靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr02G005012; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00013472-RA_Salv |
SmilChr02G005012 |
TALE | XP_057792191.1 |
MP00670 |
AGTGACGGCA |
9906 个结合位点 7758 个候选靶基因 第 82 / 156 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr04G002578 |
Chr04 | NC_080390.1:41146338-41146347promoter 内 267-276 bp |
+ | 3725 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 41150072-41155792(+) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
AGTGACGGGT |
SmilChr05G002077 |
Chr05 | NC_080391.1:21703889-21703898promoter 内 228-237 bp |
+ | 3764 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 21707662-21709732(+) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
GGTGACGGGG |
SmilChr05G003079 |
Chr05 | NC_080391.1:38898234-38898243promoter 内 188-197 bp |
- | 3804 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 38893062-38894430(-) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
GGTGACGGGC |
SmilChr02G002120 |
Chr02 | NC_080388.1:37964573-37964582promoter 内 171-180 bp |
+ | 3821 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 37958598-37960752(-) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
CCCCGTCACC |
SmilChr04G002211 |
Chr04 | NC_080390.1:35781373-35781382promoter 内 118-127 bp |
- | 3874 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 35785256-35792216(+) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
ACCCGTCACT |
SmilChr03G003544 |
Chr03 | NC_080389.1:54086368-54086377promoter 内 49-58 bp |
+ | 3943 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 54081136-54082425(-) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
GCCCGTCACC |
SmilChr06G002056 |
Chr06 | NC_080392.1:27078638-27078647promoter 内 10-19 bp |
- | 3982 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 27082629-27083252(+) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
CCCCGTCACC |
SmilChr01G000283 |
Chr01 | NC_080387.1:5557584-5557593promoter 内 2596-2605 bp |
- | 1396 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 3 | 5558989-5562387(+) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
GCCCGTCACT |
SmilChr02G001094 |
Chr02 | NC_080388.1:19738367-19738376promoter 内 3319-3328 bp |
+ | 673 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 2 | 19735577-19737694(-) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
GCCCGTCACT |
SmilChr04G001318 |
Chr04 | NC_080390.1:21237088-21237097promoter 内 3161-3170 bp |
- | 831 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 2 | 21237928-21241509(+) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
GCCCGTCACT |
SmilChr03G000617 |
Chr03 | NC_080389.1:6816288-6816297promoter 内 1740-1749 bp |
+ | 2252 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 2 | 6812419-6814036(-) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
GCCCGTCACT |
SmilChr02G003659 |
Chr02 | NC_080388.1:57962746-57962755promoter 内 1707-1716 bp |
- | 2285 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 2 | 57965040-57967019(+) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
CCCCGTCACT |
SmilChr03G003640 |
Chr03 | NC_080389.1:55075942-55075951promoter 内 1523-1532 bp |
+ | 2469 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 2 | 55078420-55079692(+) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
AGTGACGGGC |
SmilChr01G002919 |
Chr01 | NC_080387.1:47914123-47914132promoter 内 1319-1328 bp |
- | 2673 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 2 | 47909113-47911450(-) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
AGTGACGGGG |
SmilChr05G000707 |
Chr05 | NC_080391.1:5324691-5324700promoter 内 445-454 bp |
- | 3547 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 2 | 5328247-5332836(+) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
CCCCGTCACT |
SmilChr01G003640 |
Chr01 | NC_080387.1:54901269-54901278promoter 内 3991-4000 bp |
+ | 1 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 1 | 54897961-54901268(-) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
CCCCGTCACT |
SmilChr03G001502 |
Chr03 | NC_080389.1:18366349-18366358promoter 内 3918-3927 bp |
+ | 74 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 1 | 18366432-18367359(+) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
AGTGACGGGC |
SmilChr01G001689 |
Chr01 | NC_080387.1:31115147-31115156promoter 内 3841-3850 bp |
- | 151 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 1 | 31115307-31115858(+) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
CCCCGTCACT |
SmilChr02G003958 |
Chr02 | NC_080388.1:61749177-61749186promoter 内 3757-3766 bp |
- | 235 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 1 | 61746960-61748942(-) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
AGTGACGGGC |
SmilChr05G000729 |
Chr05 | NC_080391.1:5563287-5563296promoter 内 3737-3746 bp |
