转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00019539-RA_Salv SmilChr04G003955 ERF XP_057805828.1 MP00120 GATATTGTCGGTGGT

可能结合的靶基因

7514 个结合位点 6144 个候选靶基因 第 76 / 123 下载 TSV

上一页 76 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G002174 Chr08 NC_080394.1:19659801-19659815promoter 内 1318-1332 bp - 2669 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 19662484-19663080(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CTCACCGACGCCATA
SmilChr07G000466 Chr07 NC_080393.1:3274774-3274788promoter 内 1315-1329 bp + 2672 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 3277460-3279058(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGAGGAGTCGGTGGG
SmilChr03G002912 Chr03 NC_080389.1:45869838-45869852promoter 内 1293-1307 bp + 2694 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 45866385-45867144(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCACCGACGGACAG
SmilChr08G004343 Chr08 NC_080394.1:53109302-53109316promoter 内 1262-1276 bp + 2725 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 53112041-53113618(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGTGGAGTCGGTGGG
SmilChr08G003825 Chr08 NC_080394.1:44418646-44418660promoter 内 1192-1206 bp + 2795 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 44421455-44422148(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCTGTTGTCGGCGCC
SmilChr03G003863 Chr03 NC_080389.1:57707813-57707827promoter 内 1163-1177 bp - 2824 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 57704919-57704989(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTCGTCGTCGGTGTC
SmilChr03G002608 Chr03 NC_080389.1:41482714-41482728promoter 内 1162-1176 bp - 2825 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 41485553-41488274(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCAGTAGT
SmilChr08G003823 Chr08 NC_080394.1:44418646-44418660promoter 内 1094-1108 bp + 2893 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 44415499-44415753(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCGCCGACAACAGG
SmilChr03G003290 Chr03 NC_080389.1:51016452-51016466promoter 内 1089-1103 bp - 2898 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 51019364-51019993(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TGCACCGACATCATA
SmilChr04G000593 Chr04 NC_080390.1:6613634-6613648promoter 内 980-994 bp - 3007 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 6616655-6632838(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACCACACA
SmilChr06G000659 Chr06 NC_080392.1:5800653-5800667promoter 内 974-988 bp + 3013 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 5803680-5805880(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTTCTTGTCGGCGAC
SmilChr07G000145 Chr07 NC_080393.1:881848-881862promoter 内 940-954 bp + 3047 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 872390-878801(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTCACCGACTCCGCC
SmilChr07G000157 Chr07 NC_080393.1:937181-937195promoter 内 915-929 bp + 3072 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 940267-942214(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCGGAGTCGGTGAA
SmilChr02G005324 Chr02 NC_080388.1:74112849-74112863promoter 内 893-907 bp + 3094 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 74115957-74117456(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TGCAGCGGCGGTGGT
SmilChr07G000149 Chr07 NC_080393.1:894446-894460promoter 内 835-849 bp + 3152 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 888198-891294(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTCACCGACTCCGCC
SmilChr02G003596 Chr02 NC_080388.1:57155554-57155568promoter 内 814-828 bp + 3173 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 57151576-57152381(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGACTCATCG
SmilChr06G000091 Chr06 NC_080392.1:658819-658833promoter 内 771-785 bp + 3216 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 654629-655603(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCGCCGACAAGGAC
SmilChr04G001156 Chr04 NC_080390.1:17072458-17072472promoter 内 765-779 bp + 3222 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 17067232-17069236(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACCAACTC
SmilChr01G003518 Chr01 NC_080387.1:53818165-53818179promoter 内 746-760 bp - 3241 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 53807204-53814924(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCTTCAGTCGGTGGC
SmilChr07G003450 Chr07 NC_080393.1:38447386-38447400promoter 内 702-716 bp + 3285 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 38441711-38444101(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GACACCGACGACATC
SmilChr01G003460 Chr01 NC_080387.1:53182318-53182332promoter 内 701-715 bp - 3286 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 53171301-53179032(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCTTCAGTCGGTGGC
SmilChr03G003665 Chr03 NC_080389.1:55499237-55499251promoter 内 662-676 bp - 3325 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 55493349-55495912(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTCATCGGCGGTGGT
SmilChr07G000146 Chr07 NC_080393.1:881848-881862promoter 内 645-659 bp + 3342 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 875844-878506(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTCACCGACTCCGCC
SmilChr02G003622 Chr02 NC_080388.1:57532354-57532368promoter 内 611-625 bp - 3376 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 57528041-57528978(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TGGATTGTCGGTGTC
