靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr02G001791; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00007112-RA_Salv |
SmilChr02G001791 |
TCP | XP_057795933.1 |
MP00062 |
GGGACCAC |
7249 个结合位点 6454 个候选靶基因 第 59 / 130 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr02G000183 |
Chr02 | NC_080388.1:2320979-2320986promoter 内 3464-3471 bp |
- | 530 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 2321516-2326040(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCT |
SmilChr08G003482 |
Chr08 | NC_080394.1:37465743-37465750promoter 内 3464-3471 bp |
+ | 530 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 37466280-37471276(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
AGGACCAC |
SmilChr08G000845 |
Chr08 | NC_080394.1:6278851-6278858promoter 内 3463-3470 bp |
+ | 531 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 6277329-6278320(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCA |
SmilChr01G006199 |
Chr01 | NC_080387.1:77684614-77684621promoter 内 3462-3469 bp |
- | 532 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 77685153-77690418(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCT |
SmilChr05G002916 |
Chr05 | NC_080391.1:35124703-35124710promoter 内 3460-3467 bp |
+ | 534 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 35121746-35124169(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCA |
SmilChr01G004975 |
Chr01 | NC_080387.1:67825768-67825775promoter 内 3458-3465 bp |
- | 536 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 67826311-67826811(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCT |
SmilChr03G001850 |
Chr03 | NC_080389.1:25433306-25433313promoter 内 3457-3464 bp |
- | 537 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 25427666-25432769(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
TGGACCAC |
SmilChr02G000846 |
Chr02 | NC_080388.1:14370719-14370726promoter 内 3456-3463 bp |
+ | 538 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 14366159-14370181(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCT |
SmilChr05G001955 |
Chr05 | NC_080391.1:19991555-19991562promoter 内 3456-3463 bp |
+ | 538 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 19992100-19994899(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
TGGACCAC |
SmilChr07G002814 |
Chr07 | NC_080393.1:28173585-28173592promoter 内 3456-3463 bp |
- | 538 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 28174130-28175488(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCA |
SmilChr08G000373 |
Chr08 | NC_080394.1:2571687-2571694promoter 内 3456-3463 bp |
+ | 538 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 2572232-2572679(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
TGGACCAC |
SmilChr08G000374 |
Chr08 | NC_080394.1:2594000-2594007promoter 内 3456-3463 bp |
+ | 538 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 2594545-2595099(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
TGGACCAC |
SmilChr05G002875 |
Chr05 | NC_080391.1:34429988-34429995promoter 内 3455-3462 bp |
+ | 539 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 34428404-34429449(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCT |
SmilChr02G001753 |
Chr02 | NC_080388.1:32243864-32243871promoter 内 3454-3461 bp |
- | 540 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 32242239-32243324(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
AGGACCAC |
SmilChr03G002780 |
Chr03 | NC_080389.1:44233345-44233352promoter 内 3454-3461 bp |
+ | 540 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 44233892-44235338(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
AGGACCAC |
SmilChr05G002753 |
Chr05 | NC_080391.1:31805321-31805328promoter 内 3454-3461 bp |
+ | 540 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 31803026-31804781(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCA |
SmilChr07G000497 |
Chr07 | NC_080393.1:3462759-3462766promoter 内 3454-3461 bp |
+ | 540 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 3463306-3471702(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
TGGACCAC |
SmilChr07G003653 |
Chr07 | NC_080393.1:43449031-43449038promoter 内 3454-3461 bp |
+ | 540 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 43449578-43450054(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
TGGACCAC |
SmilChr02G001355 |
Chr02 | NC_080388.1:25315597-25315604promoter 内 3453-3460 bp |
- | 541 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 25306259-25315056(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
TGGACCAC |
SmilChr05G000524 |
Chr05 | NC_080391.1:4021775-4021782promoter 内 3453-3460 bp |
- | 541 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 4016728-4021234(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
AGGACCAC |
SmilChr01G001130 |
Chr01 | NC_080387.1:22980002-22980009promoter 内 3452-3459 bp |
- | 542 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 22978984-22979460(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
TGGACCAC |
SmilChr02G004498 |
Chr02 | NC_080388.1:67486378-67486385promoter 内 3452-3459 bp |
+ | 542 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 67482937-67485836(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCT |
SmilChr02G001723 |
Chr02 | NC_080388.1:31701356-31701363promoter 内 3449-3456 bp |
- | 545 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 31699763-31700811(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
AGGACCAC |
SmilChr03G001111 |
Chr03 | NC_080389.1:12818973-12818980promoter 内 3448-3455 bp |
- | 546 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 12809327-12818427(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
TGGACCAC |
SmilChr03G002249 |
Chr03 | NC_080389.1:35421223-35421230promoter 内 3446-3453 bp |
