转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G001516; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00019310-RA_Salv SmilChr01G001516 bZIP XP_057803325.1 MP00648 ACACGTGG

可能结合的靶基因

9939 个结合位点 6170 个候选靶基因 第 96 / 124 下载 TSV

上一页 96 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001205 Chr03 NC_080389.1:13884651-13884658promoter 内 2977-2984 bp - 1017 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 13885675-13888972(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 GCACGTGT
SmilChr05G000124 Chr05 NC_080391.1:1000379-1000386promoter 内 2975-2982 bp + 1019 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 994000-999360(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 CCACGTGC
SmilChr06G000695 Chr06 NC_080392.1:6168206-6168213promoter 内 2975-2982 bp - 1019 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 6169232-6171275(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 GCACGTGT
SmilChr02G005133 Chr02 NC_080388.1:72777905-72777912promoter 内 2973-2980 bp + 1021 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 72778933-72781542(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 GCACGTGG
SmilChr01G006166 Chr01 NC_080387.1:77090239-77090246promoter 内 2972-2979 bp + 1022 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 77087665-77089217(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 GCACGTGT
SmilChr06G003167 Chr06 NC_080392.1:44621179-44621186promoter 内 2972-2979 bp - 1022 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 44618699-44620157(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 GCACGTGG
SmilChr05G003759 Chr05 NC_080391.1:50818988-50818995promoter 内 2968-2975 bp - 1026 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 50792344-50817962(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGC
SmilChr07G001139 Chr07 NC_080393.1:8549574-8549581promoter 内 2968-2975 bp + 1026 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 8550607-8552180(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGC
SmilChr07G001100 Chr07 NC_080393.1:8120437-8120444promoter 内 2965-2972 bp - 1029 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 8116164-8119408(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 GCACGTGG
SmilChr06G001097 Chr06 NC_080392.1:10976243-10976250promoter 内 2963-2970 bp - 1031 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 10977281-10980415(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 CCACGTGC
SmilChr03G003410 Chr03 NC_080389.1:52439861-52439868promoter 内 2953-2960 bp - 1041 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 52436007-52438820(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGC
SmilChr05G004089 Chr05 NC_080391.1:54743834-54743841promoter 内 2952-2959 bp + 1042 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 54739566-54742792(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 CCACGTGC
SmilChr03G001029 Chr03 NC_080389.1:12010779-12010786promoter 内 2951-2958 bp + 1043 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 12008590-12009736(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 GCACGTGT
SmilChr04G004056 Chr04 NC_080390.1:55717555-55717562promoter 内 2949-2956 bp - 1045 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 55714560-55716510(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGC
SmilChr05G001885 Chr05 NC_080391.1:19133031-19133038promoter 内 2945-2952 bp - 1049 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 19134087-19136375(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 CCACGTGC
SmilChr02G003251 Chr02 NC_080388.1:53810175-53810182promoter 内 2941-2948 bp + 1053 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 53804462-53809122(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 GCACGTGT
SmilChr02G001584 Chr02 NC_080388.1:29588685-29588692promoter 内 2936-2943 bp - 1058 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 29587041-29587627(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGC
SmilChr06G001055 Chr06 NC_080392.1:10411192-10411199promoter 内 2929-2936 bp + 1065 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 10407085-10410127(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 GCACGTGT
SmilChr01G003512 Chr01 NC_080387.1:53738196-53738203promoter 内 2928-2935 bp + 1066 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 53734992-53737130(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 CCACGTGC
SmilChr05G000269 Chr05 NC_080391.1:2082083-2082090promoter 内 2924-2931 bp + 1070 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 2057143-2081013(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 GCACGTGT
SmilChr01G002535 Chr01 NC_080387.1:43373300-43373307promoter 内 2919-2926 bp + 1075 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 43374382-43379875(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 GCACGTGG
SmilChr01G005448 Chr01 NC_080387.1:71550965-71550972promoter 内 2915-2922 bp - 1079 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 71552051-71552827(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 CCACGTGC
SmilChr04G000671 Chr04 NC_080390.1:7606926-7606933promoter 内 2913-2920 bp + 1081 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 7603724-7605845(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 CCACGTGC
SmilChr04G003587 Chr04 NC_080390.1:52303978-52303985promoter 内 2910-2917 bp - 1084 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 52298267-52302894(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGC
SmilChr03G002411 Chr03 NC_080389.1:38317664-38317671promoter 内 2907-2914 bp - 1087 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 38313209-38316577(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGC
SmilChr03G000318 Chr03 NC_080389.1:3637602-3637609promoter 内 2905-2912 bp + 1089 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 3638698-3641891(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 GCACGTGG
SmilChr02G002839 Chr02 NC_080388.1:48513035-48513042promoter 内 2904-2911 bp - 1090 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 48514132-48515581(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 GCACGTGT
SmilChr03G000851 Chr03 NC_080389.1:9707340-9707347promoter 内 2903-2910 bp + 1091 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 9708438-9711293(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 GCACGTGG
SmilChr03G002360 Chr03 NC_080389.1:37200563-37200570promoter 内 2900-2907 bp - 1094 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 37201664-37203817(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 GCACGTGT
SmilChr05G001358 Chr05 NC_080391.1:12087416-12087423promoter 内 2900-2907 bp + 1094 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 12088517-12089277(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGC
SmilChr05G002893 Chr05 NC_080391.1:34712482-34712489promoter 内 2896-2903 bp - 1098 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 34707061-34711384(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 GCACGTGG
SmilChr03G002973 Chr03 NC_080389.1:46527477-46527484promoter 内 2894-2901 bp - 1100 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 46524990-46526377(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 GCACGTGG
SmilChr04G002179 Chr04 NC_080390.1:35196641-35196648promoter 内 2889-2896 bp - 1105 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 35197753-35199992(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 CCACGTGC
SmilChr06G000366 Chr06 NC_080392.1:2800963-2800970promoter 内 2888-2895 bp + 1106 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 2797088-2799857(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 CCACGTGC
SmilChr06G000684 Chr06 NC_080392.1:6056685-6056692promoter 内 2887-2894 bp - 1107 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 6057799-6058457(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 GCACGTGT
SmilChr01G000350 Chr01 NC_080387.1:7298916-7298923promoter 内 2886-2893 bp + 1108 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 7300031-7302750(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 GCACGTGG
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