转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G002364; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00006712-RA_Salv SmilChr05G002364 WRKY XP_057809766.1 MP00069 AGTCAACG

可能结合的靶基因

9917 个结合位点 7882 个候选靶基因 第 6 / 158 下载 TSV

上一页 6 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005805 Chr01 NC_080387.1:74104681-74104688promoter 内 2933-2940 bp - 1061 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 74105749-74106857(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr03G004514 Chr03 NC_080389.1:63200533-63200540promoter 内 2929-2936 bp - 1065 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 63198775-63199468(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr07G000705 Chr07 NC_080393.1:4884854-4884861promoter 内 2927-2934 bp - 1067 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 4881813-4883787(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr03G001145 Chr03 NC_080389.1:13202447-13202454promoter 内 2920-2927 bp - 1074 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 13203528-13208130(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr01G001192 Chr01 NC_080387.1:24057248-24057255promoter 内 2907-2914 bp + 1087 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 24058342-24059483(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr05G001149 Chr05 NC_080391.1:9652989-9652996promoter 内 2863-2870 bp - 1131 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 9648488-9651858(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr05G000616 Chr05 NC_080391.1:4646316-4646323promoter 内 2851-2858 bp - 1143 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 4647466-4666270(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr02G001579 Chr02 NC_080388.1:29473278-29473285promoter 内 2827-2834 bp - 1167 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 29470400-29472111(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr03G003775 Chr03 NC_080389.1:56921811-56921818promoter 内 2823-2830 bp + 1171 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 56917900-56920640(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr07G000889 Chr07 NC_080393.1:6377097-6377104promoter 内 2809-2816 bp + 1185 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 6366165-6375912(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr07G003236 Chr07 NC_080393.1:34338219-34338226promoter 内 2807-2814 bp - 1187 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 34336899-34337032(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr07G002300 Chr07 NC_080393.1:21312618-21312625promoter 内 2802-2809 bp + 1192 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 21313817-21317402(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr02G003070 Chr02 NC_080388.1:51558223-51558230promoter 内 2801-2808 bp - 1193 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 51559423-51561003(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr03G000284 Chr03 NC_080389.1:3244762-3244769promoter 内 2792-2799 bp + 1202 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 3241316-3243560(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr03G002653 Chr03 NC_080389.1:42181405-42181412promoter 内 2791-2798 bp - 1203 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 42182615-42186970(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr02G002038 Chr02 NC_080388.1:36683404-36683411promoter 内 2790-2797 bp + 1204 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 36679066-36682200(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr01G005272 Chr01 NC_080387.1:70157496-70157503promoter 内 2789-2796 bp + 1205 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 70158708-70159433(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr07G003290 Chr07 NC_080393.1:34657887-34657894promoter 内 2785-2792 bp + 1209 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 34659103-34660527(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr01G004021 Chr01 NC_080387.1:58604953-58604960promoter 内 2778-2785 bp + 1216 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 58606176-58610147(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr01G004872 Chr01 NC_080387.1:66834214-66834221promoter 内 2770-2777 bp + 1224 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 66831346-66832990(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr01G000971 Chr01 NC_080387.1:20582252-20582259promoter 内 2767-2774 bp - 1227 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 20571972-20581025(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr05G002566 Chr05 NC_080391.1:28835346-28835353promoter 内 2756-2763 bp + 1238 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 28836591-28841454(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr04G003864 Chr04 NC_080390.1:54566152-54566159promoter 内 2755-2762 bp - 1239 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 54562327-54564913(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr01G004042 Chr01 NC_080387.1:58832985-58832992promoter 内 2744-2751 bp + 1250 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 58828095-58831735(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr01G002210 Chr01 NC_080387.1:38428167-38428174promoter 内 2731-2738 bp + 1263 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 38429437-38430229(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr02G002806 Chr02 NC_080388.1:48133685-48133692promoter 内 2727-2734 bp + 1267 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 48125601-48132418(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr05G000631 Chr05 NC_080391.1:4763132-4763139promoter 内 2702-2709 bp - 1292 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 4758784-4761840(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr03G000719 Chr03 NC_080389.1:8057256-8057263promoter 内 2677-2684 bp - 1317 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 8058580-8060311(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr02G004199 Chr02 NC_080388.1:64313232-64313239promoter 内 2673-2680 bp + 1321 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 64309938-64311911(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr06G000666 Chr06 NC_080392.1:5853797-5853804promoter 内 2670-2677 bp - 1324 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 5855128-5859600(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr04G001344 Chr04 NC_080390.1:21812851-21812858promoter 内 2666-2673 bp - 1328 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 21810830-21811523(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr04G001234 Chr04 NC_080390.1:19354295-19354302promoter 内 2654-2661 bp + 1340 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 19355642-19357036(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr07G003370 Chr07 NC_080393.1:36378445-36378452promoter 内 2652-2659 bp - 1342 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 36379794-36381174(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr04G001233 Chr04 NC_080390.1:19347808-19347815promoter 内 2648-2655 bp + 1346 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 19349161-19349845(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr04G000603 Chr04 NC_080390.1:6825856-6825863promoter 内 2621-2628 bp - 1373 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 6827236-6830037(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr04G003182 Chr04 NC_080390.1:48526187-48526194promoter 内 2620-2627 bp - 1374 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 48524221-48524813(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
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