转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G004009; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00018864-RA_Salv SmilChr05G004009 MYB XP_057810662.1 MP00216 AAAAAAGTTAGGTAG

可能结合的靶基因

9832 个结合位点 7342 个候选靶基因 第 83 / 147 下载 TSV

上一页 83 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005981 Chr01 NC_080387.1:75475045-75475059promoter 内 1008-1022 bp + 2979 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 75468432-75472066(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TAACCTAACCAACCT
SmilChr03G004305 Chr03 NC_080389.1:61408474-61408488promoter 内 976-990 bp + 3011 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 61405392-61405463(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GTACCTAAATTATTT
SmilChr01G005074 Chr01 NC_080387.1:68619425-68619439promoter 内 960-974 bp + 3027 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 68622466-68624722(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATATATGTTAGGTTA
SmilChr03G004469 Chr03 NC_080389.1:62797624-62797638promoter 内 952-966 bp + 3035 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 62793370-62794589(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTACCTAAAATTTTC
SmilChr01G004767 Chr01 NC_080387.1:65850089-65850103promoter 内 873-887 bp + 3114 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 65853217-65854059(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CAAAAAGGTAGGTAG
SmilChr02G000610 Chr02 NC_080388.1:8915345-8915359promoter 内 867-881 bp - 3120 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 8918479-8918931(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTCCCTAACTTCAGT
SmilChr01G001375 Chr01 NC_080387.1:27093647-27093661promoter 内 798-812 bp - 3189 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 27072274-27090458(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TTCTTAGTTAGGTAT
SmilChr01G005151 Chr01 NC_080387.1:69300626-69300640promoter 内 782-796 bp - 3205 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 69287163-69297421(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GTATATGTTAGGTCC
SmilChr02G002310 Chr02 NC_080388.1:40710011-40710025promoter 内 763-777 bp + 3224 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 40713249-40717348(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTTTTAGTTAGGTGT
SmilChr03G002828 Chr03 NC_080389.1:44764760-44764774promoter 内 748-762 bp + 3239 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 44759008-44761521(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AGACCTAACAATTAT
SmilChr01G001050 Chr01 NC_080387.1:21844013-21844027promoter 内 743-757 bp + 3244 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 21847271-21850188(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TCTCGAGTTAGGTTT
SmilChr01G005983 Chr01 NC_080387.1:75475045-75475059promoter 内 699-713 bp + 3288 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 75478347-75479513(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AGGTTGGTTAGGTTA
SmilChr03G004250 Chr03 NC_080389.1:60974619-60974633promoter 内 673-687 bp - 3314 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 60977947-60980004(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAACCTAACTGTGCC
SmilChr02G004568 Chr02 NC_080388.1:68193134-68193148promoter 内 649-663 bp - 3338 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 68196486-68200550(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CCACCTAACAGATTC
SmilChr01G004804 Chr01 NC_080387.1:66238035-66238049promoter 内 643-657 bp - 3344 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 66241393-66244561(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ACACCTAACCCAAGT
SmilChr01G004398 Chr01 NC_080387.1:62115562-62115576promoter 内 626-640 bp - 3361 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 62118937-62120651(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GTACCTAAATTATTT
SmilChr03G002292 Chr03 NC_080389.1:36112718-36112732promoter 内 612-626 bp - 3375 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 36108362-36109343(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTTATTGTTAGGTAC
SmilChr02G003206 Chr02 NC_080388.1:53199092-53199106promoter 内 587-601 bp + 3400 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 53202506-53205087(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TCTCGAGTTAGGTTT
SmilChr01G003256 Chr01 NC_080387.1:51269256-51269270promoter 内 552-566 bp - 3435 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 51262243-51265821(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TTTGAAGTTAGGTTT
SmilChr02G003060 Chr02 NC_080388.1:51413749-51413763promoter 内 501-515 bp + 3486 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 51388125-51410263(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TGACCTAACTGTAAC
SmilChr03G000114 Chr03 NC_080389.1:1268695-1268709promoter 内 496-510 bp - 3491 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 1263204-1265204(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GCAAAAGTTTGGTTA
SmilChr03G004248 Chr03 NC_080389.1:60974619-60974633promoter 内 468-482 bp - 3519 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 60966271-60971100(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGCACAGTTAGGTTT
SmilChr01G005261 Chr01 NC_080387.1:70085893-70085907promoter 内 341-355 bp + 3646 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 70089553-70092093(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATAATCGTTAGGTAA
SmilChr01G005277 Chr01 NC_080387.1:70181694-70181708promoter 内 323-337 bp + 3664 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 70185372-70187985(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATAATCGTTAGGTAA
