转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001059; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00014491-RA_Salv SmilChr06G001059 Dof XP_057768449.1 MP00402 TTTTTTTTTTTTTTACTTTTT

可能结合的靶基因

9875 个结合位点 6278 个候选靶基因 第 98 / 126 下载 TSV

上一页 98 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002824 Chr01 NC_080387.1:46798275-46798295promoter 内 1648-1668 bp + 2333 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 46793642-46795942(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TAAAAGTAAAATAAAAAACTC
SmilChr03G000748 Chr03 NC_080389.1:8551345-8551365promoter 内 1613-1633 bp + 2368 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 8546752-8548977(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTTAATAGAGATACCT
SmilChr02G002074 Chr02 NC_080388.1:37327080-37327100promoter 内 1583-1603 bp - 2398 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 37329498-37330279(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 CAAAAGTAATGAAGATGAGAA
SmilChr01G000002 Chr01 NC_080387.1:61718-61738promoter 内 1566-1586 bp - 2415 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 64153-66586(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTGAAATTAATGACGG
SmilChr01G005489 Chr01 NC_080387.1:71832350-71832370promoter 内 1542-1562 bp + 2439 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 71825897-71829911(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AGAAAGTAATAAAAAAAAGTC
SmilChr02G002877 Chr02 NC_080388.1:49036206-49036226promoter 内 1519-1539 bp + 2462 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 49038688-49045424(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 CGCTTTTAGTTCTTACTTTCT
SmilChr01G001985 Chr01 NC_080387.1:35279314-35279334promoter 内 1518-1538 bp - 2463 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 35281797-35284169(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTACATAAAAATGAAA
SmilChr01G005010 Chr01 NC_080387.1:68120210-68120230promoter 内 1516-1536 bp + 2465 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 68122695-68125175(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TTCTTCATTTCTTTACTTTCT
SmilChr01G000536 Chr01 NC_080387.1:10995800-10995820promoter 内 1493-1513 bp + 2488 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 10993207-10993312(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTTGATGAGGTATCGA
SmilChr02G004882 Chr02 NC_080388.1:70910596-70910616promoter 内 1473-1493 bp + 2508 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 70904446-70908088(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 CTAAAGTAAAAATTAAATAAA
SmilChr02G003975 Chr02 NC_080388.1:62022992-62023012promoter 内 1418-1438 bp - 2563 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 62018383-62020429(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TTTATCTTTTCATTACTTTTG
SmilChr03G000149 Chr03 NC_080389.1:1628195-1628215promoter 内 1400-1420 bp - 2581 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 1630796-1633138(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTTACAAAAAATTATA
SmilChr02G000059 Chr02 NC_080388.1:758925-758945promoter 内 1328-1348 bp - 2653 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 755774-756272(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TGTTTTCGCAATTTACTTTAT
SmilChr03G000385 Chr03 NC_080389.1:4280188-4280208promoter 内 1289-1309 bp - 2692 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 4282900-4291525(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 GAAAAGTAGCAAGCTGGAGTG
SmilChr02G005423 Chr02 NC_080388.1:74702278-74702298promoter 内 1278-1298 bp - 2703 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 74698809-74699575(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 GATTATTTTATCTTACTTTTT
SmilChr03G000164 Chr03 NC_080389.1:1804753-1804773promoter 内 1265-1285 bp - 2716 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 1801130-1802037(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AGGTATCTCTATTAACTTTTT
SmilChr01G003063 Chr01 NC_080387.1:49497699-49497719promoter 内 1237-1257 bp - 2744 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 49500463-49501685(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTGATAATGAAAAATT
SmilChr02G004177 Chr02 NC_080388.1:64064667-64064687promoter 内 1230-1250 bp - 2751 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 64059365-64061916(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TATTCATTCTTTATACTTTTT
SmilChr01G003471 Chr01 NC_080387.1:53249413-53249433promoter 内 1218-1238 bp - 2763 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 53252196-53253778(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTTACAAAAAATTATA
SmilChr01G004012 Chr01 NC_080387.1:58544945-58544965promoter 内 1177-1197 bp - 2804 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 58537138-58542141(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 ATTAATTTTTTATTACTTTTT
SmilChr01G001570 Chr01 NC_080387.1:29719001-29719021promoter 内 1096-1116 bp - 2885 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 29715007-29716116(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 GTATTTACTCTTTTACTTTAC
SmilChr02G004661 Chr02 NC_080388.1:69009757-69009777promoter 内 1090-1110 bp - 2891 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 69012668-69014684(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTGAAAATGTGAATAA
SmilChr02G003488 Chr02 NC_080388.1:56145974-56145994promoter 内 1085-1105 bp + 2896 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 56140501-56143078(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTAAATAGTAAAATTC
SmilChr01G000688 Chr01 NC_080387.1:15390139-15390159promoter 内 1006-1026 bp - 2975 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 15393134-15396782(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTAACTAAAATATAAA
SmilChr02G003652 Chr02 NC_080388.1:57915784-57915804promoter 内 982-1002 bp - 2999 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 57908011-57912785(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TGCATGTCCCCGTCACTTTTT
SmilChr02G000599 Chr02 NC_080388.1:8639370-8639390promoter 内 918-938 bp - 3063 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 8642453-8644900(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTGAAAATGTGAATAA
SmilChr02G002831 Chr02 NC_080388.1:48443216-48443236promoter 内 896-916 bp - 3085 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 48438113-48440131(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AATTTTTTATTATCACTTTTT
SmilChr02G003003 Chr02 NC_080388.1:50678959-50678979promoter 内 866-886 bp - 3115 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 50682094-50682520(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGACCAAAAAAAAAAAA
SmilChr02G001300 Chr02 NC_080388.1:24134127-24134147promoter 内 848-868 bp - 3133 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 24130922-24130994(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TACTTTACACCTTAACTTTTT
SmilChr01G004521 Chr01 NC_080387.1:63324221-63324241promoter 内 769-789 bp + 3212 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 63319523-63321009(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 GAAAAGTAAGAACAAATTACA
SmilChr01G003064 Chr01 NC_080387.1:49497699-49497719promoter 内 726-746 bp - 3255 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 49500974-49501057(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTGATAATGAAAAATT
SmilChr01G002479 Chr01 NC_080387.1:42533147-42533167promoter 内 691-711 bp - 3290 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 42529408-42529857(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TCCGAATCTATTTTACTTTTT
SmilChr02G005464 Chr02 NC_080388.1:74937688-74937708promoter 内 669-689 bp + 3312 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 74941020-74944148(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 CACATCAATTTTCAACTTTTT
SmilChr01G001567 Chr01 NC_080387.1:29686447-29686467promoter 内 641-661 bp - 3340 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 29680952-29683107(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TTATTCACATTTTCACTTTTT
SmilChr02G001803 Chr02 NC_080388.1:32876290-32876310promoter 内 598-618 bp + 3383 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 32879693-32882684(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 CTTCATTCAGCTTTACTTTTG
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SmilChr01G002918 Chr01 NC_080387.1:47908192-47908212promoter 内 513-533 bp - 3468 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 47901901-47904724(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 GCTCAATTTTATCAACTTTTT
SmilChr01G004427 Chr01 NC_080387.1:62380540-62380560promoter 内 501-521 bp + 3480 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 62372553-62377060(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTGAGATAAAATGATC
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SmilChr01G005383 Chr01 NC_080387.1:71080698-71080718promoter 内 135-155 bp + 3846 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 71070234-71076852(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTGAGATAAAATGATC