转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G002743; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022510-RA_Salv SmilChr01G002743 MYB_related XP_057765725.1 MP00565 AACCTTATCCATAAA

可能结合的靶基因

9785 个结合位点 7412 个候选靶基因 第 64 / 149 下载 TSV

上一页 64 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003242 Chr02 NC_080388.1:53696649-53696663promoter 内 948-962 bp + 3039 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 53699702-53702986(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAGTTTATCCATAAA
SmilChr02G002509 Chr02 NC_080388.1:43561762-43561776promoter 内 940-954 bp - 3047 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 43564823-43564951(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTGTGGATAAAGAA
SmilChr02G002506 Chr02 NC_080388.1:43540994-43541008promoter 内 936-950 bp - 3051 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 43544059-43544187(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTGTGGATAAAGAA
SmilChr04G000626 Chr04 NC_080390.1:7123260-7123274promoter 内 884-898 bp - 3103 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 7126377-7133897(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATGTGGATAAGTTG
SmilChr01G006065 Chr01 NC_080387.1:76063804-76063818promoter 内 764-778 bp - 3223 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 76067041-76075726(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATTTGGATAAGAGA
SmilChr04G004078 Chr04 NC_080390.1:55843261-55843275promoter 内 745-759 bp + 3242 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 55846517-55848858(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AGTCTTATCCTCACA
SmilChr03G001521 Chr03 NC_080389.1:18658492-18658506promoter 内 723-737 bp + 3264 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 18652653-18655228(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GTATCGGATAAGAAA
SmilChr02G002656 Chr02 NC_080388.1:46000524-46000538promoter 内 696-710 bp - 3291 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 45994844-45997233(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CTCATTATCCAAATT
SmilChr04G004057 Chr04 NC_080390.1:55722214-55722228promoter 内 675-689 bp + 3312 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 55716952-55718902(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GAATTGGATAATTTT
SmilChr01G005567 Chr01 NC_080387.1:72464194-72464208promoter 内 536-550 bp - 3451 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 72458824-72460743(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAGATTATCCAAATC
SmilChr02G002426 Chr02 NC_080388.1:42238071-42238085promoter 内 491-505 bp + 3496 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 42241581-42241653(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAGTTTATCCATATA
SmilChr04G004006 Chr04 NC_080390.1:55401426-55401440promoter 内 392-406 bp - 3595 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 55405035-55406062(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GCATTGGATAATGAT
SmilChr01G001895 Chr01 NC_080387.1:34057361-34057375promoter 内 319-333 bp + 3668 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 34061043-34062788(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAACTTATCCTCATT
SmilChr04G002443 Chr04 NC_080390.1:39122635-39122649promoter 内 189-203 bp + 3798 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 39126447-39130683(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTCTTTATCCAAACC
SmilChr01G004450 Chr01 NC_080387.1:62627330-62627344promoter 内 182-196 bp - 3805 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 62623046-62623525(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAGTTTATCCATATA
SmilChr01G001777 Chr01 NC_080387.1:32659973-32659987promoter 内 160-174 bp + 3827 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 32663814-32665195(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TATGTTATCCAAACA
SmilChr04G003425 Chr04 NC_080390.1:50844062-50844076promoter 内 53-67 bp - 3934 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 50848010-50851163(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GATTTGGATAAGAGG
SmilChr02G004710 Chr02 NC_080388.1:69365195-69365209promoter 内 3546-3560 bp - 441 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 4 69363678-69364754(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CTCATTATCCAAACC
SmilChr01G005054 Chr01 NC_080387.1:68477111-68477125promoter 内 2764-2778 bp + 1223 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 4 68474427-68475888(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GATATGGATAAATTT
SmilChr03G000447 Chr03 NC_080389.1:4793907-4793921promoter 内 3824-3838 bp - 163 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 4792703-4793744(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTACTTATCCAAATA
SmilChr01G003196 Chr01 NC_080387.1:50730794-50730808promoter 内 3328-3342 bp + 659 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 50723368-50730135(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GATATGGATATGGAT
SmilChr04G000900 Chr04 NC_080390.1:11622272-11622286promoter 内 2888-2902 bp + 1099 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 11623385-11626005(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CATATTATCCAAAAA
SmilChr03G003477 Chr03 NC_080389.1:53309065-53309079promoter 内 2212-2226 bp + 1775 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 53310854-53316655(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATCCATATCCATATC
SmilChr03G003476 Chr03 NC_080389.1:53309059-53309073promoter 内 1428-1442 bp + 2559 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 53300558-53306500(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GATATGGATATGGAT
SmilChr01G005055 Chr01 NC_080387.1:68477111-68477125promoter 内 520-534 bp + 3467 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 68480592-68486417(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAATTTATCCATATC
SmilChr01G004753 Chr01 NC_080387.1:65739955-65739969promoter 内 3938-3952 bp + 49 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 65740018-65742746(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATCTTTATCCAATCG
SmilChr02G003073 Chr02 NC_080388.1:51584531-51584545promoter 内 3936-3950 bp + 51 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 51579520-51584480(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAAATGGATAAGCAC
SmilChr02G003661 Chr02 NC_080388.1:57998396-57998410promoter 内 3873-3887 bp - 114 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 57998524-57999158(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTATTGGATAAAGAA
SmilChr01G001817 Chr01 NC_080387.1:33102691-33102705promoter 内 3866-3880 bp - 121 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 33099523-33102570(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TGCCTTATCTACTTG
SmilChr02G005605 Chr02 NC_080388.1:75748214-75748228promoter 内 3839-3853 bp - 148 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 75748376-75752116(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAATTGGATAATAAT
SmilChr02G002820 Chr02 NC_080388.1:48291910-48291924promoter 内 3816-3830 bp + 171 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 48291014-48291739(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTTTGGATAATATG
SmilChr01G005535 Chr01 NC_080387.1:72183436-72183450promoter 内 3681-3695 bp + 306 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 72183756-72186006(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AGCCTTATCTTAAAA
SmilChr04G000234 Chr04 NC_080390.1:2080437-2080451promoter 内 3442-3456 bp - 545 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 2074561-2079892(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAACTTATCCTCACC
SmilChr04G000733 Chr04 NC_080390.1:8733453-8733467promoter 内 3330-3344 bp - 657 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 8728890-8732796(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GTGCTTATCCATTAA
SmilChr02G003349 Chr02 NC_080388.1:54686538-54686552promoter 内 2986-3000 bp - 1001 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 54687553-54688263(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GTTATGGATAGGATG
SmilChr01G003147 Chr01 NC_080387.1:50288246-50288260promoter 内 2819-2833 bp - 1168 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 50283121-50287078(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TATTTTATCCATTTA
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