222815(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACGCTGAGGC
SmilChr01G000372 Chr01 NC_080387.1:7681085-7681095promoter 内 2430-2440 bp - 1561 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 7674973-7679524(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACTCAGCGCT
SmilChr01G004188 Chr01 NC_080387.1:60305586-60305596promoter 内 2355-2365 bp - 1636 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 60307232-60320496(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGAGTT
SmilChr08G000823 Chr08 NC_080394.1:6083256-6083266promoter 内 2350-2360 bp - 1641 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 6080587-6081615(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACTCAGCGCT
SmilChr07G002393 Chr07 NC_080393.1:22303321-22303331promoter 内 2331-2341 bp + 1660 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 22304991-22315170(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCCCG
SmilChr05G001933 Chr05 NC_080391.1:19649703-19649713promoter 内 2273-2283 bp - 1718 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 19651431-19652811(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGAGTT
SmilChr04G001724 Chr04 NC_080390.1:28491625-28491635promoter 内 2251-2261 bp - 1740 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 28493375-28494745(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGAGTT
SmilChr01G005071 Chr01 NC_080387.1:68588511-68588521promoter 内 2203-2213 bp - 1788 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 68590309-68591133(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGGGCTGAGCA
SmilChr04G002050 Chr04 NC_080390.1:33242285-33242295promoter 内 2160-2170 bp + 1831 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 33237429-33240454(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGAGTT
SmilChr04G002895 Chr04 NC_080390.1:45179394-45179404promoter 内 2148-2158 bp + 1843 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 45174462-45177551(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGAGTT
SmilChr01G001149 Chr01 NC_080387.1:23464486-23464496promoter 内 2034-2044 bp + 1957 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 23461383-23462529(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGAGTT
SmilChr04G002761 Chr04 NC_080390.1:43359536-43359546promoter 内 2030-2040 bp - 1961 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 43354008-43357575(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACTCAGCGCT
SmilChr01G005719 Chr01 NC_080387.1:73375578-73375588promoter 内 1943-1953 bp + 2048 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 73377636-73381453(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCTCAGCGTT
SmilChr03G002513 Chr03 NC_080389.1:39993654-39993664promoter 内 1929-1939 bp - 2062 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 39988747-39991592(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACTCAGCGCT
SmilChr03G000055 Chr03 NC_080389.1:532604-532614promoter 内 1909-1919 bp - 2082 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 529683-530522(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCCCG
SmilChr04G003617 Chr04 NC_080390.1:52673431-52673441promoter 内 1907-1917 bp + 2084 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 52669016-52671347(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TACGCTGAGGG
SmilChr05G004309 Chr05 NC_080391.1:56782531-56782541promoter 内 1906-1916 bp - 2085 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 56784626-56787751(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGAGTT
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