转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G004179; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00012156-RA_Salv SmilChr03G004179 WRKY XP_057799230.1 MP00464 AGCGTTGACTTTTT

可能结合的靶基因

9864 个结合位点 7299 个候选靶基因 第 85 / 146 下载 TSV

上一页 85 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G001767 Chr04 NC_080390.1:29075502-29075515promoter 内 2655-2668 bp - 1333 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 29076848-29082118(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CGCAAGTCAACTTG
SmilChr02G002791 Chr02 NC_080388.1:47968269-47968282promoter 内 2648-2661 bp - 1340 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 47962680-47966929(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TACTTTGACTTTAA
SmilChr03G002157 Chr03 NC_080389.1:33575612-33575625promoter 内 2646-2659 bp + 1342 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 33566471-33574270(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAGAAGTCAAAGTG
SmilChr04G000370 Chr04 NC_080390.1:3713912-3713925promoter 内 2602-2615 bp + 1386 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 3715311-3719135(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AACGTTGACTAACG
SmilChr01G001296 Chr01 NC_080387.1:25827747-25827760promoter 内 2561-2574 bp + 1427 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 25825694-25826320(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CCAAAGTCAAATAT
SmilChr03G001125 Chr03 NC_080389.1:12951069-12951082promoter 内 2519-2532 bp - 1469 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 12952551-12958573(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAAAAGTCAAAAAC
SmilChr01G006060 Chr01 NC_080387.1:76049815-76049828promoter 内 2518-2531 bp - 1470 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 76046944-76048345(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TTCGTTGACATTCT
SmilChr02G002837 Chr02 NC_080388.1:48506492-48506505promoter 内 2484-2497 bp + 1504 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 48503933-48504988(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAGAAGTCAACAAA
SmilChr02G005555 Chr02 NC_080388.1:75515748-75515761promoter 内 2464-2477 bp - 1524 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 75510048-75514224(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TTATTTGACTTTTG
SmilChr01G003853 Chr01 NC_080387.1:56807781-56807794promoter 内 2461-2474 bp + 1527 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 56802521-56806254(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAATAGTCAACATT
SmilChr01G003813 Chr01 NC_080387.1:56515666-56515679promoter 内 2418-2431 bp - 1570 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 56517249-56520956(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAATAGTCAACATT
SmilChr01G004151 Chr01 NC_080387.1:60039780-60039793promoter 内 2369-2382 bp - 1619 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 60041412-60047436(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TTAAAGTCAACAAA
SmilChr02G000065 Chr02 NC_080388.1:856371-856384promoter 内 2306-2319 bp + 1682 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 852972-854689(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ACGAAGTCAACAAT
SmilChr02G002838 Chr02 NC_080388.1:48511448-48511461promoter 内 2306-2319 bp + 1682 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 48513143-48513604(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TTTGTTGACTTCTT
SmilChr01G003411 Chr01 NC_080387.1:52762451-52762464promoter 内 2305-2318 bp - 1683 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 52764147-52770005(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TTAAAGTCAACATG
SmilChr02G004010 Chr02 NC_080388.1:62421065-62421078promoter 内 2249-2262 bp - 1739 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 62422817-62427184(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CCATAGTCAACAGT
SmilChr03G002701 Chr03 NC_080389.1:42971425-42971438promoter 内 2206-2219 bp - 1782 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 42973220-42973996(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CAAAAGTCAAATAA
SmilChr03G003450 Chr03 NC_080389.1:52866950-52866963promoter 内 2192-2205 bp + 1796 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 52861403-52865154(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAAAAGTCAAAAAC
SmilChr01G005074 Chr01 NC_080387.1:68620619-68620632promoter 内 2154-2167 bp - 1834 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 68622466-68624722(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TGATGGTCAACGCA
SmilChr03G004219 Chr03 NC_080389.1:60762122-60762135promoter 内 2147-2160 bp + 1841 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 60759102-60760281(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TCCAAGTCAACTGG
SmilChr03G000563 Chr03 NC_080389.1:6115523-6115536promoter 内 2109-2122 bp + 1879 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 6117415-6118876(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TTGGTTGACTTACT
SmilChr02G000537 Chr02 NC_080388.1:7397888-7397901promoter 内 2096-2109 bp - 1892 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 7399793-7400930(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GCAAAGTCAATGAC
SmilChr03G001747 Chr03 NC_080389.1:23657298-23657311promoter 内 2030-2043 bp + 1958 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 23659269-23660906(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GTTTTTGACTTTTT
SmilChr01G005303 Chr01 NC_080387.1:70303564-70303577promoter 内 2016-2029 bp - 1972 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 70305549-70306130(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TCGTAGTCAACGTT
SmilChr01G003410 Chr01 NC_080387.1:52759772-52759785promoter 内 2002-2015 bp - 1986 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 52755441-52757786(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATAGTTGACTTGAT
SmilChr03G000725 Chr03 NC_080389.1:8178410-8178423promoter 内 2000-2013 bp + 1988 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 8180411-8183465(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AATGTTGACTATTT
SmilChr03G003924 Chr03 NC_080389.1:58326544-58326557promoter 内 1976-1989 bp + 2012 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 58320326-58324532(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ACGAAGTCAACAAT
SmilChr04G001420 Chr04 NC_080390.1:23070908-23070921promoter 内 1970-1983 bp - 2018 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 23072939-23074810(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GCGAAGTCAACTAG
SmilChr01G006001 Chr01 NC_080387.1:75588022-75588035promoter 内 1950-1963 bp + 2038 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 75590073-75592161(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TTTGTTGACTTCTT
SmilChr03G001800 Chr03 NC_080389.1:24614583-24614596promoter 内 1947-1960 bp - 2041 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 24610358-24612542(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GTTTTTGACTTTTT
SmilChr03G003011 Chr03 NC_080389.1:47010882-47010895promoter 内 1937-1950 bp - 2051 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 47012946-47018637(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TTAAAGTCAATGCC
SmilChr04G001459 Chr04 NC_080390.1:24003724-24003737promoter 内 1923-1936 bp - 2065 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 24005802-24012038(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GCCAAGTCAACAAC
SmilChr01G002747 Chr01 NC_080387.1:45794087-45794100promoter 内 1918-1931 bp - 2070 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 45796170-45797467(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TGATGGTCAACGCA
SmilChr01G001700 Chr01 NC_080387.1:31392195-31392208promoter 内 1915-1928 bp - 2073 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 31373969-31390122(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CTCTTTGACTTGTT
SmilChr02G000391 Chr02 NC_080388.1:4848512-4848525promoter 内 1801-1814 bp + 2187 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 4850712-4851596(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TGGTTTGACTTTCC
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