转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003745; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007655-RA_Salv SmilChr04G003745 C2H2 XP_057809144.1 MP00416 TGTAGTAG

可能结合的靶基因

9716 个结合位点 6433 个候选靶基因 第 75 / 129 下载 TSV

上一页 75 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004726 Chr01 NC_080387.1:65439774-65439781promoter 内 3650-3657 bp + 344 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 65438511-65439430(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr01G004364 Chr01 NC_080387.1:61839188-61839195promoter 内 3644-3651 bp + 350 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 61834267-61838838(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr02G000799 Chr02 NC_080388.1:13382143-13382150promoter 内 3642-3649 bp - 352 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 13379253-13381791(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr02G004657 Chr02 NC_080388.1:68984986-68984993promoter 内 3630-3637 bp - 364 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 68983438-68984622(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr01G004974 Chr01 NC_080387.1:67822126-67822133promoter 内 3629-3636 bp - 365 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 67822498-67823169(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr01G004960 Chr01 NC_080387.1:67693908-67693915promoter 内 3628-3635 bp + 366 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 67692933-67693542(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr02G005549 Chr02 NC_080388.1:75475340-75475347promoter 内 3623-3630 bp + 371 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 75470795-75474969(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr02G005439 Chr02 NC_080388.1:74785793-74785800promoter 内 3621-3628 bp - 373 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 74786173-74789076(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr02G002538 Chr02 NC_080388.1:44159520-44159527promoter 内 3614-3621 bp - 380 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 44159907-44165662(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr01G005195 Chr01 NC_080387.1:69635629-69635636promoter 内 3613-3620 bp + 381 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 69636017-69645047(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr02G002154 Chr02 NC_080388.1:38771858-38771865promoter 内 3613-3620 bp + 381 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 38768578-38771477(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr02G002313 Chr02 NC_080388.1:40750717-40750724promoter 内 3597-3604 bp + 397 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 40751121-40753160(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr02G004993 Chr02 NC_080388.1:71784964-71784971promoter 内 3597-3604 bp + 397 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 71782204-71784567(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr02G000897 Chr02 NC_080388.1:15408494-15408501promoter 内 3591-3598 bp + 403 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 15408904-15409815(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr01G004040 Chr01 NC_080387.1:58819814-58819821promoter 内 3588-3595 bp + 406 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 58820227-58822393(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr02G004179 Chr02 NC_080388.1:64077923-64077930promoter 内 3586-3593 bp - 408 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 64078338-64090839(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr02G001509 Chr02 NC_080388.1:28108378-28108385promoter 内 3580-3587 bp - 414 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 28108799-28112251(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr02G003406 Chr02 NC_080388.1:55232972-55232979promoter 内 3577-3584 bp + 417 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 55233396-55240707(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr01G002576 Chr01 NC_080387.1:43910184-43910191promoter 内 3571-3578 bp + 423 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 43910614-43915558(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr03G000365 Chr03 NC_080389.1:4085209-4085216promoter 内 3571-3578 bp + 423 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 4083602-4084786(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr01G004946 Chr01 NC_080387.1:67559062-67559069promoter 内 3568-3575 bp + 426 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 67555120-67558636(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr01G002747 Chr01 NC_080387.1:45795730-45795737promoter 内 3561-3568 bp - 433 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 45796170-45797467(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr02G003392 Chr02 NC_080388.1:55040947-55040954promoter 内 3558-3565 bp - 436 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 55038555-55040511(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr02G001692 Chr02 NC_080388.1:31211150-31211157promoter 内 3553-3560 bp - 441 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 31209946-31210709(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr02G001693 Chr02 NC_080388.1:31222123-31222130promoter 内 3553-3560 bp - 441 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 31220803-31221682(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr03G000067 Chr03 NC_080389.1:768219-768226promoter 内 3544-3551 bp + 450 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 766367-767769(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr02G005440 Chr02 NC_080388.1:74797347-74797354promoter 内 3533-3540 bp - 461 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 74789115-74796886(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr03G000728 Chr03 NC_080389.1:8203235-8203242promoter 内 3532-3539 bp + 462 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 8203704-8205971(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr01G004942 Chr01 NC_080387.1:67541864-67541871promoter 内 3530-3537 bp + 464 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 67539147-67541400(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr01G003532 Chr01 NC_080387.1:53947434-53947441promoter 内 3525-3532 bp + 469 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 53935019-53946965(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr01G001582 Chr01 NC_080387.1:29838482-29838489promoter 内 3519-3526 bp + 475 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 29834000-29838007(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr01G005619 Chr01 NC_080387.1:72683424-72683431promoter 内 3510-3517 bp + 484 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 72683915-72688856(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr01G005957 Chr01 NC_080387.1:75259555-75259562promoter 内 3510-3517 bp - 484 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 75260046-75263014(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr01G001526 Chr01 NC_080387.1:29224055-29224062promoter 内 3501-3508 bp + 493 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 29220885-29223562(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr02G000263 Chr02 NC_080388.1:3411366-3411373promoter 内 3497-3504 bp + 497 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 3411870-3414319(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr02G004358 Chr02 NC_080388.1:65873197-65873204promoter 内 3496-3503 bp - 498 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 65868832-65872699(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
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