靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr02G005012; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00013472-RA_Salv |
SmilChr02G005012 |
TALE | XP_057792191.1 |
MP00670 |
AGTGACGGCA |
9906 个结合位点 7758 个候选靶基因 第 65 / 156 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr03G001835 |
Chr03 | NC_080389.1:25181354-25181363promoter 内 3577-3586 bp |
+ | 415 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 25179806-25180939(-) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
CGCCGTCATC |
SmilChr05G003129 |
Chr05 | NC_080391.1:39916719-39916728promoter 内 3543-3552 bp |
- | 449 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 39917177-39925436(+) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
CGCCGTCATC |
SmilChr03G002246 |
Chr03 | NC_080389.1:35402920-35402929promoter 内 3527-3536 bp |
+ | 465 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 35403394-35403909(+) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
GATGACGGCG |
SmilChr02G000096 |
Chr02 | NC_080388.1:1261297-1261306promoter 内 3518-3527 bp |
+ | 474 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 1256990-1260823(-) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
CGCCGTCATC |
SmilChr05G000099 |
Chr05 | NC_080391.1:611182-611191promoter 内 3402-3411 bp |
- | 590 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 607207-610592(-) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
GATGACGGCG |
SmilChr03G002646 |
Chr03 | NC_080389.1:42100418-42100427promoter 内 3333-3342 bp |
- | 659 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 42095707-42099759(-) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
GATGACGGCC |
SmilChr03G001534 |
Chr03 | NC_080389.1:19182476-19182485promoter 内 3307-3316 bp |
- | 685 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 19183170-19185531(+) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
GGCCGTCATC |
SmilChr04G002460 |
Chr04 | NC_080390.1:39433027-39433036promoter 内 3171-3180 bp |
+ | 821 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 39425976-39432206(-) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
GGCCGTCATC |
SmilChr04G002494 |
Chr04 | NC_080390.1:39837552-39837561promoter 内 3063-3072 bp |
- | 929 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 39835092-39836623(-) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
GATGACGGCC |
SmilChr02G004408 |
Chr02 | NC_080388.1:66404106-66404115promoter 内 3044-3053 bp |
- | 948 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 66401834-66403158(-) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
GATGACGGCG |
SmilChr01G002227 |
Chr01 | NC_080387.1:38741201-38741210promoter 内 3042-3051 bp |
- | 950 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 38742160-38743032(+) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
CGCCGTCATC |
SmilChr01G001499 |
Chr01 | NC_080387.1:28851398-28851407promoter 内 3034-3043 bp |
+ | 958 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 28848155-28850440(-) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
GGCCGTCATC |
SmilChr02G005245 |
Chr02 | NC_080388.1:73608965-73608974promoter 内 3019-3028 bp |
+ | 973 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 73605015-73607992(-) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
CGCCGTCATC |
SmilChr03G004242 |
Chr03 | NC_080389.1:60931952-60931961promoter 内 3017-3026 bp |
+ | 975 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 60932936-60936598(+) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
GATGACGGCG |
SmilChr03G004057 |
Chr03 | NC_080389.1:59520939-59520948promoter 内 3003-3012 bp |
- | 989 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 59521937-59522753(+) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
CGCCGTCATC |
SmilChr04G004111 |
Chr04 | NC_080390.1:56039417-56039426promoter 内 2979-2988 bp |
+ | 1013 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 56037340-56038404(-) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
CGCCGTCATC |
SmilChr01G002507 |
Chr01 | NC_080387.1:42946533-42946542promoter 内 2975-2984 bp |
- | 1017 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 42941240-42945516(-) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
GATGACGGCG |
SmilChr06G002240 |
Chr06 | NC_080392.1:31721358-31721367promoter 内 2941-2950 bp |
+ | 1051 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 31719294-31720307(-) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
CGCCGTCATC |
SmilChr01G004168 |
Chr01 | NC_080387.1:60181756-60181765promoter 内 2895-2904 bp |
+ | 1097 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 60182862-60184442(+) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
GATGACGGCG |
SmilChr03G002245 |
Chr03 | NC_080389.1:35402920-35402929promoter 内 2863-2872 bp |
+ | 1129 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 35399236-35401791(-) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
CGCCGTCATC |
SmilChr04G003206 |
Chr04 | NC_080390.1:48905707-48905716promoter 内 2837-2846 bp |
- | 1155 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 48902219-48904552(-) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
GATGACGGCG |
SmilChr03G001042 |
Chr03 | NC_080389.1:12133989-12133998promoter 内 2820-2829 bp |
- | 1172 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 12135170-12136301(+) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
CGCCGTCATC |
SmilChr03G001794 |
Chr03 | NC_080389.1:24506248-24506257promoter 内 2799-2808 bp |
