转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001111; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00023725-RA_Salv SmilChr06G001111 MYB XP_057768512.1 MP00388 AAAGTTAGGTATAA

可能结合的靶基因

9774 个结合位点 6870 个候选靶基因 第 82 / 138 下载 TSV

上一页 82 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000517 Chr02 NC_080388.1:7145525-7145538promoter 内 3733-3746 bp + 255 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 7143063-7145270(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATATACCTACTCAT
SmilChr02G002787 Chr02 NC_080388.1:47940697-47940710promoter 内 3731-3744 bp - 257 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 47940967-47944805(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTATACCTAAATTT
SmilChr01G000695 Chr01 NC_080387.1:15590037-15590050promoter 内 3724-3737 bp - 264 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 15590314-15592030(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TCTTACCTAAATTT
SmilChr01G004830 Chr01 NC_080387.1:66435894-66435907promoter 内 3690-3703 bp + 298 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 66436205-66438902(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TCTATTAGGTATAG
SmilChr02G000375 Chr02 NC_080388.1:4749163-4749176promoter 内 3686-3699 bp + 302 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 4745987-4748861(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TACAACCTAACCAC
SmilChr02G004771 Chr02 NC_080388.1:69888437-69888450promoter 内 3683-3696 bp - 305 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 69880677-69888132(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATATTTAGGTACAA
SmilChr03G000173 Chr03 NC_080389.1:1899595-1899608promoter 内 3640-3653 bp - 348 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 1899956-1900505(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CATTACCTAATCTT
SmilChr01G002698 Chr01 NC_080387.1:45247798-45247811promoter 内 3625-3638 bp - 363 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 45245357-45247435(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AAATTTAGGTATAA
SmilChr01G002791 Chr01 NC_080387.1:46404841-46404854promoter 内 3600-3613 bp - 388 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 46403662-46404453(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TGTGTTAGGTTGCC
SmilChr02G000582 Chr02 NC_080388.1:8382233-8382246promoter 内 3533-3546 bp - 455 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 8382701-8383882(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATATACCTACTCAT
SmilChr02G005476 Chr02 NC_080388.1:75000190-75000203promoter 内 3408-3421 bp + 580 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 74998728-74999610(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ACATACCTAATCGT
SmilChr02G000535 Chr02 NC_080388.1:7373560-7373573promoter 内 3403-3416 bp - 585 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 7374158-7375596(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATATACCTACTCAT
SmilChr02G002958 Chr02 NC_080388.1:50112151-50112164promoter 内 3402-3415 bp + 586 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 50112750-50121996(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATTATTAGGTAAAT
SmilChr02G000289 Chr02 NC_080388.1:3678300-3678313promoter 内 3373-3386 bp - 615 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 3676633-3677685(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AAATTTAGGTATAA
SmilChr02G000348 Chr02 NC_080388.1:4517198-4517211promoter 内 3371-3384 bp + 617 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 4517828-4518880(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AAATTTAGGTATAA
SmilChr01G002823 Chr01 NC_080387.1:46768812-46768825promoter 内 3321-3334 bp - 667 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 46769492-46771782(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CGCTACCTAATTAG
SmilChr01G002525 Chr01 NC_080387.1:43224146-43224159promoter 内 3316-3329 bp - 672 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 43224831-43231129(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AATGACCTAACCTA
SmilChr01G003639 Chr01 NC_080387.1:54893802-54893815promoter 内 3236-3249 bp - 752 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 54890600-54893050(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATGATTAGGTATCA
SmilChr02G004703 Chr02 NC_080388.1:69337194-69337207promoter 内 3222-3235 bp - 766 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 69333845-69336428(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTAGTTAGGTGTTT
SmilChr01G000556 Chr01 NC_080387.1:11607756-11607769promoter 内 3198-3211 bp - 790 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 11608559-11615590(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CAAAACCTAACACA
SmilChr01G004877 Chr01 NC_080387.1:66870656-66870669promoter 内 3164-3177 bp + 824 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 66871493-66876814(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTTATTAGGTAGAT
SmilChr01G002586 Chr01 NC_080387.1:43997674-43997687promoter 内 3078-3091 bp + 910 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 43998597-43999050(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TGAGTTAGGTTTTT
SmilChr01G003791 Chr01 NC_080387.1:56298223-56298236promoter 内 3053-3066 bp + 935 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 56291429-56297288(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TCTTACCTAATAAG
SmilChr01G004962 Chr01 NC_080387.1:67707686-67707699promoter 内 2980-2993 bp + 1008 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 67705505-67706678(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TCGAGCCTAACTGC
SmilChr01G000451 Chr01 NC_080387.1:9187821-9187834promoter 内 2816-2829 bp - 1172 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 9189006-9190472(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TACAACCTAACACA
SmilChr01G002349 Chr01 NC_080387.1:40642896-40642909promoter 内 2591-2604 bp - 1397 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 40637857-40641499(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ACAGTTAGGCACTA
SmilChr01G002712 Chr01 NC_080387.1:45366785-45366798promoter 内 2575-2588 bp - 1413 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 45368211-45371658(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CGGGACCTAACAGG
SmilChr01G002345 Chr01 NC_080387.1:40594126-40594139promoter 内 2550-2563 bp - 1438 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 40590469-40592688(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AAAGTTAGGCATTC
SmilChr03G000290 Chr03 NC_080389.1:3305415-3305428promoter 内 2373-2386 bp + 1615 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 3300698-3303800(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CATTACCTAATCTT
SmilChr02G005246 Chr02 NC_080388.1:73611743-73611756promoter 内 2242-2255 bp - 1746 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 73608614-73609997(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AAATTTAGGTACAT
SmilChr01G005116 Chr01 NC_080387.1:68945944-68945957promoter 内 2202-2215 bp - 1786 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 68947743-68949016(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTGTACCTAAATAT
SmilChr01G005114 Chr01 NC_080387.1:68912684-68912697promoter 内 2186-2199 bp - 1802 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 68914499-68919240(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTGTACCTAAATAT
SmilChr01G000375 Chr01 NC_080387.1:7761760-7761773promoter 内 2129-2142 bp + 1859 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 7758780-7759901(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CTCTACCTAAATTA
SmilChr03G000422 Chr03 NC_080389.1:4594056-4594069promoter 内 2128-2141 bp - 1860 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 4589837-4592196(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TGAGTTAGGCATTG
SmilChr02G002780 Chr02 NC_080388.1:47890871-47890884promoter 内 2010-2023 bp - 1978 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 47892862-47899489(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ACTCACCTAACGTT
SmilChr03G000085 Chr03 NC_080389.1:978769-978782promoter 内 1933-1946 bp + 2055 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 974330-976714(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ACAAGCCTAACTTC
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