转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002803; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00020702-RA_Salv SmilChr07G002803 NAC XP_057777238.1 MP00221 ACACGTAACTT

可能结合的靶基因

9903 个结合位点 7965 个候选靶基因 第 76 / 160 下载 TSV

上一页 76 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G001240 Chr04 NC_080390.1:19502010-19502020promoter 内 2282-2292 bp + 1709 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 19503729-19504793(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCACGTAATCA
SmilChr02G003589 Chr02 NC_080388.1:57099798-57099808promoter 内 2223-2233 bp + 1768 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 57101576-57107456(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GCACGTAATGT
SmilChr02G002114 Chr02 NC_080388.1:37826432-37826442promoter 内 2203-2213 bp + 1788 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 37814648-37824644(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TGCATACGTGT
SmilChr05G003980 Chr05 NC_080391.1:53583438-53583448promoter 内 2183-2193 bp - 1808 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 53580388-53581630(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GGACGTAACTA
SmilChr02G000665 Chr02 NC_080388.1:10211965-10211975promoter 内 2175-2185 bp - 1816 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 10208037-10210149(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCACGTAATCA
SmilChr01G005060 Chr01 NC_080387.1:68516026-68516036promoter 内 2163-2173 bp + 1828 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 68517864-68519444(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATGCA
SmilChr05G003530 Chr05 NC_080391.1:47175407-47175417promoter 内 2154-2164 bp - 1837 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 47170546-47173570(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TGACGTAACTC
SmilChr03G001736 Chr03 NC_080389.1:23369372-23369382promoter 内 2068-2078 bp - 1923 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 23363616-23367449(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCACGTAATCA
SmilChr05G002038 Chr05 NC_080391.1:21207451-21207461promoter 内 2009-2019 bp - 1982 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 21200022-21205469(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCACGTAAGCC
SmilChr03G004567 Chr03 NC_080389.1:63595236-63595246promoter 内 1933-1943 bp + 2058 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 63588038-63593178(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GAGTTACGTCA
SmilChr02G003954 Chr02 NC_080388.1:61696279-61696289promoter 内 1928-1938 bp + 2063 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 61691589-61694216(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GAGTTACGTCA
SmilChr04G003817 Chr04 NC_080390.1:54325802-54325812promoter 内 1912-1922 bp + 2079 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 54320497-54323723(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TGCATACGTGT
SmilChr01G004345 Chr01 NC_080387.1:61607961-61607971promoter 内 1857-1867 bp + 2134 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 61610105-61613153(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATGCA
SmilChr01G001878 Chr01 NC_080387.1:33806009-33806019promoter 内 1707-1717 bp - 2284 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 33808303-33811676(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TGATTACGTGG
SmilChr02G004428 Chr02 NC_080388.1:66634147-66634157promoter 内 1698-1708 bp + 2293 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 66636450-66640662(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GCACGTAATGT
SmilChr06G000398 Chr06 NC_080392.1:3182836-3182846promoter 内 1674-1684 bp - 2317 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 3185163-3195748(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GGCTTACGTGG
SmilChr05G003050 Chr05 NC_080391.1:38270789-38270799promoter 内 1569-1579 bp - 2422 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 38273221-38273979(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GGCTTACGTGG
SmilChr04G003329 Chr04 NC_080390.1:50016206-50016216promoter 内 1512-1522 bp + 2479 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 50010495-50013727(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TGATTACGTGG
SmilChr01G002540 Chr01 NC_080387.1:43447916-43447926promoter 内 1424-1434 bp - 2567 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 43450493-43453062(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TGATTACGTGG
SmilChr04G001747 Chr04 NC_080390.1:28752501-28752511promoter 内 1417-1427 bp - 2574 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 28755085-28756412(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACATTACGTGC
SmilChr05G000411 Chr05 NC_080391.1:3116487-3116497promoter 内 1412-1422 bp - 2579 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 3119076-3121405(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACATTACGTGC
SmilChr04G002480 Chr04 NC_080390.1:39644215-39644225promoter 内 1301-1311 bp - 2690 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 39646915-39654342(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TGATTACGTGG