- | 548 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 35421778-35425099(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCT |
SmilChr04G001688 |
Chr04 | NC_080390.1:27930648-27930655promoter 内 3445-3452 bp |
- | 549 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 27931204-27932173(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCA |
SmilChr05G003089 |
Chr05 | NC_080391.1:39106998-39107005promoter 内 3444-3451 bp |
+ | 550 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 39105240-39106448(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCT |
SmilChr02G002171 |
Chr02 | NC_080388.1:38919615-38919622promoter 内 3443-3450 bp |
- | 551 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 38920173-38920694(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCA |
SmilChr07G003173 |
Chr07 | NC_080393.1:33778402-33778409promoter 内 3441-3448 bp |
- | 553 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 33778962-33781907(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCT |
SmilChr08G003220 |
Chr08 | NC_080394.1:33072111-33072118promoter 内 3441-3448 bp |
- | 553 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 33070434-33071558(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
AGGACCAC |
SmilChr08G004273 |
Chr08 | NC_080394.1:52236056-52236063promoter 内 3441-3448 bp |
+ | 553 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 52236616-52238820(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
AGGACCAC |
SmilChr03G002576 |
Chr03 | NC_080389.1:40981764-40981771promoter 内 3440-3447 bp |
- | 554 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 40982325-40982398(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCA |
SmilChr03G003680 |
Chr03 | NC_080389.1:55646094-55646101promoter 内 3440-3447 bp |
- | 554 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 55638716-55645540(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
AGGACCAC |
SmilChr01G001192 |
Chr01 | NC_080387.1:24057780-24057787promoter 内 3439-3446 bp |
+ | 555 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 24058342-24059483(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
TGGACCAC |
SmilChr01G002151 |
Chr01 | NC_080387.1:37500553-37500560promoter 内 3439-3446 bp |
+ | 555 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 37501115-37505806(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
AGGACCAC |
SmilChr01G005941 |
Chr01 | NC_080387.1:75144956-75144963promoter 内 3439-3446 bp |
- | 555 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 75145518-75148832(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCA |
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Chr02 | NC_080388.1:8461555-8461562promoter 内 3439-3446 bp |
+ | 555 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 8462117-8462620(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
AGGACCAC |
SmilChr02G002302 |
Chr02 | NC_080388.1:40612338-40612345promoter 内 3439-3446 bp |
- | 555 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 40607092-40611783(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
AGGACCAC |
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- | 555 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 30134126-30134509(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
TGGACCAC |
SmilChr05G003996 |
Chr05 | NC_080391.1:53814975-53814982promoter 内 3439-3446 bp |
+ | 555 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 53807490-53814420(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCA |
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+ | 556 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 51319187-51320931(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
TGGACCAC |
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- | 558 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 26707110-26710939(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCT |
SmilChr02G001574 |
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- | 560 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 29239110-29241940(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
AGGACCAC |
SmilChr01G005793 |
Chr01 | NC_080387.1:74021725-74021732promoter 内 3432-3439 bp |
- | 562 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 74022294-74025132(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
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GTGGTCCT |
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- | 563 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 13422820-13425557(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
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GTGGTCCT |
SmilChr06G000021 |
Chr06 | NC_080392.1:260539-260546promoter 内 3431-3438 bp |
+ | 563 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 261109-262558(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
TGGACCAC |
SmilChr02G004266 |
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- | 564 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 64873637-64876958(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCA |
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- | 564 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 24599847-24605088(+) |
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GTGGTCCT |
SmilChr07G002613 |
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+ | 565 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 25180758-25184749(-) |
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GTGGTCCT |
SmilChr04G000323 |
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- | 566 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 1 | 2935453-2936807(-) |
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MP00062 |
TGGACCAC |