转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005012; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013472-RA_Salv SmilChr02G005012 TALE XP_057792191.1 MP00670 AGTGACGGCA

可能结合的靶基因

9906 个结合位点 7758 个候选靶基因 第 82 / 156 下载 TSV

上一页 82 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G002578 Chr04 NC_080390.1:41146338-41146347promoter 内 267-276 bp + 3725 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 41150072-41155792(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGGGT
SmilChr05G002077 Chr05 NC_080391.1:21703889-21703898promoter 内 228-237 bp + 3764 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 21707662-21709732(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGGG
SmilChr05G003079 Chr05 NC_080391.1:38898234-38898243promoter 内 188-197 bp - 3804 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 38893062-38894430(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGGC
SmilChr02G002120 Chr02 NC_080388.1:37964573-37964582promoter 内 171-180 bp + 3821 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 37958598-37960752(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CCCCGTCACC
SmilChr04G002211 Chr04 NC_080390.1:35781373-35781382promoter 内 118-127 bp - 3874 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 35785256-35792216(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 ACCCGTCACT
SmilChr03G003544 Chr03 NC_080389.1:54086368-54086377promoter 内 49-58 bp + 3943 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 54081136-54082425(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GCCCGTCACC
SmilChr06G002056 Chr06 NC_080392.1:27078638-27078647promoter 内 10-19 bp - 3982 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 27082629-27083252(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CCCCGTCACC
SmilChr01G000283 Chr01 NC_080387.1:5557584-5557593promoter 内 2596-2605 bp - 1396 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 3 5558989-5562387(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GCCCGTCACT
SmilChr02G001094 Chr02 NC_080388.1:19738367-19738376promoter 内 3319-3328 bp + 673 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 19735577-19737694(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GCCCGTCACT
SmilChr04G001318 Chr04 NC_080390.1:21237088-21237097promoter 内 3161-3170 bp - 831 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 21237928-21241509(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GCCCGTCACT
SmilChr03G000617 Chr03 NC_080389.1:6816288-6816297promoter 内 1740-1749 bp + 2252 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 6812419-6814036(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GCCCGTCACT
SmilChr02G003659 Chr02 NC_080388.1:57962746-57962755promoter 内 1707-1716 bp - 2285 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 57965040-57967019(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CCCCGTCACT
SmilChr03G003640 Chr03 NC_080389.1:55075942-55075951promoter 内 1523-1532 bp + 2469 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 55078420-55079692(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGGGC
SmilChr01G002919 Chr01 NC_080387.1:47914123-47914132promoter 内 1319-1328 bp - 2673 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 47909113-47911450(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGGGG
SmilChr05G000707 Chr05 NC_080391.1:5324691-5324700promoter 内 445-454 bp - 3547 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 5328247-5332836(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CCCCGTCACT
SmilChr01G003640 Chr01 NC_080387.1:54901269-54901278promoter 内 3991-4000 bp + 1 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 54897961-54901268(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CCCCGTCACT
SmilChr03G001502 Chr03 NC_080389.1:18366349-18366358promoter 内 3918-3927 bp + 74 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 18366432-18367359(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGGGC
SmilChr01G001689 Chr01 NC_080387.1:31115147-31115156promoter 内 3841-3850 bp - 151 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 31115307-31115858(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CCCCGTCACT
SmilChr02G003958 Chr02 NC_080388.1:61749177-61749186promoter 内 3757-3766 bp - 235 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 61746960-61748942(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGGGC
SmilChr05G000729 Chr05 NC_080391.1:5563287-5563296promoter 内 3737-3746 bp + 255 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 5563551-5565055(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGGGC
SmilChr03G000392 Chr03 NC_080389.1:4310947-4310956promoter 内 3269-3278 bp - 723 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 4311679-4313040(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CCCCGTCACT
SmilChr05G000394 Chr05 NC_080391.1:2966918-2966927promoter 内 3173-3182 bp - 819 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 2967746-2970156(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CCCCGTCACT
SmilChr04G001297 Chr04 NC_080390.1:20634024-20634033promoter 内 3160-3169 bp - 832 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 20634865-20637592(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GCCCGTCACT
SmilChr02G002446 Chr02 NC_080388.1:42690374-42690383promoter 内 2948-2957 bp - 1044 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 42688073-42689330(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGGGC
SmilChr04G001399 Chr04 NC_080390.1:22777083-22777092promoter 内 2768-2777 bp - 1224 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 22775380-22775859(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGGGG
SmilChr01G001332 Chr01 NC_080387.1:26504223-26504232promoter 内 2743-2752 bp - 1249 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 26505481-26508040(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GCCCGTCACT
SmilChr01G005462 Chr01 NC_080387.1:71637415-71637424promoter 内 2639-2648 bp - 1353 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 71632959-71636062(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGGGC
SmilChr05G002256 Chr05 NC_080391.1:24269175-24269184promoter 内 2529-2538 bp - 1463 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 24270647-24276749(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CCCCGTCACT
SmilChr01G004219 Chr01 NC_080387.1:60579747-60579756promoter 内 2524-2533 bp + 1468 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 60576167-60578279(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CCCCGTCACT
SmilChr01G004655 Chr01 NC_080387.1:64656337-64656346promoter 内 2442-2451 bp + 1550 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 64653899-64654787(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CCCCGTCACT
SmilChr05G003442 Chr05 NC_080391.1:45784704-45784713promoter 内 2396-2405 bp - 1596 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 45786309-45789793(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GCCCGTCACT
SmilChr05G002568 Chr05 NC_080391.1:28852614-28852623promoter 内 2372-2381 bp - 1620 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 28849769-28850994(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGGGG
SmilChr06G001817 Chr06 NC_080392.1:21327356-21327365promoter 内 2220-2229 bp + 1772 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 21329137-21332450(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGGGG
SmilChr01G000635 Chr01 NC_080387.1:14275346-14275355promoter 内 2118-2127 bp - 1874 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 14277229-14280357(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CCCCGTCACT
SmilChr06G002429 Chr06 NC_080392.1:35061985-35061994promoter 内 1920-1929 bp + 2072 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 35057464-35059913(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GCCCGTCACT
SmilChr01G005999 Chr01 NC_080387.1:75582643-75582652promoter 内 1888-1897 bp - 2104 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 75567792-75580539(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGGGC
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