转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002147; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004577-RA_Salv SmilChr07G002147 MYB XP_057774045.1 MP00500 AATATGGATAAGG

可能结合的靶基因

9681 个结合位点 6697 个候选靶基因 第 79 / 134 下载 TSV

上一页 79 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002882 Chr02 NC_080388.1:49098363-49098375promoter 内 2007-2019 bp - 1982 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 49094072-49096381(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCAAGGGATAAGG
SmilChr01G006171 Chr01 NC_080387.1:77207808-77207820promoter 内 1952-1964 bp + 2037 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 77209857-77211371(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TGTCCAGATAAGG
SmilChr02G004049 Chr02 NC_080388.1:62824880-62824892promoter 内 1935-1947 bp - 2054 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 62818193-62822826(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CAATTGGATAATG
SmilChr01G004072 Chr01 NC_080387.1:59127593-59127605promoter 内 1878-1890 bp - 2111 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 59120898-59125482(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ATTCTGGATAAGT
SmilChr02G003607 Chr02 NC_080388.1:57315754-57315766promoter 内 1877-1889 bp - 2112 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 57311917-57313642(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ATATTGGATAATG
SmilChr01G000979 Chr01 NC_080387.1:20742065-20742077promoter 内 1866-1878 bp + 2123 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 20744200-20746027(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TATAATGATAAGG
SmilChr03G000624 Chr03 NC_080389.1:6927557-6927569promoter 内 1841-1853 bp - 2148 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 6929717-6930621(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCCGACAA
SmilChr03G002204 Chr03 NC_080389.1:34686847-34686859promoter 内 1742-1754 bp - 2247 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 34689106-34692549(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TGTTATCCAAATG
SmilChr02G003119 Chr02 NC_080388.1:52214286-52214298promoter 内 1705-1717 bp - 2284 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 52210869-52212002(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TATAATGATAAGG
SmilChr03G001110 Chr03 NC_080389.1:12792568-12792580promoter 内 1645-1657 bp - 2344 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 12794924-12795595(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCCCCGCT
SmilChr03G000316 Chr03 NC_080389.1:3599891-3599903promoter 内 1570-1582 bp + 2419 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 3594451-3597472(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCCCTCTT
SmilChr03G001496 Chr03 NC_080389.1:18256351-18256363promoter 内 1417-1429 bp + 2572 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 18253381-18253779(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TCTTATCCCTTCG
SmilChr02G000242 Chr02 NC_080388.1:3127879-3127891promoter 内 1367-1379 bp - 2622 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 3122092-3125257(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AAAGTGGATAATA
SmilChr02G004713 Chr02 NC_080388.1:69397631-69397643promoter 内 1318-1330 bp - 2671 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 69400314-69401812(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TGTTATCCATTTG
SmilChr02G000041 Chr02 NC_080388.1:544126-544138promoter 内 981-993 bp + 3008 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 540417-541118(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCTCGACC
SmilChr02G003455 Chr02 NC_080388.1:55833659-55833671promoter 内 922-934 bp + 3067 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 55829353-55830592(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CGTTATCCATGTC
SmilChr02G005298 Chr02 NC_080388.1:73950880-73950892promoter 内 725-737 bp - 3264 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 73945387-73947616(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CATTTGGATAACA
SmilChr02G000947 Chr02 NC_080388.1:16487191-16487203promoter 内 490-502 bp - 3499 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 16490702-16496248(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TCTTATCCTTGAT
SmilChr02G000614 Chr02 NC_080388.1:8951662-8951674promoter 内 462-474 bp - 3527 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 8955201-8959169(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCCCTTGG
SmilChr02G003174 Chr02 NC_080388.1:52872594-52872606promoter 内 151-163 bp - 3838 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 52867986-52868756(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AACGCAGATAAGG
SmilChr01G000562 Chr01 NC_080387.1:11670969-11670981promoter 内 122-134 bp - 3867 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 11666755-11667102(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ATTTTGGATAACA
SmilChr01G001118 Chr01 NC_080387.1:22816135-22816147promoter 内 98-110 bp + 3891 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 22811251-22812244(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TATTATCCAAATC
SmilChr03G001041 Chr03 NC_080389.1:12129626-12129638promoter 内 3968-3980 bp - 21 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 12129659-12133243(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CGTTATCCATGTC
SmilChr03G000444 Chr03 NC_080389.1:4764062-4764074promoter 内 3961-3973 bp + 28 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 4760496-4764034(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CGTTATCCATGTC
SmilChr02G000213 Chr02 NC_080388.1:2766774-2766786promoter 内 3956-3968 bp + 33 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 2766819-2771340(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CATTTGGATAACA
SmilChr01G003550 Chr01 NC_080387.1:54106211-54106223promoter 内 3920-3932 bp - 69 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 54104430-54106142(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GGTCGAGATAAGG
SmilChr02G003296 Chr02 NC_080388.1:54233349-54233361promoter 内 3903-3915 bp - 86 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 54233447-54235258(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TATTATCCAAATC
SmilChr02G005448 Chr02 NC_080388.1:74842704-74842716promoter 内 3896-3908 bp + 93 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 74838279-74842611(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TCTTATCCATCAA
SmilChr02G000626 Chr02 NC_080388.1:9353748-9353760promoter 内 3894-3906 bp + 95 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 9350353-9353653(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TGTTATCCAAATG
SmilChr01G004464 Chr01 NC_080387.1:62745528-62745540promoter 内 3891-3903 bp + 98 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 62743094-62745430(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TGTTATCCAAAAT
SmilChr02G000112 Chr02 NC_080388.1:1427549-1427561promoter 内 3833-3845 bp - 156 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 1426595-1427393(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TATTCGGATAAGT
SmilChr02G002051 Chr02 NC_080388.1:36927768-36927780promoter 内 3822-3834 bp - 167 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 36927947-36929065(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ACTTATCCAGATG
SmilChr01G002355 Chr01 NC_080387.1:40738632-40738644promoter 内 3805-3817 bp - 184 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 40738828-40740898(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCCGCCGC
SmilChr01G003532 Chr01 NC_080387.1:53947163-53947175promoter 内 3791-3803 bp - 198 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 53935019-53946965(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AAAGTGGATAATA
SmilChr03G001303 Chr03 NC_080389.1:15260794-15260806promoter 内 3768-3780 bp - 221 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 15261027-15263785(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TGTTATCCAAATG
SmilChr02G005411 Chr02 NC_080388.1:74598527-74598539promoter 内 3763-3775 bp + 226 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 74598765-74599655(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GACATGGATAACG
SmilChr02G001846 Chr02 NC_080388.1:33671881-33671893promoter 内 3761-3773 bp - 228 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 33672121-33675345(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TGTTATCCAAATG
SmilChr01G002881 Chr01 NC_080387.1:47434805-47434817promoter 内 3696-3708 bp + 293 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 47431042-47434512(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCATCACT
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