SmilChr08G003125 Chr08 NC_080394.1:31584758-31584772promoter 内 590-604 bp + 3397 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 31588169-31595354(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AACGACGTCGGTGAC
SmilChr02G001795 Chr02 NC_080388.1:32718535-32718549promoter 内 544-558 bp - 3443 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 32721992-32722846(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCAGTAGT
SmilChr08G001787 Chr08 NC_080394.1:15065911-15065925promoter 内 542-556 bp + 3445 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 15059742-15062466(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCGCCGACAACAGT
SmilChr07G000153 Chr07 NC_080393.1:937181-937195promoter 内 465-479 bp + 3522 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 904183-933659(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTCACCGACTCCGCC
SmilChr04G003227 Chr04 NC_080390.1:49097585-49097599promoter 内 440-454 bp - 3547 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 49092563-49094038(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATAAATGTCGGTGAG
SmilChr03G004092 Chr03 NC_080389.1:59810021-59810035promoter 内 424-438 bp - 3563 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 59803780-59806458(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TATGTTGTCGGTGTC
SmilChr07G001821 Chr07 NC_080393.1:15707801-15707815promoter 内 416-430 bp - 3571 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 15711386-15713948(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCAGCCCA
SmilChr06G003238 Chr06 NC_080392.1:45091756-45091770promoter 内 407-421 bp - 3580 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 45081906-45088176(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTGTTTGTCGGTGTT
SmilChr04G004059 Chr04 NC_080390.1:55744327-55744341promoter 内 404-418 bp - 3583 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 55737166-55740744(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CTGTCCGTCGGTGGA
SmilChr03G004017 Chr03 NC_080389.1:59151202-59151216promoter 内 372-386 bp + 3615 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 59154831-59157772(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCTTGGTCGGTGAC
SmilChr07G000144 Chr07 NC_080393.1:874690-874704promoter 内 333-347 bp + 3654 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 864747-871036(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTCACCGACTCCGCC
SmilChr02G004862 Chr02 NC_080388.1:70754680-70754694promoter 内 278-292 bp - 3709 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 70749785-70750971(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTGTTTGTCGGTGTT
SmilChr06G002016 Chr06 NC_080392.1:25939856-25939870promoter 内 229-243 bp + 3758 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 25933015-25936098(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCAGTAGT
SmilChr02G002392 Chr02 NC_080388.1:41836623-41836637promoter 内 199-213 bp + 3788 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 41831477-41832835(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCACCGACGGACAG
SmilChr02G002900 Chr02 NC_080388.1:49263242-49263256promoter 内 118-132 bp + 3869 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 49267125-49269053(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CTCTTTGTCGGTGTC
SmilChr03G002564 Chr03 NC_080389.1:40832926-40832940promoter 内 111-125 bp - 3876 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 40836816-40839710(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGAATGC
SmilChr01G003971 Chr01 NC_080387.1:58152314-58152328promoter 内 54-68 bp + 3933 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 58145638-58148381(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TGCACCGACATTAAT
SmilChr01G001362 Chr01 NC_080387.1:26973204-26973218promoter 内 52-66 bp + 3935 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 26968437-26969269(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCCACCGACTCCTCT
SmilChr06G000093 Chr06 NC_080392.1:658819-658833promoter 内 5-19 bp + 3982 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 662815-664478(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTCCTTGTCGGCGCC
SmilChr05G002294 Chr05 NC_080391.1:24772739-24772753promoter 内 2425-2439 bp - 1562 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 3 24774315-24776394(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCCACCGACGGACAT
SmilChr08G001641 Chr08 NC_080394.1:13621804-13621818promoter 内 3515-3529 bp + 472 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 13618463-13621332(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TGCACCGACGATCAC
SmilChr03G001732 Chr03 NC_080389.1:23282541-23282555promoter 内 3363-3377 bp - 624 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 23281811-23281917(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTTGTTGTCGGTAGC
SmilChr07G003638 Chr07 NC_080393.1:43092935-43092949promoter 内 2831-2845 bp + 1156 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 43094105-43096880(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTGAATGGCGGTGGT
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SmilChr01G000962 Chr01 NC_080387.1:20399531-20399545promoter 内 2409-2423 bp + 1578 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 20401123-20430750(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGGGTGGTCGGTGGC