转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004199; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010571-RA_Salv SmilChr01G004199 bHLH XP_057782208.1 MP00074 AGAAGGTCACGTGG

可能结合的靶基因

9969 个结合位点 7396 个候选靶基因 第 94 / 148 下载 TSV

上一页 94 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G000650 Chr08 NC_080394.1:4841925-4841938promoter 内 248-261 bp + 3740 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 4835401-4838185(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTCAAAAG
SmilChr02G003262 Chr02 NC_080388.1:53908878-53908891promoter 内 96-109 bp + 3892 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 53912783-53916969(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AAATGGTCACGTGA
SmilChr06G003195 Chr06 NC_080392.1:44833122-44833135promoter 内 3966-3979 bp - 22 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 44833157-44835112(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGAAGTATC
SmilChr04G001817 Chr04 NC_080390.1:29655110-29655123promoter 内 3955-3968 bp + 33 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 29652716-29655077(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTCAGATA
SmilChr05G000583 Chr05 NC_080391.1:4399452-4399465promoter 内 3954-3967 bp - 34 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 4399499-4401407(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGAAAACCG
SmilChr08G000867 Chr08 NC_080394.1:6439056-6439069promoter 内 3939-3952 bp + 49 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 6438206-6439007(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTAAGCCG
SmilChr02G005547 Chr02 NC_080388.1:75460023-75460036promoter 内 3938-3951 bp - 50 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 75460086-75462745(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTAATTAT
SmilChr01G005336 Chr01 NC_080387.1:70571774-70571787promoter 内 3923-3936 bp - 65 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 70567561-70571709(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AATGCATCACGTGG
SmilChr02G001178 Chr02 NC_080388.1:21652121-21652134promoter 内 3900-3913 bp - 88 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 21648406-21652033(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AATAGTACACGTGG
SmilChr01G004547 Chr01 NC_080387.1:63601977-63601990promoter 内 3886-3899 bp - 102 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 63602092-63602163(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCAACGTA
SmilChr01G003709 Chr01 NC_080387.1:55449201-55449214promoter 内 3791-3804 bp - 197 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 55449411-55453972(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCATTTTC
SmilChr04G003473 Chr04 NC_080390.1:51186349-51186362promoter 内 3459-3472 bp - 529 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 51186891-51189681(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGATTTTCT
SmilChr05G004300 Chr05 NC_080391.1:56708944-56708957promoter 内 3452-3465 bp + 536 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 56709493-56713395(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TTAAGTTCACGTGC
SmilChr07G003845 Chr07 NC_080393.1:47646016-47646029promoter 内 3423-3436 bp + 565 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 47646594-47653604(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AAATGGTCACGTGA
SmilChr04G000041 Chr04 NC_080390.1:410456-410469promoter 内 3305-3318 bp + 683 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 397358-409773(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ACACGTGATCTGCG
SmilChr01G000535 Chr01 NC_080387.1:10896340-10896353promoter 内 3303-3316 bp - 685 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 10891586-10895655(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GTCTTTTCACGTGG
SmilChr05G002824 Chr05 NC_080391.1:33450363-33450376promoter 内 3303-3316 bp + 685 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 33451061-33453709(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CACTTGTCACGTGC
SmilChr02G004252 Chr02 NC_080388.1:64703227-64703240promoter 内 3216-3229 bp + 772 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 64700080-64702455(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTTCCAAA
SmilChr01G000960 Chr01 NC_080387.1:20315459-20315472promoter 内 3213-3226 bp - 775 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 20316247-20317386(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGGGAGAA
SmilChr05G002319 Chr05 NC_080391.1:25001020-25001033promoter 内 3137-3150 bp + 851 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 24998463-25000169(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ACACGTGATGTACC
SmilChr03G000607 Chr03 NC_080389.1:6707887-6707900promoter 内 3133-3146 bp - 855 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 6706463-6707032(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GTCTTTTCACGTGG
SmilChr02G002006 Chr02 NC_080388.1:36194962-36194975promoter 内 3124-3137 bp + 864 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 36195839-36196471(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GTCTTTTCACGTGG
SmilChr04G003424 Chr04 NC_080390.1:50830194-50830207promoter 内 3111-3124 bp - 877 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 50827045-50829317(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GTCTTTTCACGTGG
SmilChr07G001559 Chr07 NC_080393.1:12739273-12739286promoter 内 3104-3117 bp + 884 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 12740170-12742662(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GTCTTTTCACGTGG
SmilChr05G000124 Chr05 NC_080391.1:1000373-1000386promoter 内 2975-2988 bp + 1013 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 994000-999360(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCTTTCTC
SmilChr07G001367 Chr07 NC_080393.1:10606720-10606733promoter 内 2970-2983 bp + 1018 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 10607751-10608560(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GTCTTTTCACGTGG
SmilChr02G000785 Chr02 NC_080388.1:12903209-12903222promoter 内 2950-2963 bp - 1038 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 12901317-12902171(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AGGTGATCACGTGC
SmilChr02G004386 Chr02 NC_080388.1:66201256-66201269promoter 内 2943-2956 bp + 1045 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 66202314-66205202(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GTCTTTTCACGTGG
SmilChr07G000289 Chr07 NC_080393.1:1878522-1878535promoter 内 2933-2946 bp - 1055 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 1879590-1931892(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ACACGTGATGTCCA
SmilChr02G000158 Chr02 NC_080388.1:2039870-2039883promoter 内 2929-2942 bp + 1059 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 2040942-2043017(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TTTAAGTCACGTGT
SmilChr07G000290 Chr07 NC_080393.1:1878522-1878535promoter 内 2928-2941 bp - 1060 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 1879595-1882626(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ACACGTGATGTCCA
SmilChr04G001450 Chr04 NC_080390.1:23827697-23827710promoter 内 2875-2888 bp + 1113 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 23828823-23830991(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GTCTTTTCACGTGG
SmilChr04G001205 Chr04 NC_080390.1:18637570-18637583promoter 内 2873-2886 bp - 1115 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 18638698-18649252(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGAAAAGAC
SmilChr06G001693 Chr06 NC_080392.1:19352972-19352985promoter 内 2812-2825 bp + 1176 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 19354161-19354634(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GTCTTTTCACGTGG
SmilChr01G004978 Chr01 NC_080387.1:67837187-67837200promoter 内 2789-2802 bp - 1199 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 67838399-67842346(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ACACGTGACAATCG
SmilChr07G003324 Chr07 NC_080393.1:35481780-35481793promoter 内 2763-2776 bp - 1225 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 35480028-35480555(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CGATTGTCACGTGT
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