转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G001606; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016473-RA_Salv SmilChr03G001606 WRKY XP_057802772.1 MP00539 TCGTTGACTTTTTT

可能结合的靶基因

9848 个结合位点 7338 个候选靶基因 第 60 / 147 下载 TSV

上一页 60 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G004718 Chr03 NC_080389.1:64410145-64410158promoter 内 386-399 bp - 3602 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 64413760-64417012(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AGCAAAGTCAAAGT
SmilChr02G001747 Chr02 NC_080388.1:32061718-32061731promoter 内 322-335 bp - 3666 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 32049309-32058052(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GTGTTGACTGTTGA
SmilChr01G001908 Chr01 NC_080387.1:34166842-34166855promoter 内 268-281 bp + 3720 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 34170575-34171755(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AGGTTGACTTTAAT
SmilChr01G001865 Chr01 NC_080387.1:33593814-33593827promoter 内 246-259 bp + 3742 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 33597569-33598788(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AGGTTGACTTTAAT
SmilChr01G004234 Chr01 NC_080387.1:60710054-60710067promoter 内 191-204 bp - 3797 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 60704975-60706257(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GAGTTGACTTTAAG
SmilChr03G000051 Chr03 NC_080389.1:510867-510880promoter 内 173-186 bp + 3815 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 514695-517585(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GTGTTGACTGTTGA
SmilChr04G000400 Chr04 NC_080390.1:4141775-4141788promoter 内 171-184 bp + 3817 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 4136911-4137958(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AGCAAAGTCAACTT
SmilChr02G002793 Chr02 NC_080388.1:47992294-47992307promoter 内 153-166 bp - 3835 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 47986801-47988459(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAGTTGACTTTGCC
SmilChr04G002030 Chr04 NC_080390.1:33001076-33001089promoter 内 125-138 bp - 3863 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 32995454-32997213(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCTTTGACTTTCAA
SmilChr01G002685 Chr01 NC_080387.1:45053043-45053056promoter 内 9-22 bp + 3979 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 45057035-45058846(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTGTTGACTGTTGT
SmilChr03G003928 Chr03 NC_080389.1:58366431-58366444promoter 内 3851-3864 bp - 137 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 4 58365116-58366294(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTGTTGACTTATAG
SmilChr03G003931 Chr03 NC_080389.1:58378989-58379002promoter 内 3763-3776 bp - 225 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 4 58377911-58378764(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTGTTGACTTATAG
SmilChr02G004074 Chr02 NC_080388.1:63027559-63027572promoter 内 2770-2783 bp + 1218 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 63028790-63037407(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCGTTGACCACCAC
SmilChr02G002714 Chr02 NC_080388.1:46982162-46982175promoter 内 2359-2372 bp + 1629 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 46983804-46987494(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACGTTGACTAACAC
SmilChr02G001179 Chr02 NC_080388.1:21668102-21668115promoter 内 1241-1254 bp + 2747 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 21661969-21665355(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAAGAAGTCAACAT
SmilChr04G001395 Chr04 NC_080390.1:22752688-22752701promoter 内 417-430 bp - 3571 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 22748569-22749117(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACGTTGACCAATAT
SmilChr02G001761 Chr02 NC_080388.1:32368040-32368053promoter 内 263-276 bp - 3725 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 32363557-32364315(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACGTTGACCAATAC
SmilChr03G001441 Chr03 NC_080389.1:17149550-17149563promoter 内 40-53 bp - 3948 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 17144939-17145602(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TAGTTGACTTTGAG
SmilChr02G000973 Chr02 NC_080388.1:17013459-17013472promoter 内 22-35 bp - 3966 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 17017438-17018094(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAAGAAGTCAACAT
SmilChr03G002957 Chr03 NC_080389.1:46314310-46314323promoter 内 3911-3924 bp - 77 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 46312661-46314233(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ATGTTGACTTGTTT
SmilChr04G000240 Chr04 NC_080390.1:2148183-2148196promoter 内 3660-3673 bp + 328 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 2148524-2149440(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACGTTGACCCATTT
SmilChr02G003993 Chr02 NC_080388.1:62234056-62234069promoter 内 3581-3594 bp - 407 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 62230799-62233649(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCGTTGACCACCAC
SmilChr01G001872 Chr01 NC_080387.1:33750111-33750124promoter 内 3501-3514 bp - 487 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 33750611-33755923(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GTGGTGGTCAACGC
SmilChr04G000540 Chr04 NC_080390.1:6002727-6002740promoter 内 3494-3507 bp - 494 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 6001304-6002233(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCATTGACTTTCCT
SmilChr04G001224 Chr04 NC_080390.1:19098039-19098052promoter 内 3484-3497 bp + 504 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 19098556-19103693(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ATGTTGACTTCTTT
SmilChr02G001172 Chr02 NC_080388.1:21542033-21542046promoter 内 3348-3361 bp + 640 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 21542686-21544809(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GTGTTGACTGTTAC
SmilChr03G002303 Chr03 NC_080389.1:36264160-36264173promoter 内 3057-3070 bp - 931 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 36265104-36267631(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GACCAAGTCAACCA
SmilChr03G002949 Chr03 NC_080389.1:46211787-46211800promoter 内 2796-2809 bp - 1192 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 46212992-46223199(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCGATAGTCAACAG
SmilChr01G003141 Chr01 NC_080387.1:50246237-50246250promoter 内 2775-2788 bp - 1213 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 50247463-50250725(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GTATTGGTCAACGT
SmilChr01G001519 Chr01 NC_080387.1:29109135-29109148promoter 内 2766-2779 bp + 1222 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 29104984-29107913(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AGGATAGTCAACTC
SmilChr01G001926 Chr01 NC_080387.1:34399127-34399140promoter 内 2565-2578 bp + 1423 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 34400563-34402953(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCGTTGACTGACAT
SmilChr01G005029 Chr01 NC_080387.1:68244656-68244669promoter 内 2361-2374 bp + 1627 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 68242265-68243029(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AGGATAGTCAACTC
SmilChr01G001925 Chr01 NC_080387.1:34399127-34399140promoter 内 2261-2274 bp + 1727 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 34395602-34397400(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ATGTCAGTCAACGG
SmilChr03G002888 Chr03 NC_080389.1:45548262-45548275promoter 内 2168-2181 bp + 1820 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 45550095-45553642(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GAGTTGACTATCCT
SmilChr02G003145 Chr02 NC_080388.1:52484808-52484821promoter 内 1499-1512 bp + 2489 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 52478208-52482319(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CTGTTGGTCAACGG
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