SmilChr03G002189 Chr03 NC_080389.1:34181933-34181943promoter 内 1014-1024 bp - 2977 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 34184920-34187236(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GGCTTACGTGG
SmilChr03G004629 Chr03 NC_080389.1:63947959-63947969promoter 内 809-819 bp - 3182 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 63940784-63944777(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATGCA
SmilChr03G001319 Chr03 NC_080389.1:15462984-15462994promoter 内 760-770 bp - 3231 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 15458438-15459753(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCACGTAATCA
SmilChr01G001651 Chr01 NC_080387.1:30574635-30574645promoter 内 743-753 bp + 3248 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 30577893-30583645(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GCACGTAATGT
SmilChr05G003051 Chr05 NC_080391.1:38270789-38270799promoter 内 722-732 bp - 3269 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 38274068-38274871(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GGCTTACGTGG
SmilChr02G004661 Chr02 NC_080388.1:69009371-69009381promoter 内 704-714 bp - 3287 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 69012668-69014684(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TGATTACGTGG
SmilChr04G001782 Chr04 NC_080390.1:29239548-29239558promoter 内 667-677 bp + 3324 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 29234941-29236224(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACATTACGTGC
SmilChr01G003375 Chr01 NC_080387.1:52452037-52452047promoter 内 609-619 bp + 3382 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 52444309-52448655(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GGCTTACGTGG
SmilChr03G001428 Chr03 NC_080389.1:16908274-16908284promoter 内 594-604 bp + 3397 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 16911681-16913320(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCACGTAATCA
SmilChr03G001654 Chr03 NC_080389.1:21498459-21498469promoter 内 516-526 bp - 3475 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 21501944-21504123(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TGCATACGTGT
SmilChr04G000123 Chr04 NC_080390.1:1053421-1053431promoter 内 188-198 bp - 3803 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 1057234-1061256(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TGCATACGTGT
SmilChr01G002549 Chr01 NC_080387.1:43589742-43589752promoter 内 152-162 bp - 3839 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 43593591-43603703(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TAGTTACGTCC
SmilChr02G004688 Chr02 NC_080388.1:69186606-69186616promoter 内 147-157 bp + 3844 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 69190460-69192982(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GCACGTAATGT
SmilChr02G001658 Chr02 NC_080388.1:30768492-30768502promoter 内 126-136 bp - 3865 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 30772367-30780224(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TGATTACGTGG
SmilChr04G000475 Chr04 NC_080390.1:5067776-5067786promoter 内 48-58 bp + 3943 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 5071729-5072562(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCACGTAATCA
SmilChr06G000153 Chr06 NC_080392.1:1079700-1079710promoter 内 19-29 bp - 3972 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 1070958-1075728(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GCACGTAATGT
SmilChr03G004283 Chr03 NC_080389.1:61258946-61258956promoter 内 4-14 bp - 3987 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 61251680-61254959(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCACGTAATCA
SmilChr02G005320 Chr02 NC_080388.1:74076080-74076090promoter 内 3757-3767 bp - 234 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 3 74074171-74075846(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ATACGTAACGC
SmilChr02G005068 Chr02 NC_080388.1:72345641-72345651promoter 内 3347-3357 bp + 644 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 3 72342434-72344997(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AATTTACGTGC
SmilChr04G001588 Chr04 NC_080390.1:26394939-26394949promoter 内 3983-3993 bp + 8 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 26389526-26394931(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AGTATACGTGT
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SmilChr03G002868 Chr03 NC_080389.1:45303987-45303997promoter 内 2974-2984 bp + 1017 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 45305014-45309383(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATACT
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SmilChr02G003651 Chr02 NC_080388.1:57908695-57908705promoter 内 2391-2401 bp - 1600 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 57887944-57907095(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATCAG
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