转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G001791; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007112-RA_Salv SmilChr02G001791 TCP XP_057795933.1 MP00062 GGGACCAC

可能结合的靶基因

7249 个结合位点 6454 个候选靶基因 第 84 / 130 下载 TSV

上一页 84 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004764 Chr01 NC_080387.1:65833350-65833357promoter 内 2218-2225 bp + 1776 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 65835133-65838194(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr06G003206 Chr06 NC_080392.1:44889870-44889877promoter 内 2218-2225 bp + 1776 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 44881678-44888094(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr05G001240 Chr05 NC_080391.1:10505737-10505744promoter 内 2216-2223 bp - 1778 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 10507522-10507594(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr03G000537 Chr03 NC_080389.1:5834305-5834312promoter 内 2214-2221 bp + 1780 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 5836092-5836901(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr04G003080 Chr04 NC_080390.1:47402047-47402054promoter 内 2214-2221 bp - 1780 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 47403834-47408435(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr02G003575 Chr02 NC_080388.1:56930536-56930543promoter 内 2213-2220 bp - 1781 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 56932324-56935570(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr01G004282 Chr01 NC_080387.1:61045693-61045700promoter 内 2211-2218 bp + 1783 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 61047483-61049109(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr02G001916 Chr02 NC_080388.1:34493466-34493473promoter 内 2211-2218 bp - 1783 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 34487721-34491683(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr03G001261 Chr03 NC_080389.1:14557715-14557722promoter 内 2211-2218 bp - 1783 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 14545865-14555932(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr03G001384 Chr03 NC_080389.1:16367280-16367287promoter 内 2210-2217 bp + 1784 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 16369071-16369810(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr03G000761 Chr03 NC_080389.1:8691938-8691945promoter 内 2209-2216 bp - 1785 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 8693730-8697613(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr01G006065 Chr01 NC_080387.1:76065248-76065255promoter 内 2208-2215 bp + 1786 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 76067041-76075726(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr03G004628 Chr03 NC_080389.1:63936299-63936306promoter 内 2208-2215 bp - 1786 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 63938092-63939767(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr08G001825 Chr08 NC_080394.1:15591188-15591195promoter 内 2207-2214 bp - 1787 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 15592982-15595066(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr08G003855 Chr08 NC_080394.1:45079333-45079340promoter 内 2207-2214 bp + 1787 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 45062881-45077546(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr07G002970 Chr07 NC_080393.1:30223460-30223467promoter 内 2205-2212 bp + 1789 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 30209884-30221671(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr02G001997 Chr02 NC_080388.1:36122272-36122279promoter 内 2204-2211 bp + 1790 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 36105911-36120482(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr03G002652 Chr03 NC_080389.1:42174355-42174362promoter 内 2204-2211 bp - 1790 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 42176152-42177479(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr01G004800 Chr01 NC_080387.1:66206702-66206709promoter 内 2203-2210 bp - 1791 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 66208500-66209420(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr06G001792 Chr06 NC_080392.1:20968359-20968366promoter 内 2202-2209 bp + 1792 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 20970158-20971485(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr07G000340 Chr07 NC_080393.1:2314214-2314221promoter 内 2202-2209 bp + 1792 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 2310107-2312422(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr03G002013 Chr03 NC_080389.1:30074209-30074216promoter 内 2201-2208 bp - 1793 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 30076009-30077247(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr03G002997 Chr03 NC_080389.1:46781141-46781148promoter 内 2201-2208 bp - 1793 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 46777814-46779348(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr07G002722 Chr07 NC_080393.1:26709582-26709589promoter 内 2200-2207 bp + 1794 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 26706457-26707788(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr01G004533 Chr01 NC_080387.1:63501975-63501982promoter 内 2197-2204 bp - 1797 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 63495354-63500178(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr07G001642 Chr07 NC_080393.1:13843109-13843116promoter 内 2197-2204 bp + 1797 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 13840293-13841312(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr08G003746 Chr08 NC_080394.1:42475646-42475653promoter 内 2195-2202 bp + 1799 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 42473509-42473847(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr05G002178 Chr05 NC_080391.1:23225425-23225432promoter 内 2193-2200 bp + 1801 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 23221247-23223624(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr04G000005 Chr04 NC_080390.1:84947-84954promoter 内 2192-2199 bp + 1802 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 80344-83145(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr03G001767 Chr03 NC_080389.1:24101191-24101198promoter 内 2191-2198 bp + 1803 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 24098717-24099388(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr02G001006 Chr02 NC_080388.1:17745558-17745565promoter 内 2189-2196 bp - 1805 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 17747370-17751640(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr07G001162 Chr07 NC_080393.1:8697258-8697265promoter 内 2186-2193 bp - 1808 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 8690311-8695450(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr03G000197 Chr03 NC_080389.1:2243677-2243684promoter 内 2185-2192 bp + 1809 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 2229827-2241868(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr01G000524 Chr01 NC_080387.1:10699762-10699769promoter 内 2184-2191 bp - 1810 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 10701579-10702581(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr04G003972 Chr04 NC_080390.1:55189207-55189214promoter 内 2184-2191 bp - 1810 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 55185389-55187397(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr05G001391 Chr05 NC_080391.1:12466963-12466970promoter 内 2184-2191 bp + 1810 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 12463256-12465153(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
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