转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G001791; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007112-RA_Salv SmilChr02G001791 TCP XP_057795933.1 MP00062 GGGACCAC

可能结合的靶基因

7249 个结合位点 6454 个候选靶基因 第 59 / 130 下载 TSV

上一页 59 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000183 Chr02 NC_080388.1:2320979-2320986promoter 内 3464-3471 bp - 530 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 2321516-2326040(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr08G003482 Chr08 NC_080394.1:37465743-37465750promoter 内 3464-3471 bp + 530 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 37466280-37471276(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr08G000845 Chr08 NC_080394.1:6278851-6278858promoter 内 3463-3470 bp + 531 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 6277329-6278320(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr01G006199 Chr01 NC_080387.1:77684614-77684621promoter 内 3462-3469 bp - 532 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 77685153-77690418(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr05G002916 Chr05 NC_080391.1:35124703-35124710promoter 内 3460-3467 bp + 534 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 35121746-35124169(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr01G004975 Chr01 NC_080387.1:67825768-67825775promoter 内 3458-3465 bp - 536 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 67826311-67826811(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr03G001850 Chr03 NC_080389.1:25433306-25433313promoter 内 3457-3464 bp - 537 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 25427666-25432769(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr02G000846 Chr02 NC_080388.1:14370719-14370726promoter 内 3456-3463 bp + 538 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 14366159-14370181(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr05G001955 Chr05 NC_080391.1:19991555-19991562promoter 内 3456-3463 bp + 538 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 19992100-19994899(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr07G002814 Chr07 NC_080393.1:28173585-28173592promoter 内 3456-3463 bp - 538 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 28174130-28175488(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr08G000373 Chr08 NC_080394.1:2571687-2571694promoter 内 3456-3463 bp + 538 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 2572232-2572679(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr08G000374 Chr08 NC_080394.1:2594000-2594007promoter 内 3456-3463 bp + 538 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 2594545-2595099(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr05G002875 Chr05 NC_080391.1:34429988-34429995promoter 内 3455-3462 bp + 539 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 34428404-34429449(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr02G001753 Chr02 NC_080388.1:32243864-32243871promoter 内 3454-3461 bp - 540 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 32242239-32243324(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr03G002780 Chr03 NC_080389.1:44233345-44233352promoter 内 3454-3461 bp + 540 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 44233892-44235338(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr05G002753 Chr05 NC_080391.1:31805321-31805328promoter 内 3454-3461 bp + 540 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 31803026-31804781(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr07G000497 Chr07 NC_080393.1:3462759-3462766promoter 内 3454-3461 bp + 540 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 3463306-3471702(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr07G003653 Chr07 NC_080393.1:43449031-43449038promoter 内 3454-3461 bp + 540 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 43449578-43450054(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr02G001355 Chr02 NC_080388.1:25315597-25315604promoter 内 3453-3460 bp - 541 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 25306259-25315056(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr05G000524 Chr05 NC_080391.1:4021775-4021782promoter 内 3453-3460 bp - 541 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 4016728-4021234(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr01G001130 Chr01 NC_080387.1:22980002-22980009promoter 内 3452-3459 bp - 542 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 22978984-22979460(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr02G004498 Chr02 NC_080388.1:67486378-67486385promoter 内 3452-3459 bp + 542 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 67482937-67485836(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr02G001723 Chr02 NC_080388.1:31701356-31701363promoter 内 3449-3456 bp - 545 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 31699763-31700811(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr03G001111 Chr03 NC_080389.1:12818973-12818980promoter 内 3448-3455 bp - 546 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 12809327-12818427(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr03G002249 Chr03 NC_080389.1:35421223-35421230promoter 内 3446-3453 bp - 548 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 35421778-35425099(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr04G001688 Chr04 NC_080390.1:27930648-27930655promoter 内 3445-3452 bp - 549 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 27931204-27932173(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr05G003089 Chr05 NC_080391.1:39106998-39107005promoter 内 3444-3451 bp + 550 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 39105240-39106448(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr02G002171 Chr02 NC_080388.1:38919615-38919622promoter 内 3443-3450 bp - 551 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 38920173-38920694(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr07G003173 Chr07 NC_080393.1:33778402-33778409promoter 内 3441-3448 bp - 553 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 33778962-33781907(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr08G003220 Chr08 NC_080394.1:33072111-33072118promoter 内 3441-3448 bp - 553 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 33070434-33071558(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr08G004273 Chr08 NC_080394.1:52236056-52236063promoter 内 3441-3448 bp + 553 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 52236616-52238820(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr03G002576 Chr03 NC_080389.1:40981764-40981771promoter 内 3440-3447 bp - 554 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 40982325-40982398(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr03G003680 Chr03 NC_080389.1:55646094-55646101promoter 内 3440-3447 bp - 554 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 55638716-55645540(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr01G001192 Chr01 NC_080387.1:24057780-24057787promoter 内 3439-3446 bp + 555 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 24058342-24059483(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr01G002151 Chr01 NC_080387.1:37500553-37500560promoter 内 3439-3446 bp + 555 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 37501115-37505806(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr01G005941 Chr01 NC_080387.1:75144956-75144963promoter 内 3439-3446 bp - 555 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 75145518-75148832(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
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