转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004114; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00012717-RA_Salv SmilChr01G004114 WRKY XP_057781125.1 MP00284 AAAAGTCAACG

可能结合的靶基因

9774 个结合位点 6552 个候选靶基因 第 84 / 132 下载 TSV

上一页 84 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001522 Chr03 NC_080389.1:18660267-18660277promoter 内 2303-2313 bp - 1688 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 18657009-18658579(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGAAGTCAAAG
SmilChr01G001838 Chr01 NC_080387.1:33322678-33322688promoter 内 2294-2304 bp + 1697 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 33316125-33320981(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CGTTGACTGAT
SmilChr03G001575 Chr03 NC_080389.1:19892463-19892473promoter 内 2285-2295 bp - 1706 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 19889017-19890757(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GTAAGTCAAAG
SmilChr02G001106 Chr02 NC_080388.1:19894363-19894373promoter 内 2260-2270 bp - 1731 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 19896104-19900667(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CTTTGACTTAC
SmilChr02G000837 Chr02 NC_080388.1:14193589-14193599promoter 内 2257-2267 bp + 1734 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 14195333-14198013(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GTAAGTCAAAG
SmilChr02G000801 Chr02 NC_080388.1:13398112-13398122promoter 内 2251-2261 bp + 1740 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 13392078-13396372(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CTTTGACTTAC
SmilChr02G004621 Chr02 NC_080388.1:68736700-68736710promoter 内 2056-2066 bp - 1935 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 68732778-68734765(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TTTAGTCAACG
SmilChr02G003761 Chr02 NC_080388.1:59287871-59287881promoter 内 2003-2013 bp - 1988 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 59289869-59293995(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGTTGACTTAC
SmilChr01G003866 Chr01 NC_080387.1:56900519-56900529promoter 内 1977-1987 bp + 2014 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 56902543-56911371(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GTAAGTCAAAG
SmilChr02G004598 Chr02 NC_080388.1:68511060-68511070promoter 内 1977-1987 bp - 2014 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 68500176-68509046(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GTAAGTCAAAG
SmilChr03G001702 Chr03 NC_080389.1:22623297-22623307promoter 内 1959-1969 bp + 2032 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 22625339-22626262(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GTAAGTCAAAG
SmilChr03G000783 Chr03 NC_080389.1:8932869-8932879promoter 内 1866-1876 bp - 2125 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 8926994-8930744(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 ACTGGTCAACG
SmilChr02G001313 Chr02 NC_080388.1:24355608-24355618promoter 内 1860-1870 bp - 2131 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 24351347-24353477(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GTAAGTCAAAG
SmilChr01G001120 Chr01 NC_080387.1:22823748-22823758promoter 内 1849-1859 bp - 2142 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 22825900-22826668(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGTTGACTTCA
SmilChr03G001712 Chr03 NC_080389.1:22902325-22902335promoter 内 1847-1857 bp - 2144 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 22904479-22920232(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CTTTGACTTAC
SmilChr02G005079 Chr02 NC_080388.1:72430387-72430397promoter 内 1843-1853 bp - 2148 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 72421915-72428239(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GATAGTCAACA
SmilChr02G003166 Chr02 NC_080388.1:52693808-52693818promoter 内 1823-1833 bp - 2168 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 52684719-52691640(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGAAGTCAAAG
SmilChr02G004394 Chr02 NC_080388.1:66299179-66299189promoter 内 1764-1774 bp - 2227 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 66294410-66296952(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGAAGTCAAAG
SmilChr01G003373 Chr01 NC_080387.1:52434640-52434650promoter 内 1712-1722 bp - 2279 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 52436929-52438863(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CGTTGACTGAT
SmilChr02G004677 Chr02 NC_080388.1:69117233-69117243promoter 内 1669-1679 bp - 2322 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 69112116-69114911(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GTAAGTCAAAG
SmilChr01G006019 Chr01 NC_080387.1:75778471-75778481promoter 内 1630-1640 bp - 2361 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 75780842-75781189(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CGTTGACAATT
SmilChr02G001178 Chr02 NC_080388.1:21654428-21654438promoter 内 1596-1606 bp + 2395 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 21648406-21652033(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CTTTGACTTAC
SmilChr01G004704 Chr01 NC_080387.1:65143393-65143403promoter 内 1590-1600 bp - 2401 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 65145804-65147888(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CTTTGACTTAC
SmilChr02G000912 Chr02 NC_080388.1:15780771-15780781promoter 内 1573-1583 bp + 2418 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 15778015-15778353(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CTTTGACTTAC
SmilChr02G001661 Chr02 NC_080388.1:30834008-30834018promoter 内 1528-1538 bp + 2463 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 30836481-30838937(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GTAAGTCAAAG
SmilChr01G000880 Chr01 NC_080387.1:18697750-18697760promoter 内 1511-1521 bp - 2480 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 18700240-18701786(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CTTTGACTTAC
SmilChr01G002711 Chr01 NC_080387.1:45364867-45364877promoter 内 1503-1513 bp + 2488 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 45358651-45362379(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CGTTGACAATT
SmilChr02G004018 Chr02 NC_080388.1:62473988-62473998promoter 内 1491-1501 bp - 2500 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 62476498-62479981(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGTTGACTTCA
SmilChr01G001477 Chr01 NC_080387.1:28555377-28555387promoter 内 1470-1480 bp - 2521 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 28557908-28560722(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGTTGACTTCA
SmilChr03G001400 Chr03 NC_080389.1:16604157-16604167promoter 内 1461-1471 bp + 2530 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 16606697-16609108(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGAAGTCAAAG
SmilChr01G000893 Chr01 NC_080387.1:18976716-18976726promoter 内 1451-1461 bp + 2540 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 18979266-18980289(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GTAAGTCAAAG
SmilChr02G004221 Chr02 NC_080388.1:64421806-64421816promoter 内 1426-1436 bp - 2565 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 64424381-64430938(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CGTTGACTGAT
SmilChr03G001411 Chr03 NC_080389.1:16773118-16773128promoter 内 1386-1396 bp - 2605 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 16775733-16779393(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CTTTGACTTAC
SmilChr01G001484 Chr01 NC_080387.1:28626278-28626288promoter 内 1377-1387 bp - 2614 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 28628902-28631945(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CTTTGACTTCA
SmilChr02G004396 Chr02 NC_080388.1:66299179-66299189promoter 内 1373-1383 bp - 2618 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 66301807-66304825(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CTTTGACTTCA
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