转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004447; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027346-RA_Salv SmilChr02G004447 HD-ZIP XP_057797242.1 MP00200 AAAAGTAATGATTAC

可能结合的靶基因

9930 个结合位点 6661 个候选靶基因 第 58 / 134 下载 TSV

上一页 58 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002926 Chr01 NC_080387.1:48028650-48028664promoter 内 1596-1610 bp - 2391 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 48031055-48031829(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATCAAATTC
SmilChr03G002860 Chr03 NC_080389.1:45203256-45203270promoter 内 1572-1586 bp + 2415 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 45197546-45200841(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTCATCATTACTGGA
SmilChr01G004930 Chr01 NC_080387.1:67369019-67369033promoter 内 1562-1576 bp + 2425 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 67365644-67366594(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTCATCATTATTCCA
SmilChr01G004618 Chr01 NC_080387.1:64206926-64206940promoter 内 1538-1552 bp - 2449 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 64202602-64204477(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACTTGCAATGATTGT
SmilChr01G004096 Chr01 NC_080387.1:59412675-59412689promoter 内 1518-1532 bp + 2469 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 59415158-59418135(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAGAATGATGATTAA
SmilChr02G001104 Chr02 NC_080388.1:19858301-19858315promoter 内 1469-1483 bp - 2518 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 19860833-19863526(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACAATCATTATCAGT
SmilChr01G005716 Chr01 NC_080387.1:73363671-73363685promoter 内 1454-1468 bp + 2533 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 73366218-73368088(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATTGAAATGATTAT
SmilChr01G003691 Chr01 NC_080387.1:55282454-55282468promoter 内 1430-1444 bp + 2557 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 55276083-55279897(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTAATCATTAGATCA
SmilChr03G000904 Chr03 NC_080389.1:10341016-10341030promoter 内 1287-1301 bp - 2700 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 10343730-10354110(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTTCCCTC
SmilChr03G001110 Chr03 NC_080389.1:12792198-12792212promoter 内 1275-1289 bp - 2712 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 12794924-12795595(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTCATCATTAATTTC
SmilChr01G001557 Chr01 NC_080387.1:29590447-29590461promoter 内 1254-1268 bp + 2733 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 29593194-29595995(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATACATAATGATTGT
SmilChr03G001007 Chr03 NC_080389.1:11394671-11394685promoter 内 1251-1265 bp + 2736 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 11397421-11398340(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAATTTGATGATTAC
SmilChr03G001008 Chr03 NC_080389.1:11404863-11404877promoter 内 1249-1263 bp + 2738 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 11407615-11408534(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAATTTGATGATTAC
SmilChr03G002215 Chr03 NC_080389.1:34906220-34906234promoter 内 1200-1214 bp + 2787 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 34901724-34903433(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACAATCATTGCAAGT
SmilChr03G003249 Chr03 NC_080389.1:50374818-50374832promoter 内 1131-1145 bp - 2856 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 50377688-50380609(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTATCCGC
SmilChr01G002409 Chr01 NC_080387.1:41459230-41459244promoter 内 1122-1136 bp - 2865 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 41462109-41463061(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATCAAATTC
SmilChr03G002618 Chr03 NC_080389.1:41582213-41582227promoter 内 1105-1119 bp - 2882 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 41573527-41579331(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACTTGCAATGATTGT
SmilChr01G003988 Chr01 NC_080387.1:58305306-58305320promoter 内 916-930 bp + 3071 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 58308391-58311924(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAAAGTAATGATTTT
SmilChr02G000070 Chr02 NC_080388.1:888409-888423promoter 内 863-877 bp - 3124 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 891547-894899(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCCATCATTATCTCA
SmilChr03G002198 Chr03 NC_080389.1:34592278-34592292promoter 内 778-792 bp + 3209 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 34588198-34589069(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CCCATCATTATCTGT
SmilChr03G001375 Chr03 NC_080389.1:16217974-16217988promoter 内 730-744 bp - 3257 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 16221245-16224490(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CCAATCATTATTAAT
SmilChr02G001514 Chr02 NC_080388.1:28247306-28247320promoter 内 718-732 bp - 3269 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 28240391-28244037(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTTTGTGATGATTAT
SmilChr02G001255 Chr02 NC_080388.1:23045731-23045745promoter 内 269-283 bp - 3718 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 23049463-23051744(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTCATCATTAGTCTA
SmilChr01G005591 Chr01 NC_080387.1:72568226-72568240promoter 内 268-282 bp + 3719 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 72563606-72564507(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCCATCATTATTATG
SmilChr01G002923 Chr01 NC_080387.1:48019100-48019114promoter 内 225-239 bp - 3762 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 48005444-48015338(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAATTTGATGATTAC
SmilChr01G005341 Chr01 NC_080387.1:70624786-70624800promoter 内 188-202 bp + 3799 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 70628599-70630450(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTTTGTAATGATTGG
SmilChr01G001816 Chr01 NC_080387.1:33091658-33091672promoter 内 128-142 bp - 3859 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 33095531-33099603(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTGTCAAA
SmilChr03G000706 Chr03 NC_080389.1:7857887-7857901promoter 内 125-139 bp + 3862 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 7861763-7864719(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATATCTAATGATTAA
SmilChr02G001833 Chr02 NC_080388.1:33358512-33358526promoter 内 85-99 bp + 3902 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 33347717-33354610(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCCATCATTAGCTCT
SmilChr02G003735 Chr02 NC_080388.1:58988189-58988203promoter 内 80-94 bp - 3907 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 58981685-58984282(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCAAGTAATGATGGA
SmilChr03G002216 Chr03 NC_080389.1:34906220-34906234promoter 内 52-66 bp + 3935 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 34910169-34913099(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACTTGCAATGATTGT
SmilChr02G003984 Chr02 NC_080388.1:62089337-62089351promoter 内 13-27 bp + 3974 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 62093325-62103782(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GGTGCTAATGATGGA
SmilChr01G003039 Chr01 NC_080387.1:49383296-49383310promoter 内 3714-3728 bp + 273 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 49382181-49383023(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCAATCATTATATAC
SmilChr01G002920 Chr01 NC_080387.1:47973739-47973753promoter 内 3101-3115 bp - 886 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 47970777-47972853(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CCTAATAATGATGAT
SmilChr02G004769 Chr02 NC_080388.1:69862395-69862409promoter 内 3045-3059 bp + 942 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 69863351-69865064(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTATCTAATGATTAT
SmilChr03G000537 Chr03 NC_080389.1:5833889-5833903promoter 内 1798-1812 bp + 2189 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 5836092-5836901(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTATCTAATGATTAT
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