转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G001606; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016473-RA_Salv SmilChr03G001606 WRKY XP_057802772.1 MP00539 TCGTTGACTTTTTT

可能结合的靶基因

9848 个结合位点 7338 个候选靶基因 第 8 / 147 下载 TSV

上一页 8 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001549 Chr02 NC_080388.1:28787411-28787424promoter 内 1815-1828 bp + 2173 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 28779199-28785238(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTGAAAGTCAACGA
SmilChr02G001550 Chr02 NC_080388.1:28787411-28787424promoter 内 1113-1126 bp + 2875 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 28790299-28792717(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCGTTGACTTTCAA
SmilChr02G005187 Chr02 NC_080388.1:73179708-73179721promoter 内 1047-1060 bp - 2941 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 73182662-73184352(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CAAAAAGTCAACCG
SmilChr01G002848 Chr01 NC_080387.1:47050222-47050235promoter 内 996-1009 bp - 2992 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 47053227-47058908(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GAAACAGTCAACGA
SmilChr01G005993 Chr01 NC_080387.1:75535191-75535204promoter 内 3927-3940 bp - 61 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 75533859-75535130(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCGTTGACCTGTTT
SmilChr03G001367 Chr03 NC_080389.1:16019763-16019776promoter 内 3702-3715 bp + 286 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 16020062-16023039(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CTGTTGACTTTTTT
SmilChr03G003889 Chr03 NC_080389.1:57964057-57964070promoter 内 3549-3562 bp - 439 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 57961116-57963618(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CTGTTGACTTTTTT
SmilChr03G000328 Chr03 NC_080389.1:3740502-3740515promoter 内 3538-3551 bp + 450 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 3738629-3740052(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAAAAAGTCAACAG
SmilChr03G004275 Chr03 NC_080389.1:61203721-61203734promoter 内 3423-3436 bp + 565 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 61201250-61203156(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAATAAGTCAACGT
SmilChr03G001601 Chr03 NC_080389.1:20334462-20334475promoter 内 3332-3345 bp - 656 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 20335131-20336309(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AACGAAGTCAACGC
SmilChr03G004714 Chr03 NC_080389.1:64389713-64389726promoter 内 3242-3255 bp + 746 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 64390472-64393314(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCGTTGACTTGTGC
SmilChr04G000215 Chr04 NC_080390.1:1893030-1893043promoter 内 3171-3184 bp - 817 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 1893860-1894994(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GAGCAAGTCAACGC
SmilChr01G002996 Chr01 NC_080387.1:48915175-48915188promoter 内 2837-2850 bp - 1151 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 48916339-48918397(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GACCAAGTCAACGC
SmilChr03G004715 Chr03 NC_080389.1:64393942-64393955promoter 内 2295-2308 bp + 1693 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 64395648-64397776(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCGTTGACTTGTGC
SmilChr03G002709 Chr03 NC_080389.1:43046711-43046724promoter 内 2269-2282 bp - 1719 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 43048443-43049618(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAATAAGTCAACGT
SmilChr03G000925 Chr03 NC_080389.1:10590039-10590052promoter 内 1763-1776 bp - 2225 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 10592277-10598534(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CAAAAAGTCAACAC
SmilChr01G005994 Chr01 NC_080387.1:75535191-75535204promoter 内 1550-1563 bp - 2438 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 75537642-75537748(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAACAGGTCAACGC
SmilChr01G004085 Chr01 NC_080387.1:59264659-59264672promoter 内 1541-1554 bp - 2447 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 59267119-59268086(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AATTAAGTCAACGC
SmilChr01G005661 Chr01 NC_080387.1:72944710-72944723promoter 内 1383-1396 bp - 2605 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 72947328-72949283(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GAGCAAGTCAACGC
SmilChr01G002366 Chr01 NC_080387.1:40834219-40834232promoter 内 1000-1013 bp - 2988 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 40837220-40839089(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAACAGGTCAACGC
SmilChr03G002707 Chr03 NC_080389.1:43046711-43046724promoter 内 698-711 bp - 3290 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 43042381-43043421(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACGTTGACTTATTT
SmilChr03G004713 Chr03 NC_080389.1:64389713-64389726promoter 内 591-604 bp + 3397 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 64383621-64386316(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCACAAGTCAACGA
SmilChr03G002603 Chr03 NC_080389.1:41394456-41394469promoter 内 312-325 bp + 3676 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 41398145-41401591(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCGTTGACTTCGTT
SmilChr03G000068 Chr03 NC_080389.1:779657-779670promoter 内 275-288 bp + 3713 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 772760-775944(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAAAAAGTCAACAG
SmilChr03G001506 Chr03 NC_080389.1:18418809-18418822promoter 内 200-213 bp + 3788 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 18410005-18415021(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCAGAAGTCAACGA
SmilChr02G005186 Chr02 NC_080388.1:73179708-73179721promoter 内 139-152 bp - 3849 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 73172860-73175859(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CGGTTGACTTTTTG
SmilChr04G000375 Chr04 NC_080390.1:3784533-3784546promoter 内 2926-2939 bp - 1062 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 4 3785608-3786108(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ATCAAAGTCAACGT
SmilChr01G000633 Chr01 NC_080387.1:14219943-14219956promoter 内 514-527 bp - 3474 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 4 14213891-14216469(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACGTTGACTTTGAT
SmilChr03G002999 Chr03 NC_080389.1:46812371-46812384promoter 内 3304-3317 bp + 684 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 46806557-46811687(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ATCAAAGTCAACGT
SmilChr02G003070 Chr02 NC_080388.1:51558258-51558271promoter 内 2836-2849 bp - 1152 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 51559423-51561003(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACTAAGGTCAACGA
SmilChr04G002343 Chr04 NC_080390.1:37789751-37789764promoter 内 2520-2533 bp + 1468 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 37791232-37795242(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACGTTGACTTTGAT
SmilChr01G003508 Chr01 NC_080387.1:53665717-53665730promoter 内 3290-3303 bp - 698 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 53666428-53671839(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCAAAAGTCAACAC
SmilChr01G000073 Chr01 NC_080387.1:1268355-1268368promoter 内 2969-2982 bp - 1019 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 1269387-1271849(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ATCAAAGTCAACGT
SmilChr01G004352 Chr01 NC_080387.1:61721266-61721279promoter 内 2754-2767 bp + 1234 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 61717133-61720032(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAAAAAGTCAACCA
SmilChr01G002694 Chr01 NC_080387.1:45195191-45195204promoter 内 2735-2748 bp + 1253 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 45196457-45199085(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GTGTTGACTTTTGC
SmilChr01G005583 Chr01 NC_080387.1:72530733-72530746promoter 内 1641-1654 bp - 2347 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 72527807-72528386(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACGTTGACTTTGAT
SmilChr02G001984 Chr02 NC_080388.1:35783998-35784011promoter 内 1607-1620 bp - 2381 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 35779820-35781617(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACGTTGACTTTGAT
SmilChr02G004303 Chr02 NC_080388.1:65416477-65416490promoter 内 781-794 bp + 3207 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 65419697-65421066(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACGTTGACTTTGAT
SmilChr01G005569 Chr01 NC_080387.1:72530733-72530746promoter 内 376-389 bp - 3612 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 72469292-72527121(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACGTTGACTTTGAT
SmilChr04G002712 Chr04 NC_080390.1:42723944-42723957promoter 内 3846-3859 bp - 142 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 42724099-42726921(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAAAAAGTCAACCA
SmilChr02G000544 Chr02 NC_080388.1:7500160-7500173promoter 内 3835-3848 bp + 153 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 7500326-7500844(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCGTTGACTATGTA
SmilChr02G002986 Chr02 NC_080388.1:50476659-50476672promoter 内 3804-3817 bp - 184 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 50476856-50479922(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTTAAAGTCAACGG
SmilChr02G002037 Chr02 NC_080388.1:36665084-36665097promoter 内 3037-3050 bp - 951 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 36666048-36673497(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACAAAAGTCAACAC
SmilChr02G002025 Chr02 NC_080388.1:36477541-36477554promoter 内 2853-2866 bp + 1135 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 36467687-36476406(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACAAAAGTCAACAC
SmilChr02G002417 Chr02 NC_080388.1:42172729-42172742promoter 内 1954-1967 bp + 2034 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 42158821-42170695(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ATCAAAGTCAACGT
SmilChr04G001017 Chr04 NC_080390.1:14169818-14169831promoter 内 1658-1671 bp + 2330 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 14172161-14173707(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACGTTGACTTTGAT
SmilChr03G004249 Chr03 NC_080389.1:60969056-60969069promoter 内 1540-1553 bp - 2448 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 60971517-60975668(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAAAAAGTCAACCA
SmilChr01G000873 Chr01 NC_080387.1:18608312-18608325promoter 内 1416-1429 bp + 2572 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 18604931-18605740(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ATCAAAGTCAACGT
SmilChr01G000870 Chr01 NC_080387.1:18571965-18571978promoter 内 1354-1367 bp + 2634 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 18567168-18569331(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ATCAAAGTCAACGT
SmilChr01G002967 Chr01 NC_080387.1:48566294-48566307promoter 内 1263-1276 bp - 2725 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 48555600-48563569(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACGTTGACTTTGAT