靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr01G001516; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00019310-RA_Salv |
SmilChr01G001516 |
bZIP | XP_057803325.1 |
MP00648 |
ACACGTGG |
9939 个结合位点 6170 个候选靶基因 第 96 / 124 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr03G001205 |
Chr03 | NC_080389.1:13884651-13884658promoter 内 2977-2984 bp |
- | 1017 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 13885675-13888972(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGT |
SmilChr05G000124 |
Chr05 | NC_080391.1:1000379-1000386promoter 内 2975-2982 bp |
+ | 1019 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 994000-999360(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
CCACGTGC |
SmilChr06G000695 |
Chr06 | NC_080392.1:6168206-6168213promoter 内 2975-2982 bp |
- | 1019 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 6169232-6171275(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGT |
SmilChr02G005133 |
Chr02 | NC_080388.1:72777905-72777912promoter 内 2973-2980 bp |
+ | 1021 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 72778933-72781542(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGG |
SmilChr01G006166 |
Chr01 | NC_080387.1:77090239-77090246promoter 内 2972-2979 bp |
+ | 1022 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 77087665-77089217(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGT |
SmilChr06G003167 |
Chr06 | NC_080392.1:44621179-44621186promoter 内 2972-2979 bp |
- | 1022 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 44618699-44620157(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGG |
SmilChr05G003759 |
Chr05 | NC_080391.1:50818988-50818995promoter 内 2968-2975 bp |
- | 1026 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 50792344-50817962(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGC |
SmilChr07G001139 |
Chr07 | NC_080393.1:8549574-8549581promoter 内 2968-2975 bp |
+ | 1026 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 8550607-8552180(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGC |
SmilChr07G001100 |
Chr07 | NC_080393.1:8120437-8120444promoter 内 2965-2972 bp |
- | 1029 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 8116164-8119408(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGG |
SmilChr06G001097 |
Chr06 | NC_080392.1:10976243-10976250promoter 内 2963-2970 bp |
- | 1031 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 10977281-10980415(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
CCACGTGC |
SmilChr03G003410 |
Chr03 | NC_080389.1:52439861-52439868promoter 内 2953-2960 bp |
- | 1041 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 52436007-52438820(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGC |
SmilChr05G004089 |
Chr05 | NC_080391.1:54743834-54743841promoter 内 2952-2959 bp |
+ | 1042 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 54739566-54742792(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
CCACGTGC |
SmilChr03G001029 |
Chr03 | NC_080389.1:12010779-12010786promoter 内 2951-2958 bp |
+ | 1043 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 12008590-12009736(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGT |
SmilChr04G004056 |
Chr04 | NC_080390.1:55717555-55717562promoter 内 2949-2956 bp |
- | 1045 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 55714560-55716510(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGC |
SmilChr05G001885 |
Chr05 | NC_080391.1:19133031-19133038promoter 内 2945-2952 bp |
- | 1049 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 19134087-19136375(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
CCACGTGC |
SmilChr02G003251 |
Chr02 | NC_080388.1:53810175-53810182promoter 内 2941-2948 bp |
+ | 1053 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 53804462-53809122(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGT |
SmilChr02G001584 |
Chr02 | NC_080388.1:29588685-29588692promoter 内 2936-2943 bp |
- | 1058 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 29587041-29587627(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGC |
SmilChr06G001055 |
Chr06 | NC_080392.1:10411192-10411199promoter 内 2929-2936 bp |
+ | 1065 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 10407085-10410127(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGT |
SmilChr01G003512 |
Chr01 | NC_080387.1:53738196-53738203promoter 内 2928-2935 bp |
+ | 1066 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 53734992-53737130(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
CCACGTGC |
SmilChr05G000269 |
Chr05 | NC_080391.1:2082083-2082090promoter 内 2924-2931 bp |
+ | 1070 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 2057143-2081013(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGT |
SmilChr01G002535 |
Chr01 | NC_080387.1:43373300-43373307promoter 内 2919-2926 bp |
+ | 1075 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 43374382-43379875(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGG |
SmilChr01G005448 |
Chr01 | NC_080387.1:71550965-71550972promoter 内 2915-2922 bp |
- | 1079 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 71552051-71552827(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
CCACGTGC |
SmilChr04G000671 |
Chr04 | NC_080390.1:7606926-7606933promoter 内 2913-2920 bp |
+ | 1081 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 7603724-7605845(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
CCACGTGC |
SmilChr04G003587 |
Chr04 | NC_080390.1:52303978-52303985promoter 内 2910-2917 bp |
- | 1084 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 52298267-52302894(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGC |
SmilChr03G002411 |
Chr03 | NC_080389.1:38317664-38317671promoter 内 2907-2914 bp |
- | 1087 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 38313209-38316577(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGC |
SmilChr03G000318 |
Chr03 | NC_080389.1:3637602-3637609promoter 内 2905-2912 bp |
+ | 1089 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 3638698-3641891(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGG |
SmilChr02G002839 |
Chr02 | NC_080388.1:48513035-48513042promoter 内 2904-2911 bp |
- | 1090 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 48514132-48515581(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGT |
SmilChr03G000851 |
Chr03 | NC_080389.1:9707340-9707347promoter 内 2903-2910 bp |
+ | 1091 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 9708438-9711293(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGG |
SmilChr03G002360 |
Chr03 | NC_080389.1:37200563-37200570promoter 内 2900-2907 bp |
- | 1094 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 37201664-37203817(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGT |
SmilChr05G001358 |
Chr05 | NC_080391.1:12087416-12087423promoter 内 2900-2907 bp |
+ | 1094 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 12088517-12089277(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGC |
SmilChr05G002893 |
Chr05 | NC_080391.1:34712482-34712489promoter 内 2896-2903 bp |
- | 1098 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 34707061-34711384(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGG |
SmilChr03G002973 |
Chr03 | NC_080389.1:46527477-46527484promoter 内 2894-2901 bp |
- | 1100 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 46524990-46526377(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGG |
SmilChr04G002179 |
Chr04 | NC_080390.1:35196641-35196648promoter 内 2889-2896 bp |
- | 1105 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 35197753-35199992(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
CCACGTGC |
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+ | 1106 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 2797088-2799857(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
CCACGTGC |
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- | 1107 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 6057799-6058457(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGT |
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Chr01 | NC_080387.1:7298916-7298923promoter 内 2886-2893 bp |
+ | 1108 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 7300031-7302750(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGG |
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Chr03 | NC_080389.1:56397702-56397709promoter 内 2886-2893 bp |
- | 1108 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 56389572-56396594(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGG |
SmilChr03G001799 |
Chr03 | NC_080389.1:24610817-24610824promoter 内 2883-2890 bp |
- | 1111 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 24605563-24609706(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGC |
SmilChr03G003386 |
Chr03 | NC_080389.1:52224916-52224923promoter 内 2883-2890 bp |
+ | 1111 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 52222220-52223805(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGT |
SmilChr01G003387 |
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- | 1113 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 52546295-52547011(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGT |
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+ | 1114 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 63052343-63053747(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
CCACGTGC |
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+ | 1123 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 45449609-45453974(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGG |
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- | 1125 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 64045244-64047295(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
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+ | 1126 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 43308375-43311210(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGT |
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+ | 1132 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 14639276-14640727(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGC |
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+ | 1134 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 1418005-1419270(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
CCACGTGC |
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- | 1135 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 8114418-8116040(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGG |
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+ | 1145 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 6078851-6080001(-) |
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MP00648 |
GCACGTGT |