转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G001885; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00020124-RA_Salv SmilChr01G001885 WRKY XP_057806790.1 MP00171 AAAAGTCAACGAT

可能结合的靶基因

9833 个结合位点 7182 个候选靶基因 第 90 / 144 下载 TSV

上一页 90 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005368 Chr01 NC_080387.1:70895649-70895661promoter 内 3334-3346 bp + 655 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 70892558-70894994(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GATGTTGACTCTT
SmilChr04G001528 Chr04 NC_080390.1:25196936-25196948promoter 内 3276-3288 bp - 713 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 25197661-25197732(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GACGTTGACCAGC
SmilChr03G001558 Chr03 NC_080389.1:19654961-19654973promoter 内 3187-3199 bp - 802 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 19644373-19654159(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GTCAGTCAACGTT
SmilChr02G002328 Chr02 NC_080388.1:40966233-40966245promoter 内 2973-2985 bp - 1016 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 40967261-40967923(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GCGGTTGACTGCG
SmilChr02G003011 Chr02 NC_080388.1:50762298-50762310promoter 内 2313-2325 bp + 1676 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 50759571-50760622(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AACGTTGACTGAC
SmilChr01G001721 Chr01 NC_080387.1:31683531-31683543promoter 内 2269-2281 bp + 1720 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 31685263-31686471(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GTCAGTCAACGTT
SmilChr03G000711 Chr03 NC_080389.1:7892018-7892030promoter 内 2242-2254 bp - 1747 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 7893777-7896454(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ACCGTTGACCGCC
SmilChr04G002729 Chr04 NC_080390.1:42906667-42906679promoter 内 2089-2101 bp - 1900 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 42908579-42915947(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CATGTTGACTTCG
SmilChr02G003176 Chr02 NC_080388.1:52886042-52886054promoter 内 1741-1753 bp - 2248 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 52888302-52888943(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AACGTTGACTGAC
SmilChr04G002970 Chr04 NC_080390.1:46068945-46068957promoter 内 1737-1749 bp + 2252 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 46061248-46066693(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TGTGTTGACTGTG
SmilChr01G006111 Chr01 NC_080387.1:76648271-76648283promoter 内 1673-1685 bp - 2316 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 76650599-76651828(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TATGTTGACTTCT
SmilChr03G004484 Chr03 NC_080389.1:62958859-62958871promoter 内 1552-1564 bp + 2437 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 62951952-62956422(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAAGTTGACTTCA
SmilChr03G000677 Chr03 NC_080389.1:7554480-7554492promoter 内 1294-1306 bp - 2695 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 7557187-7558956(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AACGTTGACTGAC
SmilChr01G000792 Chr01 NC_080387.1:17215816-17215828promoter 内 1199-1211 bp - 2790 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 17210660-17213026(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TAAAGTCAAAGAA
SmilChr02G001573 Chr02 NC_080388.1:29167186-29167198promoter 内 1143-1155 bp - 2846 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 29162480-29164340(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TAGAGTCAACACC
SmilChr03G001559 Chr03 NC_080389.1:19654961-19654973promoter 内 822-834 bp - 3167 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 19658140-19659509(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AACGTTGACTGAC
SmilChr01G001167 Chr01 NC_080387.1:23701579-23701591promoter 内 683-695 bp - 3306 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 23704897-23715789(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TTTGTTGACTTAG
SmilChr01G004646 Chr01 NC_080387.1:64522830-64522842promoter 内 348-360 bp + 3641 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 64517654-64519189(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CGGGTTGACTCTA
SmilChr02G000538 Chr02 NC_080388.1:7417021-7417033promoter 内 291-303 bp - 3698 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 7412355-7413323(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GGCGGTCAACGGT
SmilChr01G006084 Chr01 NC_080387.1:76278374-76278386promoter 内 283-295 bp - 3706 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 76282092-76285016(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TATGTTGACTTCT
SmilChr02G004693 Chr02 NC_080388.1:69273442-69273454promoter 内 13-25 bp + 3976 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 69277430-69280513(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GGAAGTCAAAGGT
SmilChr02G000589 Chr02 NC_080388.1:8446584-8446596promoter 内 3973-3985 bp + 16 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 8446612-8447289(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TGAAGTCAACACA
SmilChr01G001605 Chr01 NC_080387.1:30211988-30212000promoter 内 3959-3971 bp + 30 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 30212030-30213779(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ACAAGTCAAAGCA
SmilChr02G004105 Chr02 NC_080388.1:63352169-63352181promoter 内 3941-3953 bp + 48 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 63352229-63361209(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAAAGTCAATGAA
SmilChr01G003503 Chr01 NC_080387.1:53616724-53616736promoter 内 3933-3945 bp + 56 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 53616792-53616864(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAAAGTCAATGAA
SmilChr02G000094 Chr02 NC_080388.1:1234346-1234358promoter 内 3906-3918 bp - 83 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 1230404-1234263(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ACAAGTCAAAGCA
SmilChr02G002271 Chr02 NC_080388.1:40175466-40175478promoter 内 3902-3914 bp + 87 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 40172226-40175379(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ACGTTTGACTTTT
SmilChr01G005324 Chr01 NC_080387.1:70458666-70458678promoter 内 3899-3911 bp + 90 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 70458768-70466254(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ACAAGTCAAAGCA
SmilChr01G004564 Chr01 NC_080387.1:63720095-63720107promoter 内 3851-3863 bp - 138 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 63717788-63719957(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CCAAGTCAAAGAC
SmilChr01G004947 Chr01 NC_080387.1:67566292-67566304promoter 内 3760-3772 bp + 229 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 67561799-67566063(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TTAGTTGACTTGC
SmilChr03G003171 Chr03 NC_080389.1:49082849-49082861promoter 内 3605-3617 bp - 384 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 49083245-49091468(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TTAGTTGACTGTT
SmilChr01G006138 Chr01 NC_080387.1:76890395-76890407promoter 内 3597-3609 bp - 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 76890799-76892272(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TATGTTGACTTCT
SmilChr02G004949 Chr02 NC_080388.1:71437645-71437657promoter 内 3519-3531 bp + 470 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 71429678-71437175(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ACGTTTGACTTTT
SmilChr01G005694 Chr01 NC_080387.1:73222465-73222477promoter 内 3478-3490 bp + 511 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 73216336-73221954(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAAGTTGACTTCA
SmilChr03G003060 Chr03 NC_080389.1:47539068-47539080promoter 内 3471-3483 bp + 518 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 47539598-47543187(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CAAAGTCAATGTT
SmilChr02G003647 Chr02 NC_080388.1:57849746-57849758promoter 内 3457-3469 bp - 532 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 57850290-57853512(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ACGTTTGACTTTT
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