+ | 1193 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 24507450-24508299(+) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
GATGACGGCG |
SmilChr01G002474 |
Chr01 | NC_080387.1:42483243-42483252promoter 内 2798-2807 bp |
- | 1194 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 42484446-42486418(+) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
GGCCGTCATC |
SmilChr05G003446 |
Chr05 | NC_080391.1:45826841-45826850promoter 内 2786-2795 bp |
- | 1206 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 45828056-45829197(+) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
CGCCGTCATC |
SmilChr05G003970 |
Chr05 | NC_080391.1:53466939-53466948promoter 内 2741-2750 bp |
- | 1251 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 53462133-53465688(-) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
GATGACGGCG |
SmilChr03G002699 |
Chr03 | NC_080389.1:42965704-42965713promoter 内 2711-2720 bp |
- | 1281 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 42956058-42964423(-) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
GATGACGGCC |
SmilChr03G002460 |
Chr03 | NC_080389.1:38960821-38960830promoter 内 2654-2663 bp |
- | 1338 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 38962168-38977155(+) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
CGCCGTCATC |
SmilChr01G001725 |
Chr01 | NC_080387.1:31780579-31780588promoter 内 2629-2638 bp |
+ | 1363 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 31781951-31786771(+) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
GATGACGGCG |
SmilChr04G002556 |
Chr04 | NC_080390.1:40873925-40873934promoter 内 2617-2626 bp |
- | 1375 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 40871294-40872550(-) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
GATGACGGCG |
SmilChr06G000603 |
Chr06 | NC_080392.1:5209068-5209077promoter 内 2582-2591 bp |
- | 1410 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 5210487-5211606(+) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
CGCCGTCATC |
SmilChr02G002142 |
Chr02 | NC_080388.1:38541869-38541878promoter 内 2530-2539 bp |
- | 1462 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 38543340-38546017(+) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
CGCCGTCATC |
SmilChr04G001731 |
Chr04 | NC_080390.1:28553601-28553610promoter 内 2442-2451 bp |
- | 1550 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 28555160-28558097(+) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
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Chr04 | NC_080390.1:53800153-53800162promoter 内 2442-2451 bp |
- | 1550 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 53801712-53804937(+) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
CGCCGTCATC |
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Chr05 | NC_080391.1:54318202-54318211promoter 内 2382-2391 bp |
- | 1610 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 54311911-54316592(-) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
GATGACGGCG |
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Chr04 | NC_080390.1:29575167-29575176promoter 内 2282-2291 bp |
+ | 1710 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 29569743-29573457(-) |
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MP00670 |
CGCCGTCATC |
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- | 1729 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 46760373-46763928(+) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
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- | 1741 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 19059475-19059868(+) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
CGCCGTCATC |
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+ | 1765 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 9813814-9819437(-) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
CGCCGTCATC |
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+ | 1803 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 25327415-25333624(+) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
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- | 1805 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 33471818-33474480(-) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
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- | 1812 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 25346518-25349225(-) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
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+ | 1822 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 60391093-60392047(-) |
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+ | 1873 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 12380846-12382794(+) |
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+ | 1893 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 11333532-11333605(-) |
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+ | 1894 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 11221984-11222057(-) |
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SmilChr02G001379 |
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+ | 1929 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 26097113-26099726(-) |
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- | 1966 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 34283839-34285760(+) |
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