转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G004106; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002787-RA_Salv SmilChr05G004106 WRKY XP_057810779.1 MP00260 AAAAGTCAACG

可能结合的靶基因

9706 个结合位点 5932 个候选靶基因 第 87 / 119 下载 TSV

上一页 87 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005919 Chr01 NC_080387.1:75027441-75027451promoter 内 3882-3892 bp + 109 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 75025207-75027332(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 ATTTGACTTTA
SmilChr02G000803 Chr02 NC_080388.1:13402999-13403009promoter 内 3882-3892 bp + 109 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 13402053-13402890(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 ATTTGACTTTA
SmilChr02G000031 Chr02 NC_080388.1:387826-387836promoter 内 3849-3859 bp + 142 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 387978-389068(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TAAAGTCAAAT
SmilChr01G003799 Chr01 NC_080387.1:56373468-56373478promoter 内 3785-3795 bp + 206 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 56370038-56373262(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 ATTTGACTTTA
SmilChr01G004480 Chr01 NC_080387.1:62909560-62909570promoter 内 3732-3742 bp + 259 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 62908174-62909301(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 ATTTGACTTTA
SmilChr01G002325 Chr01 NC_080387.1:40331147-40331157promoter 内 3719-3729 bp - 272 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 40326715-40330875(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AGAAGTCAAAA
SmilChr02G002326 Chr02 NC_080388.1:40942642-40942652promoter 内 3662-3672 bp + 329 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 40939951-40942313(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GGTTGACTGGA
SmilChr01G002316 Chr01 NC_080387.1:40149325-40149335promoter 内 3656-3666 bp - 335 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 40144918-40148990(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AGAAGTCAAAA
SmilChr02G003793 Chr02 NC_080388.1:59588911-59588921promoter 内 3606-3616 bp + 385 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 59579878-59588526(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CATTGACTTTA
SmilChr02G002450 Chr02 NC_080388.1:42756285-42756295promoter 内 3595-3605 bp - 396 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 42755311-42755889(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TAAAGTCAATG
SmilChr01G004345 Chr01 NC_080387.1:61609695-61609705promoter 内 3591-3601 bp + 400 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 61610105-61613153(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CTAAGTCAAAA
SmilChr01G001648 Chr01 NC_080387.1:30540599-30540609promoter 内 3523-3533 bp - 468 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 30538737-30540131(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CTAAGTCAAAA
SmilChr02G002379 Chr02 NC_080388.1:41699975-41699985promoter 内 3469-3479 bp - 522 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 41698427-41699453(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TAAAGTCAAAT
SmilChr02G000062 Chr02 NC_080388.1:775919-775929promoter 内 3451-3461 bp + 540 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 776469-779675(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TAAAGTCAAAT
SmilChr02G000840 Chr02 NC_080388.1:14237375-14237385promoter 内 3431-3441 bp - 560 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 14237945-14239455(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTAG
SmilChr01G005911 Chr01 NC_080387.1:74965037-74965047promoter 内 3426-3436 bp + 565 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 74963277-74964472(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 ATTTGACTTTA
SmilChr01G004959 Chr01 NC_080387.1:67687059-67687069promoter 内 3413-3423 bp + 578 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 67687647-67692378(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CTAAGTCAAAA
SmilChr01G003318 Chr01 NC_080387.1:51907074-51907084promoter 内 3401-3411 bp - 590 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 51905777-51906484(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TAAAGTCAATG
SmilChr01G004249 Chr01 NC_080387.1:60791249-60791259promoter 内 3375-3385 bp + 616 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 60791875-60792877(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AGAAGTCAAAA
SmilChr02G000635 Chr02 NC_080388.1:9609078-9609088promoter 内 3361-3371 bp + 630 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 9606645-9608448(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTAG
SmilChr01G001490 Chr01 NC_080387.1:28679604-28679614promoter 内 3360-3370 bp + 631 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 28680245-28683140(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TAAAGTCAAAT
SmilChr01G000936 Chr01 NC_080387.1:19835921-19835931promoter 内 3359-3369 bp + 632 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 19836563-19837390(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CTAAGTCAAAA
SmilChr01G001274 Chr01 NC_080387.1:25428903-25428913promoter 内 3329-3339 bp + 662 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 25429575-25430228(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TGGAGTCAACG
SmilChr01G003297 Chr01 NC_080387.1:51654397-51654407promoter 内 3279-3289 bp - 712 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 51655119-51658323(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTCT
SmilChr02G001407 Chr02 NC_080388.1:26705444-26705454promoter 内 3265-3275 bp + 726 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 26706180-26709397(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GAGAGTCAACT
SmilChr01G004485 Chr01 NC_080387.1:62981247-62981257promoter 内 3244-3254 bp - 747 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 62982004-62983723(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTCT
SmilChr01G004285 Chr01 NC_080387.1:61075870-61075880promoter 内 3221-3231 bp - 770 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 61076650-61078939(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTCT
SmilChr01G004639 Chr01 NC_080387.1:64427336-64427346promoter 内 3179-3189 bp + 812 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 64425773-64426524(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTCT
SmilChr01G000437 Chr01 NC_080387.1:8764648-8764658promoter 内 3165-3175 bp + 826 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 8755227-8763822(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTAG
SmilChr01G000808 Chr01 NC_080387.1:17470169-17470179promoter 内 3079-3089 bp + 912 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 17468334-17469257(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CATTGACTTTA
SmilChr01G002816 Chr01 NC_080387.1:46722629-46722639promoter 内 3075-3085 bp - 916 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 46723555-46729059(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 ATTTGACTTTA
SmilChr02G002058 Chr02 NC_080388.1:37065195-37065205promoter 内 3006-3016 bp - 985 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 37062808-37064210(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CTAAGTCAAAA
SmilChr02G002507 Chr02 NC_080388.1:43545906-43545916promoter 内 3003-3013 bp + 988 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 43544768-43544918(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CATTGACTTTA
SmilChr01G000499 Chr01 NC_080387.1:10150361-10150371promoter 内 2999-3009 bp - 992 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 10151363-10165383(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTAG
SmilChr02G000316 Chr02 NC_080388.1:3981821-3981831promoter 内 2909-2919 bp - 1082 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 3982913-3984679(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CATTGACTTTA
SmilChr01G004953 Chr01 NC_080387.1:67605382-67605392promoter 内 2827-2837 bp + 1164 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 67606556-67615522(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TAAAGTCAATG
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