转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G002364; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00006712-RA_Salv SmilChr05G002364 WRKY XP_057809766.1 MP00069 AGTCAACG

可能结合的靶基因

9917 个结合位点 7882 个候选靶基因 第 8 / 158 下载 TSV

上一页 8 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002850 Chr02 NC_080388.1:48679885-48679892promoter 内 2043-2050 bp + 1951 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 48674009-48677934(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr06G000785 Chr06 NC_080392.1:7369383-7369390promoter 内 2039-2046 bp - 1955 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 7371345-7372763(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr01G000492 Chr01 NC_080387.1:9977737-9977744promoter 内 2036-2043 bp + 1958 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 9972478-9975779(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr05G001481 Chr05 NC_080391.1:13589689-13589696promoter 内 2036-2043 bp + 1958 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 13586828-13587731(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr01G005303 Chr01 NC_080387.1:70303568-70303575promoter 内 2020-2027 bp + 1974 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 70305549-70306130(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr06G002317 Chr06 NC_080392.1:33425685-33425692promoter 内 2016-2023 bp + 1978 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 33427670-33430606(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr02G004203 Chr02 NC_080388.1:64313232-64313239promoter 内 2004-2011 bp + 1990 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 64311152-64311242(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr03G000021 Chr03 NC_080389.1:318367-318374promoter 内 2004-2011 bp - 1990 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 301984-316377(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr04G003922 Chr04 NC_080390.1:54902068-54902075promoter 内 1983-1990 bp + 2011 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 54898614-54900057(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr01G003044 Chr01 NC_080387.1:49426918-49426925promoter 内 1981-1988 bp + 2013 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 49421625-49424905(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr06G000692 Chr06 NC_080392.1:6126723-6126730promoter 内 1978-1985 bp - 2016 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 6128746-6132215(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr03G001559 Chr03 NC_080389.1:19656116-19656123promoter 内 1977-1984 bp + 2017 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 19658140-19659509(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr03G001887 Chr03 NC_080389.1:26314823-26314830promoter 内 1977-1984 bp - 2017 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 26316847-26319373(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr06G002565 Chr06 NC_080392.1:36857746-36857753promoter 内 1962-1969 bp + 2032 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 36846941-36855714(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr04G002098 Chr04 NC_080390.1:33819360-33819367promoter 内 1960-1967 bp - 2034 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 33814811-33817326(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr01G001658 Chr01 NC_080387.1:30646286-30646293promoter 内 1959-1966 bp + 2035 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 30648328-30650655(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr01G001852 Chr01 NC_080387.1:33442922-33442929promoter 内 1924-1931 bp + 2070 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 33438179-33440852(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr04G000483 Chr04 NC_080390.1:5228290-5228297promoter 内 1887-1894 bp + 2107 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 5220556-5226183(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr02G004202 Chr02 NC_080388.1:64313232-64313239promoter 内 1883-1890 bp + 2111 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 64311031-64311121(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr05G001960 Chr05 NC_080391.1:20120462-20120469promoter 内 1875-1882 bp + 2119 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 20115908-20118343(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr07G003051 Chr07 NC_080393.1:31822272-31822279promoter 内 1872-1879 bp + 2122 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 31824401-31829535(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr01G004716 Chr01 NC_080387.1:65377296-65377303promoter 内 1850-1857 bp - 2144 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 65374814-65375152(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr01G004788 Chr01 NC_080387.1:66105253-66105260promoter 内 1847-1854 bp - 2147 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 66107407-66110445(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr04G000113 Chr04 NC_080390.1:985905-985912promoter 内 1834-1841 bp + 2160 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 980419-983745(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr03G002552 Chr03 NC_080389.1:40711781-40711788promoter 内 1833-1840 bp + 2161 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 40704100-40709620(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr02G003899 Chr02 NC_080388.1:61074792-61074799promoter 内 1827-1834 bp - 2167 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 61076966-61079679(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr02G001395 Chr02 NC_080388.1:26491646-26491653promoter 内 1824-1831 bp - 2170 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 26487820-26489476(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr03G002906 Chr03 NC_080389.1:45816153-45816160promoter 内 1823-1830 bp + 2171 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 45809004-45813982(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr06G001328 Chr06 NC_080392.1:13799669-13799676promoter 内 1821-1828 bp - 2173 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 13793953-13797496(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr02G001549 Chr02 NC_080388.1:28787412-28787419promoter 内 1820-1827 bp - 2174 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 28779199-28785238(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr06G001876 Chr06 NC_080392.1:22268481-22268488promoter 内 1803-1810 bp + 2191 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 22270679-22272009(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr03G001381 Chr03 NC_080389.1:16331530-16331537promoter 内 1786-1793 bp + 2208 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 16333745-16336551(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr02G001813 Chr02 NC_080388.1:32968751-32968758promoter 内 1777-1784 bp - 2217 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 32970975-32982329(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr03G001413 Chr03 NC_080389.1:16791223-16791230promoter 内 1773-1780 bp + 2221 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 16793451-16796328(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr07G002229 Chr07 NC_080393.1:20507624-20507631promoter 内 1760-1767 bp - 2234 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 20504358-20505390(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr05G002202 Chr05 NC_080391.1:23473627-23473634promoter 内 1754-1761 bp - 2240 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 23470965-23471387(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
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