转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007215-RA_Salv SmilChr01G003955 WRKY XP_057779712.1 MP00450 AGCGTTGACTTTTT

可能结合的靶基因

9901 个结合位点 8044 个候选靶基因 第 62 / 161 下载 TSV

上一页 62 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004801 Chr01 NC_080387.1:66227941-66227954promoter 内 2992-3005 bp - 996 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 66228950-66232834(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAATCA
SmilChr05G004147 Chr05 NC_080391.1:55404274-55404287promoter 内 2955-2968 bp + 1033 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 55405320-55407634(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACATTTGACTTTTT
SmilChr01G003117 Chr01 NC_080387.1:49971018-49971031promoter 内 2883-2896 bp - 1105 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 49967805-49969913(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CACTTTGACTTTGG
SmilChr03G002253 Chr03 NC_080389.1:35455315-35455328promoter 内 2859-2872 bp - 1129 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 35452741-35454186(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACCTTTGACTTTAG
SmilChr01G001301 Chr01 NC_080387.1:25923499-25923512promoter 内 2780-2793 bp + 1208 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 25924720-25928691(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GTATTTGACTTTTG
SmilChr08G000137 Chr08 NC_080394.1:858231-858244promoter 内 2752-2765 bp - 1236 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 859480-866768(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CTAAAGTCAAAGGT
SmilChr04G002406 Chr04 NC_080390.1:38601064-38601077promoter 内 2731-2744 bp + 1257 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 38602334-38609880(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACCTTTGACTTTAG
SmilChr01G002430 Chr01 NC_080387.1:41844173-41844186promoter 内 2720-2733 bp + 1268 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 41837718-41842905(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAATCA
SmilChr03G002312 Chr03 NC_080389.1:36380569-36380582promoter 内 2691-2704 bp + 1297 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 36378395-36379272(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TAAGAGTCAACGCA
SmilChr05G002802 Chr05 NC_080391.1:32780357-32780370promoter 内 2556-2569 bp - 1432 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 32781802-32785703(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TAAGAGTCAACGCA
SmilChr03G000807 Chr03 NC_080389.1:9230976-9230989promoter 内 2537-2550 bp - 1451 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 9232440-9236815(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACAAAGTCAAATCC
SmilChr02G003736 Chr02 NC_080388.1:59004449-59004462promoter 内 2464-2477 bp - 1524 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 59005986-59006474(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATATAGTCAACGGC
SmilChr02G002829 Chr02 NC_080388.1:48384863-48384876promoter 内 2425-2438 bp - 1563 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 48386439-48389938(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TCAAAGTCAACAGA
SmilChr02G004926 Chr02 NC_080388.1:71284203-71284216promoter 内 2333-2346 bp - 1655 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 71278458-71282548(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GGGTTTGACTTTGT
SmilChr02G003363 Chr02 NC_080388.1:54757134-54757147promoter 内 2328-2341 bp - 1660 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 54753719-54755474(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GGATTTGACTTTGT
SmilChr06G003055 Chr06 NC_080392.1:43456894-43456907promoter 内 2288-2301 bp + 1700 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 43449436-43455194(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GCAAAGTCAAAGAG
SmilChr01G003146 Chr01 NC_080387.1:50282656-50282669promoter 内 2154-2167 bp + 1834 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 50280144-50280822(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAAACAC
SmilChr07G000010 Chr07 NC_080393.1:39398-39411promoter 内 2152-2165 bp - 1836 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 41247-46652(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAATGT
SmilChr06G002671 Chr06 NC_080392.1:38621406-38621419promoter 内 2146-2159 bp + 1842 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 38614350-38619564(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CTAAAGTCAAAGGT
SmilChr05G000598 Chr05 NC_080391.1:4504680-4504693promoter 内 2144-2157 bp - 1844 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 4501605-4502836(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACATTTGACTTTTT
SmilChr01G001433 Chr01 NC_080387.1:28000944-28000957promoter 内 2118-2131 bp - 1870 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 28002827-28004657(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CTAAAGTCAAAGGT
SmilChr02G002715 Chr02 NC_080388.1:46996349-46996362promoter 内 2082-2095 bp - 1906 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 46990210-46994443(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAAGTTGACTTATG
SmilChr05G002974 Chr05 NC_080391.1:36208539-36208552promoter 内 2032-2045 bp - 1956 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 36202948-36206583(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CGCGTTGACTCTGG
SmilChr05G001298 Chr05 NC_080391.1:11204499-11204512promoter 内 2002-2015 bp + 1986 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 11198076-11202513(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GTAAAGTCAACTTG
SmilChr01G001725 Chr01 NC_080387.1:31779756-31779769promoter 内 1806-1819 bp - 2182 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 31781951-31786771(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CTAAAGTCAAAGGT
SmilChr03G000884 Chr03 NC_080389.1:10031074-10031087promoter 内 1803-1816 bp - 2185 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 10025259-10028889(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACGTTTGACTTTTT
SmilChr01G004937 Chr01 NC_080387.1:67468212-67468225promoter 内 1770-1783 bp + 2218 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 67470443-67473691(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GTGTTTGACTTTTG
SmilChr07G002299 Chr07 NC_080393.1:21284695-21284708promoter 内 1757-1770 bp - 2231 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 21281059-21282464(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GGATTTGACTTTGT
SmilChr04G001089 Chr04 NC_080390.1:15609201-15609214promoter 内 1749-1762 bp + 2239 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 15606104-15606962(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAAACCG
SmilChr02G005288 Chr02 NC_080388.1:73892549-73892562promoter 内 1727-1740 bp + 2261 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 73894823-73898453(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACCTTTGACTTTAG
SmilChr06G001966 Chr06 NC_080392.1:24757098-24757111promoter 内 1723-1736 bp - 2265 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 24752610-24754833(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATAGTTGACTTATG
SmilChr02G001669 Chr02 NC_080388.1:30956488-30956501promoter 内 1708-1721 bp - 2280 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 30949147-30954208(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TGATTTGACTTTTT
SmilChr07G000224 Chr07 NC_080393.1:1433293-1433306promoter 内 1643-1656 bp + 2345 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 1435651-1439213(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GCCGTTGACTATAT
SmilChr04G002379 Chr04 NC_080390.1:38319872-38319885promoter 内 1605-1618 bp + 2383 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 38322268-38330598(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TGATTTGACTTTTT
SmilChr08G000034 Chr08 NC_080394.1:239479-239492promoter 内 1551-1564 bp + 2437 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 241929-246230(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TGCTTTGACTTTAG
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