转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004579; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010264-RA_Salv SmilChr01G004579 MYB XP_057787263.1 MP00132 CTTTTCCAACCACCTTTTC

可能结合的靶基因

9926 个结合位点 7583 个候选靶基因 第 94 / 152 下载 TSV

上一页 94 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000198 Chr03 NC_080389.1:2259625-2259643promoter 内 3602-3620 bp - 381 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 2260024-2265235(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGTGTGTGGTTGGTGCGT
SmilChr02G000851 Chr02 NC_080388.1:14448676-14448694promoter 内 3584-3602 bp + 399 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 14436538-14448277(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGTGTGTGGTTGGTGCGT
SmilChr04G000984 Chr04 NC_080390.1:13312463-13312481promoter 内 3571-3589 bp - 412 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 13312893-13392871(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCTGGAGTGGTTGGTCGAA
SmilChr01G005838 Chr01 NC_080387.1:74395734-74395752promoter 内 3556-3574 bp + 427 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 74390692-74395307(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGTGTGTGGTTGGTGCGT
SmilChr03G003559 Chr03 NC_080389.1:54241642-54241660promoter 内 3524-3542 bp - 459 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 54242119-54246327(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGTGTGTGGTTGGTGCGT
SmilChr02G001848 Chr02 NC_080388.1:33706470-33706488promoter 内 3477-3495 bp - 506 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 33706994-33708251(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGCGGTGTGGTTGAAAGGA
SmilChr01G000640 Chr01 NC_080387.1:14384467-14384485promoter 内 3460-3478 bp - 523 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 14381604-14383944(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTTTGGCAACCACTTCTTA
SmilChr01G001573 Chr01 NC_080387.1:29774066-29774084promoter 内 3458-3476 bp - 525 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 29774609-29781263(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGTGTGTGGTTGGTGCGT
SmilChr03G002573 Chr03 NC_080389.1:40936820-40936838promoter 内 3453-3471 bp + 530 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 40933273-40936290(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGTGTGTGGTTGGTGCGT
SmilChr03G001517 Chr03 NC_080389.1:18595624-18595642promoter 内 3431-3449 bp + 552 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 18596194-18596810(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCATCTCCACCACCTCTTC
SmilChr02G001876 Chr02 NC_080388.1:34065166-34065184promoter 内 3430-3448 bp + 553 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 34059139-34064613(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGTGTGTGGTTGGTGCGT
SmilChr02G005563 Chr02 NC_080388.1:75555435-75555453promoter 内 3294-3312 bp + 689 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 75556142-75559613(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTGGTCCAACCACAAATGT
SmilChr04G001830 Chr04 NC_080390.1:29832715-29832733promoter 内 3199-3217 bp + 784 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 29826375-29831931(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGTGTGTGGTTGGTGCGT
SmilChr01G006060 Chr01 NC_080387.1:76049134-76049152promoter 内 3194-3212 bp - 789 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 76046944-76048345(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACGTTCCAACAACCGCAAC
SmilChr01G002450 Chr01 NC_080387.1:42094431-42094449promoter 内 3112-3130 bp - 871 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 42095320-42108801(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CATTAAGTGGTTGTGGATA
SmilChr01G002960 Chr01 NC_080387.1:48489273-48489291promoter 内 3062-3080 bp - 921 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 48490212-48491331(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGTGTGTGGTTGGTGCGT
SmilChr01G005009 Chr01 NC_080387.1:68117318-68117336promoter 内 3040-3058 bp + 943 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 68118279-68120350(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCTCGACAACCACTTCATT
SmilChr02G001997 Chr02 NC_080388.1:36121432-36121450promoter 内 3033-3051 bp + 950 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 36105911-36120482(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTTGAGGTGGTTGCTGTGT
SmilChr04G000565 Chr04 NC_080390.1:6302744-6302762promoter 内 2989-3007 bp - 994 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 6300158-6301750(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTTCATCAACCACTGCTCA
SmilChr01G001521 Chr01 NC_080387.1:29131652-29131670promoter 内 2955-2973 bp - 1028 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 29132698-29133306(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGATGGTGGTTAGAGACA
SmilChr01G000120 Chr01 NC_080387.1:2044595-2044613promoter 内 2915-2933 bp - 1068 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 2043018-2043527(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAGCGCCAACCAATCCCTT
SmilChr01G003730 Chr01 NC_080387.1:55604301-55604319promoter 内 2898-2916 bp + 1085 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 55602590-55603216(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AATGCTGTGGTTGAGGATT
SmilChr04G000040 Chr04 NC_080390.1:387306-387324promoter 内 2850-2868 bp + 1133 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 388457-389775(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATGTATCAACCACTTATTC
SmilChr01G000983 Chr01 NC_080387.1:20840769-20840787promoter 内 2815-2833 bp + 1168 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 20841955-20843842(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTATGACAACCACTTTCTT
SmilChr01G000366 Chr01 NC_080387.1:7571642-7571660promoter 内 2735-2753 bp + 1248 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 7572908-7575735(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATGCTGCAACCACTACCAA
SmilChr05G002794 Chr05 NC_080391.1:32685742-32685760promoter 内 2652-2670 bp - 1331 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 32683092-32684411(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCCCCACCACCACCTCCAC
SmilChr01G005831 Chr01 NC_080387.1:74319112-74319130promoter 内 2621-2639 bp - 1362 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 74320492-74322068(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGTGTGTGGTTGGTGCGT
SmilChr02G005227 Chr02 NC_080388.1:73472705-73472723promoter 内 2618-2636 bp + 1365 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 73468206-73471340(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGAGTTGTGGTTGGGTGCA
SmilChr04G004079 Chr04 NC_080390.1:55856058-55856076promoter 内 2591-2609 bp + 1392 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 55848981-55854666(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GATGAAGTGGTTGTACCGA
SmilChr03G002661 Chr03 NC_080389.1:42270902-42270920promoter 内 2578-2596 bp + 1405 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 42265706-42269497(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGAGAGTGGTTGACCTTG
SmilChr04G002294 Chr04 NC_080390.1:37217502-37217520promoter 内 2573-2591 bp + 1410 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 37215355-37216092(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGGAAATGGTTGGCGCGT
SmilChr01G004031 Chr01 NC_080387.1:58714903-58714921promoter 内 2501-2519 bp - 1482 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 58716403-58719699(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAAGAATTGGTTGGGCATT
SmilChr04G003360 Chr04 NC_080390.1:50195119-50195137promoter 内 2468-2486 bp + 1515 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 50196652-50204421(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATTTTTCAACCACTTAGAG
SmilChr01G005839 Chr01 NC_080387.1:74395734-74395752promoter 内 2364-2382 bp + 1619 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 74392759-74394115(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGTGTGTGGTTGGTGCGT
SmilChr03G000982 Chr03 NC_080389.1:11110091-11110109promoter 内 2356-2374 bp + 1627 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 11111736-11114161(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCGGCCCAACCAACTTGAG
SmilChr02G001969 Chr02 NC_080388.1:35630202-35630220promoter 内 2304-2322 bp + 1679 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 35626482-35628523(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CACGTGGTGGTTGAGTTTC
SmilChr01G004095 Chr01 NC_080387.1:59415869-59415887promoter 内 2277-2295 bp - 1706 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 59411201-59414163(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAGACGCAACCACCGCGGT
SmilChr03G003384 Chr03 NC_080389.1:52201627-52201645promoter 内 2211-2229 bp - 1772 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 52203417-52204811(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGAGAGTTGGTTGGTCAGC
SmilChr04G003767 Chr04 NC_080390.1:53896771-53896789promoter 内 2196-2214 bp + 1787 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 53898576-53900830(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TATGCTCAACCACTGATGC
SmilChr01G003945 Chr01 NC_080387.1:57796430-57796448promoter 内 2158-2176 bp + 1825 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 57792685-57794605(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAGAAAGTGGTTGCCGTTA
SmilChr05G003111 Chr05 NC_080391.1:39642091-39642109promoter 内 2121-2139 bp - 1862 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 39637920-39640229(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACTTTCCAACTGCCTTGTC
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SmilChr04G002595 Chr04 NC_080390.1:41381908-41381926promoter 内 2033-2051 bp - 1950 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 41378180-41379958(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAATTTCAACCACTCTGAT
SmilChr01G002470 Chr01 NC_080387.1:42422390-42422408promoter 内 2022-2040 bp + 1961 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 42424369-42424475(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCTTCTCAACCACAAAGGT
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SmilChr01G002394 Chr01 NC_080387.1:41244331-41244349promoter 内 2001-2019 bp - 1982 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 41246331-41247259(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGAGCAGTGGTTGATGAAG
SmilChr01G002611 Chr01 NC_080387.1:44356897-44356915promoter 内 1921-1939 bp + 2062 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 44341189-44354835(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTGTAGGTTGTTGGAAATT
SmilChr05G001236 Chr05 NC_080391.1:10479951-10479969promoter 内 1891-1909 bp + 2092 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 10474775-10477859(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAAAAGGTAGGTGTGATGG
SmilChr01G002770 Chr01 NC_080387.1:46147685-46147703promoter 内 1849-1867 bp - 2134 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 46144436-46145551(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAAGCTCAACCACTTATAT
SmilChr05G000712 Chr05 NC_080391.1:5382454-5382472promoter 内 1835-1853 bp - 2148 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 5384620-5387561(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATGTGTGTGGTTGGTGGCG