转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005012; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013472-RA_Salv SmilChr02G005012 TALE XP_057792191.1 MP00670 AGTGACGGCA

可能结合的靶基因

9906 个结合位点 7758 个候选靶基因 第 65 / 156 下载 TSV

上一页 65 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001835 Chr03 NC_080389.1:25181354-25181363promoter 内 3577-3586 bp + 415 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 25179806-25180939(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCATC
SmilChr05G003129 Chr05 NC_080391.1:39916719-39916728promoter 内 3543-3552 bp - 449 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 39917177-39925436(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCATC
SmilChr03G002246 Chr03 NC_080389.1:35402920-35402929promoter 内 3527-3536 bp + 465 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 35403394-35403909(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GATGACGGCG
SmilChr02G000096 Chr02 NC_080388.1:1261297-1261306promoter 内 3518-3527 bp + 474 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 1256990-1260823(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCATC
SmilChr05G000099 Chr05 NC_080391.1:611182-611191promoter 内 3402-3411 bp - 590 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 607207-610592(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GATGACGGCG
SmilChr03G002646 Chr03 NC_080389.1:42100418-42100427promoter 内 3333-3342 bp - 659 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 42095707-42099759(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GATGACGGCC
SmilChr03G001534 Chr03 NC_080389.1:19182476-19182485promoter 内 3307-3316 bp - 685 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 19183170-19185531(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGCCGTCATC
SmilChr04G002460 Chr04 NC_080390.1:39433027-39433036promoter 内 3171-3180 bp + 821 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 39425976-39432206(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGCCGTCATC
SmilChr04G002494 Chr04 NC_080390.1:39837552-39837561promoter 内 3063-3072 bp - 929 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 39835092-39836623(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GATGACGGCC
SmilChr02G004408 Chr02 NC_080388.1:66404106-66404115promoter 内 3044-3053 bp - 948 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 66401834-66403158(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GATGACGGCG
SmilChr01G002227 Chr01 NC_080387.1:38741201-38741210promoter 内 3042-3051 bp - 950 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 38742160-38743032(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCATC
SmilChr01G001499 Chr01 NC_080387.1:28851398-28851407promoter 内 3034-3043 bp + 958 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 28848155-28850440(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGCCGTCATC
SmilChr02G005245 Chr02 NC_080388.1:73608965-73608974promoter 内 3019-3028 bp + 973 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 73605015-73607992(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCATC
SmilChr03G004242 Chr03 NC_080389.1:60931952-60931961promoter 内 3017-3026 bp + 975 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 60932936-60936598(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GATGACGGCG
SmilChr03G004057 Chr03 NC_080389.1:59520939-59520948promoter 内 3003-3012 bp - 989 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 59521937-59522753(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCATC
SmilChr04G004111 Chr04 NC_080390.1:56039417-56039426promoter 内 2979-2988 bp + 1013 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 56037340-56038404(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCATC
SmilChr01G002507 Chr01 NC_080387.1:42946533-42946542promoter 内 2975-2984 bp - 1017 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 42941240-42945516(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GATGACGGCG
SmilChr06G002240 Chr06 NC_080392.1:31721358-31721367promoter 内 2941-2950 bp + 1051 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 31719294-31720307(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCATC
SmilChr01G004168 Chr01 NC_080387.1:60181756-60181765promoter 内 2895-2904 bp + 1097 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 60182862-60184442(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GATGACGGCG
SmilChr03G002245 Chr03 NC_080389.1:35402920-35402929promoter 内 2863-2872 bp + 1129 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 35399236-35401791(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCATC
SmilChr04G003206 Chr04 NC_080390.1:48905707-48905716promoter 内 2837-2846 bp - 1155 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 48902219-48904552(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GATGACGGCG
SmilChr03G001042 Chr03 NC_080389.1:12133989-12133998promoter 内 2820-2829 bp - 1172 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 12135170-12136301(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCATC
SmilChr03G001794 Chr03 NC_080389.1:24506248-24506257promoter 内 2799-2808 bp + 1193 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 24507450-24508299(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GATGACGGCG
SmilChr01G002474 Chr01 NC_080387.1:42483243-42483252promoter 内 2798-2807 bp - 1194 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 42484446-42486418(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGCCGTCATC
SmilChr05G003446 Chr05 NC_080391.1:45826841-45826850promoter 内 2786-2795 bp - 1206 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 45828056-45829197(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCATC
SmilChr05G003970 Chr05 NC_080391.1:53466939-53466948promoter 内 2741-2750 bp - 1251 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 53462133-53465688(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GATGACGGCG
SmilChr03G002699 Chr03 NC_080389.1:42965704-42965713promoter 内 2711-2720 bp - 1281 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 42956058-42964423(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GATGACGGCC
SmilChr03G002460 Chr03 NC_080389.1:38960821-38960830promoter 内 2654-2663 bp - 1338 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 38962168-38977155(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCATC
SmilChr01G001725 Chr01 NC_080387.1:31780579-31780588promoter 内 2629-2638 bp + 1363 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 31781951-31786771(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GATGACGGCG
SmilChr04G002556 Chr04 NC_080390.1:40873925-40873934promoter 内 2617-2626 bp - 1375 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 40871294-40872550(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GATGACGGCG
SmilChr06G000603 Chr06 NC_080392.1:5209068-5209077promoter 内 2582-2591 bp - 1410 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 5210487-5211606(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCATC
SmilChr02G002142 Chr02 NC_080388.1:38541869-38541878promoter 内 2530-2539 bp - 1462 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 38543340-38546017(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCATC
SmilChr04G001731 Chr04 NC_080390.1:28553601-28553610promoter 内 2442-2451 bp - 1550 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 28555160-28558097(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGCCGTCATC
SmilChr04G003753 Chr04 NC_080390.1:53800153-53800162promoter 内 2442-2451 bp - 1550 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 53801712-53804937(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCATC
SmilChr05G004034 Chr05 NC_080391.1:54318202-54318211promoter 内 2382-2391 bp - 1610 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 54311911-54316592(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GATGACGGCG
SmilChr04G001809 Chr04 NC_080390.1:29575167-29575176promoter 内 2282-2291 bp + 1710 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 29569743-29573457(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCATC
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