+ | 255 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 1 | 5563551-5565055(+) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
AGTGACGGGC |
SmilChr03G000392 |
Chr03 | NC_080389.1:4310947-4310956promoter 内 3269-3278 bp |
- | 723 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 1 | 4311679-4313040(+) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
CCCCGTCACT |
SmilChr05G000394 |
Chr05 | NC_080391.1:2966918-2966927promoter 内 3173-3182 bp |
- | 819 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 1 | 2967746-2970156(+) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
CCCCGTCACT |
SmilChr04G001297 |
Chr04 | NC_080390.1:20634024-20634033promoter 内 3160-3169 bp |
- | 832 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 1 | 20634865-20637592(+) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
GCCCGTCACT |
SmilChr02G002446 |
Chr02 | NC_080388.1:42690374-42690383promoter 内 2948-2957 bp |
- | 1044 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 1 | 42688073-42689330(-) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
AGTGACGGGC |
SmilChr04G001399 |
Chr04 | NC_080390.1:22777083-22777092promoter 内 2768-2777 bp |
- | 1224 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 1 | 22775380-22775859(-) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
AGTGACGGGG |
SmilChr01G001332 |
Chr01 | NC_080387.1:26504223-26504232promoter 内 2743-2752 bp |
- | 1249 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 1 | 26505481-26508040(+) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
GCCCGTCACT |
SmilChr01G005462 |
Chr01 | NC_080387.1:71637415-71637424promoter 内 2639-2648 bp |
- | 1353 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 1 | 71632959-71636062(-) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
AGTGACGGGC |
SmilChr05G002256 |
Chr05 | NC_080391.1:24269175-24269184promoter 内 2529-2538 bp |
- | 1463 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 1 | 24270647-24276749(+) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
CCCCGTCACT |
SmilChr01G004219 |
Chr01 | NC_080387.1:60579747-60579756promoter 内 2524-2533 bp |
+ | 1468 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 1 | 60576167-60578279(-) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
CCCCGTCACT |
SmilChr01G004655 |
Chr01 | NC_080387.1:64656337-64656346promoter 内 2442-2451 bp |
+ | 1550 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 1 | 64653899-64654787(-) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
CCCCGTCACT |
SmilChr05G003442 |
Chr05 | NC_080391.1:45784704-45784713promoter 内 2396-2405 bp |
- | 1596 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 1 | 45786309-45789793(+) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
GCCCGTCACT |
SmilChr05G002568 |
Chr05 | NC_080391.1:28852614-28852623promoter 内 2372-2381 bp |
- | 1620 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 1 | 28849769-28850994(-) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
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Chr06 | NC_080392.1:21327356-21327365promoter 内 2220-2229 bp |
+ | 1772 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 1 | 21329137-21332450(+) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
AGTGACGGGG |
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Chr01 | NC_080387.1:14275346-14275355promoter 内 2118-2127 bp |
- | 1874 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 1 | 14277229-14280357(+) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
CCCCGTCACT |
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Chr06 | NC_080392.1:35061985-35061994promoter 内 1920-1929 bp |
+ | 2072 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 1 | 35057464-35059913(-) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
GCCCGTCACT |
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Chr01 | NC_080387.1:75582643-75582652promoter 内 1888-1897 bp |
- | 2104 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 1 | 75567792-75580539(-) |
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+ | 2177 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 1 | 62448005-62450804(+) |
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- | 2192 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 1 | 56355808-56360808(+) |
SMil_00013472-RA_Salv |
MP00670 |
CCCCGTCACT |
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+ | 2317 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 1 | 61791360-61794885(-) |
SMil_00013472-RA_Salv |
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+ | 2353 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 1 | 25615113-25623695(+) |
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- | 2354 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 1 | 4313310-4314855(+) |
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CCCCGTCACT |
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