SmilChr01G005726 Chr01 NC_080387.1:73405443-73405457promoter 内 321-335 bp + 3666 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 73409123-73409703(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TGGGAAATTAGGTAT
SmilChr03G003797 Chr03 NC_080389.1:57055776-57055790promoter 内 283-297 bp + 3704 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 57051069-57052072(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CCACCTAACACCGAC
SmilChr03G001405 Chr03 NC_080389.1:16641945-16641959promoter 内 134-148 bp - 3853 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 16634872-16638092(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AACTCAGTTAGGTGA
SmilChr01G003604 Chr01 NC_080387.1:54587419-54587433promoter 内 100-114 bp - 3887 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 54580869-54583532(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GATTTGGTTAGGTGT
SmilChr01G005959 Chr01 NC_080387.1:75301740-75301754promoter 内 98-112 bp - 3889 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 75305643-75308359(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TAACCTAACCAACCT
SmilChr03G004431 Chr03 NC_080389.1:62459952-62459966promoter 内 3095-3109 bp + 892 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 62460858-62462834(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TATGATGTTAGGTAT
SmilChr01G001396 Chr01 NC_080387.1:27453084-27453098promoter 内 492-506 bp + 3495 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 27441038-27449589(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAACCTAACTTGGAA
SmilChr02G001861 Chr02 NC_080388.1:33843142-33843156promoter 内 250-264 bp + 3737 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 33829141-33839405(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGACCTAACATAAGC
SmilChr02G002848 Chr02 NC_080388.1:48657892-48657906promoter 内 3693-3707 bp - 294 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 48658200-48662685(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATACCTAAATCTTTT
SmilChr03G004333 Chr03 NC_080389.1:61681044-61681058promoter 内 3415-3429 bp + 572 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 61677000-61680472(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GTCCCTAACTTTTAT
SmilChr02G003947 Chr02 NC_080388.1:61624450-61624464promoter 内 3284-3298 bp - 703 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 61625167-61628104(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TTACCTAAATTATTT
SmilChr02G001132 Chr02 NC_080388.1:20461454-20461468promoter 内 3254-3268 bp + 733 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 20462201-20463244(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGGTGGGTTAGGTCC
SmilChr03G000242 Chr03 NC_080389.1:2864677-2864691promoter 内 3073-3087 bp - 914 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 2865605-2869423(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTACCTACCTATTTT
SmilChr02G002374 Chr02 NC_080388.1:41586239-41586253promoter 内 2886-2900 bp + 1101 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 41582996-41585138(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TTACCTAATAATTTT
SmilChr04G000473 Chr04 NC_080390.1:5045531-5045545promoter 内 2796-2810 bp - 1191 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 5042737-5044340(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TCACATGTTAGGTTA
SmilChr01G004604 Chr01 NC_080387.1:64024908-64024922promoter 内 2579-2593 bp - 1408 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 64020290-64023500(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GCTGCAGTTAGGTTA
SmilChr02G000527 Chr02 NC_080388.1:7247076-7247090promoter 内 2541-2555 bp - 1446 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 7248536-7248813(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TTACCTAATCACTTT
SmilChr03G003351 Chr03 NC_080389.1:51844059-51844073promoter 内 2485-2499 bp + 1502 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 51845575-51854471(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TTTAGGGTTAGGTCG
SmilChr01G004431 Chr01 NC_080387.1:62418933-62418947promoter 内 2353-2367 bp + 1634 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 62415542-62417299(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GTACCTAATCTCAGC
SmilChr02G003994 Chr02 NC_080388.1:62279508-62279522promoter 内 2161-2175 bp - 1826 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 62259906-62277682(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GACTATGTTAGGTGT
SmilChr02G005068 Chr02 NC_080388.1:72346878-72346892promoter 内 2106-2120 bp - 1881 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 72342434-72344997(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTTCATGTTAGGTCG
SmilChr02G000189 Chr02 NC_080388.1:2358915-2358929promoter 内 1947-1961 bp + 2040 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 2360969-2364496(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AATGGGGTTAGGTCA
SmilChr04G000371 Chr04 NC_080390.1:3735508-3735522promoter 内 1526-1540 bp + 2461 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 3729974-3733047(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GTACCTAACATAATA
SmilChr03G004334 Chr03 NC_080389.1:61681044-61681058promoter 内 1139-1153 bp + 2848 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 61683906-61687502(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATAAAAGTTAGGGAC
SmilChr03G003464 Chr03 NC_080389.1:53050685-53050699promoter 内 850-864 bp + 3137 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 53053836-53056129(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CAAACAATTAGGTAC
SmilChr04G001879 Chr04 NC_080390.1:30702279-30702293promoter 内 685-699 bp - 3302 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 30698489-30698977(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAAGTTGTTAGGTCT