转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G003685; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013928-RA_Salv SmilChr03G003685 ERF XP_057798538.1 MP00558 TTTTGTCGGCAAAGG

可能结合的靶基因

9762 个结合位点 8044 个候选靶基因 第 9 / 161 下载 TSV

上一页 9 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G004490 Chr08 NC_080394.1:54528738-54528752promoter 内 3391-3405 bp + 596 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 54529348-54533700(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTATGTCGGCGGTGG
SmilChr04G002807 Chr04 NC_080390.1:43995151-43995165promoter 内 3374-3388 bp - 613 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 43995778-43996868(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCACCGCCGACATAG
SmilChr05G003252 Chr05 NC_080391.1:41917855-41917869promoter 内 2840-2854 bp - 1147 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 41914380-41916708(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCCTGTCGGCGGCTG
SmilChr08G000872 Chr08 NC_080394.1:6468156-6468170promoter 内 2756-2770 bp - 1231 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 6469401-6470078(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCACCGCCGACATAG
SmilChr08G002666 Chr08 NC_080394.1:26150727-26150741promoter 内 2682-2696 bp - 1305 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 26140173-26149422(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTATGTCGGCGGTGG
SmilChr03G004100 Chr03 NC_080389.1:59885000-59885014promoter 内 2531-2545 bp + 1456 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 59886470-59902314(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GTGTGTCGGCGAAAG
SmilChr04G002844 Chr04 NC_080390.1:44564731-44564745promoter 内 2380-2394 bp + 1607 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 44566352-44568851(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GAGTGTCGGCAGAAG
SmilChr02G005372 Chr02 NC_080388.1:74408649-74408663promoter 内 2345-2359 bp - 1642 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 74410305-74412582(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCACCGCCGACATAG
SmilChr08G000443 Chr08 NC_080394.1:3168775-3168789promoter 内 2023-2037 bp - 1964 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 3163850-3166811(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGATGTCGGCGGCGA
SmilChr01G004950 Chr01 NC_080387.1:67586809-67586823promoter 内 1656-1670 bp - 2331 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 67582362-67584478(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTATGTCGGCGGTGG
SmilChr03G000030 Chr03 NC_080389.1:375654-375668promoter 内 1500-1514 bp - 2487 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 378155-379450(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCGTTGCCGACACCT
SmilChr05G003920 Chr05 NC_080391.1:52963983-52963997promoter 内 1260-1274 bp + 2727 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 52957964-52961256(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCGCTGCCGACGATA
SmilChr01G001817 Chr01 NC_080387.1:33105504-33105518promoter 内 1053-1067 bp - 2934 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 33099523-33102570(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTATGTCGGCGGTGG
SmilChr05G003446 Chr05 NC_080391.1:45825082-45825096promoter 内 1027-1041 bp - 2960 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 45828056-45829197(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCACCGCCGACATAG
SmilChr03G001779 Chr03 NC_080389.1:24299899-24299913promoter 内 943-957 bp + 3044 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 24302957-24304005(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTATGTCGGCGGTGG
SmilChr01G005653 Chr01 NC_080387.1:72899308-72899322promoter 内 583-597 bp - 3404 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 72893237-72895904(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTATGTCGGCGGTGG
SmilChr05G001697 Chr05 NC_080391.1:16151996-16152010promoter 内 504-518 bp + 3483 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 16155493-16160754(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTATGTCGGCGGTGG
SmilChr02G005511 Chr02 NC_080388.1:75231505-75231519promoter 内 502-516 bp + 3485 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 75235004-75238347(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AATTGTCGGCGGAGA
SmilChr01G002864 Chr01 NC_080387.1:47233017-47233031promoter 内 436-450 bp + 3551 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 47228093-47229466(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CACCCGCCGACAGTG
SmilChr07G002225 Chr07 NC_080393.1:20473769-20473783promoter 内 231-245 bp - 3756 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 20477539-20479968(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCCCCGCCGACAAAC
SmilChr05G002730 Chr05 NC_080391.1:31446190-31446204promoter 内 1110-1124 bp + 2877 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 4 31449081-31453089(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGATGTCGGCGAGGG
SmilChr04G000640 Chr04 NC_080390.1:7271910-7271924promoter 内 2889-2903 bp + 1098 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 3 7273022-7275924(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTTTGTCGGCGTCGG
SmilChr06G000259 Chr06 NC_080392.1:1713020-1713034promoter 内 2220-2234 bp - 1767 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 3 1704409-1711253(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GTTTGTCGGCGGACG
SmilChr06G001841 Chr06 NC_080392.1:21604159-21604173promoter 内 696-710 bp - 3291 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 3 21598542-21600868(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CACTGTCGGCAACAG
SmilChr08G000074 Chr08 NC_080394.1:432815-432829promoter 内 3651-3665 bp - 336 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 433165-435581(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCCTTGCCGACAAAC
SmilChr03G004353 Chr03 NC_080389.1:61763997-61764011promoter 内 3067-3081 bp + 920 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 61764931-61771322(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCTTGTCGGCGGCGC
SmilChr01G004628 Chr01 NC_080387.1:64333983-64333997promoter 内 2810-2824 bp - 1177 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 64329989-64332806(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GTGTGTCGGCAGGAG
SmilChr05G000406 Chr05 NC_080391.1:3065503-3065517promoter 内 1734-1748 bp + 2253 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 3058966-3063250(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GCTCCGCCGACAAGG
SmilChr03G002194 Chr03 NC_080389.1:34547113-34547127promoter 内 1528-1542 bp - 2459 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 34541585-34544654(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GTGTGTCGGCGAGAG
SmilChr01G002901 Chr01 NC_080387.1:47699569-47699583promoter 内 1472-1486 bp - 2515 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 47696201-47697054(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GTTTGTCGGCAAGGG
SmilChr03G000378 Chr03 NC_080389.1:4227129-4227143promoter 内 1350-1364 bp + 2637 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 4229780-4233095(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCTTGTCGGCGGCGC
SmilChr03G000013 Chr03 NC_080389.1:132769-132783promoter 内 911-925 bp - 3076 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 135859-140121(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GCTCTGCCGACAGAG
SmilChr03G004352 Chr03 NC_080389.1:61763997-61764011promoter 内 650-664 bp + 3337 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 61759108-61760660(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GCGCCGCCGACAAGA
SmilChr05G002428 Chr05 NC_080391.1:26753514-26753528promoter 内 427-441 bp + 3560 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 26746963-26749954(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCGCGGCCGACACCA
SmilChr04G003925 Chr04 NC_080390.1:54932971-54932985promoter 内 139-153 bp - 3848 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 54921534-54929123(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AAGTGTCGGCAGAAG
SmilChr08G001634 Chr08 NC_080394.1:13548199-13548213promoter 内 3733-3747 bp - 254 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 13548467-13550176(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTCTCGCCGACACAC
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