转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005238; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002845-RA_Salv SmilChr02G005238 SBP XP_057792594.1 MP00634 TTGTACGGAC

可能结合的靶基因

7771 个结合位点 6619 个候选靶基因 第 99 / 133 下载 TSV

上一页 99 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G000948 Chr06 NC_080392.1:9125566-9125575promoter 内 678-687 bp - 3314 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 9128889-9130932(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CTCCGTACTA
SmilChr03G004609 Chr03 NC_080389.1:63823341-63823350promoter 内 659-668 bp - 3333 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 63826683-63836556(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTCCGTACAA
SmilChr04G004183 Chr04 NC_080390.1:56392828-56392837promoter 内 657-666 bp - 3335 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 56396172-56399234(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTCCGTACAA
SmilChr01G005938 Chr01 NC_080387.1:75114832-75114841promoter 内 644-653 bp - 3348 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 75118189-75119802(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTCCGTACAA
SmilChr02G004967 Chr02 NC_080388.1:71572570-71572579promoter 内 611-620 bp + 3381 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 71575960-71577118(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CAGTACGGAT
SmilChr08G001110 Chr08 NC_080394.1:8621215-8621224promoter 内 481-490 bp - 3511 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 8614043-8617704(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TAGTACGGAG
SmilChr02G003070 Chr02 NC_080388.1:51555895-51555904promoter 内 473-482 bp + 3519 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 51559423-51561003(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 ATGTACGGTG
SmilChr06G000998 Chr06 NC_080392.1:9878212-9878221promoter 内 463-472 bp - 3529 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 9881750-9886822(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CTCCGTACTA
SmilChr04G003626 Chr04 NC_080390.1:52740962-52740971promoter 内 454-463 bp - 3538 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 52744509-52747697(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTCCGTACAA
SmilChr01G001574 Chr01 NC_080387.1:29783481-29783490promoter 内 453-462 bp + 3539 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 29787029-29788408(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTGTACGGAA
SmilChr06G000744 Chr06 NC_080392.1:6920165-6920174promoter 内 434-443 bp + 3558 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 6910599-6916607(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CACCGTACAT
SmilChr07G004702 Chr07 NC_080393.1:59910793-59910802promoter 内 434-443 bp + 3558 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 59914360-59918585(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 ATGTACGGTG
SmilChr01G002808 Chr01 NC_080387.1:46626506-46626515promoter 内 426-435 bp - 3566 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 46620761-46622940(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CAGTACGGAT
SmilChr01G002929 Chr01 NC_080387.1:48067720-48067729promoter 内 414-423 bp - 3578 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 48061372-48064142(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTGTACGGAA
SmilChr03G002918 Chr03 NC_080389.1:45938004-45938013promoter 内 412-421 bp + 3580 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 45931901-45934424(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CACCGTACAT
SmilChr06G003016 Chr06 NC_080392.1:43009307-43009316promoter 内 402-411 bp + 3590 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 43012906-43017018(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTGTACGGAA
SmilChr07G001475 Chr07 NC_080393.1:11600332-11600341promoter 内 398-407 bp - 3594 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 11595349-11596738(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CAGTACGGAT
SmilChr02G000647 Chr02 NC_080388.1:9774626-9774635promoter 内 384-393 bp + 3608 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 9778243-9780096(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTGTACGGAA
SmilChr05G002003 Chr05 NC_080391.1:20742427-20742436promoter 内 382-391 bp + 3610 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 20735874-20738817(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTCCGTACAA
SmilChr08G003575 Chr08 NC_080394.1:38478158-38478167promoter 内 369-378 bp - 3623 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 38481790-38482746(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CACCGTACAT
SmilChr06G003184 Chr06 NC_080392.1:44744467-44744476promoter 内 359-368 bp - 3633 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 44748109-44750281(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 ATCCGTACTG
SmilChr08G001819 Chr08 NC_080394.1:15351973-15351982promoter 内 359-368 bp + 3633 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 15355615-15358122(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTGTACGGAA
SmilChr02G005410 Chr02 NC_080388.1:74594239-74594248promoter 内 316-325 bp - 3676 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 74597924-74598825(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CACCGTACAT
SmilChr02G002665 Chr02 NC_080388.1:46144777-46144786promoter 内 315-324 bp + 3677 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 46148463-46150262(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 ATGTACGGTG
SmilChr04G002004 Chr04 NC_080390.1:32441203-32441212promoter 内 293-302 bp - 3699 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 32435983-32437504(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 ATGTACGGTG
SmilChr02G003566 Chr02 NC_080388.1:56827695-56827704promoter 内 284-293 bp - 3708 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 56831412-56833232(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTCCGTACAA
SmilChr05G001506 Chr05 NC_080391.1:13803511-13803520promoter 内 193-202 bp - 3799 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 13807319-13814489(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 ATCCGTACTG
SmilChr01G006197 Chr01 NC_080387.1:77651921-77651930promoter 内 176-185 bp - 3816 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 77645546-77648105(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTGTACGGAA
SmilChr05G000456 Chr05 NC_080391.1:3442216-3442225promoter 内 172-181 bp - 3820 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 3446045-3448320(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CACCGTACAT
SmilChr05G002260 Chr05 NC_080391.1:24324278-24324287promoter 内 150-159 bp + 3842 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 24328129-24330234(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTGTACGGAA
SmilChr08G004157 Chr08 NC_080394.1:50796305-50796314promoter 内 135-144 bp + 3857 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 50800171-50806894(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TAGTACGGAG
SmilChr04G002860 Chr04 NC_080390.1:44692055-44692064promoter 内 70-79 bp + 3922 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 44686587-44688133(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CTCCGTACTA
SmilChr08G002760 Chr08 NC_080394.1:27231103-27231112promoter 内 10-19 bp + 3982 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 27235094-27240754(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTGTACGGAA
SmilChr07G004433 Chr07 NC_080393.1:57024832-57024841promoter 内 3558-3567 bp - 434 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 57025275-57026432(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 ATCCGTACAA
SmilChr05G001884 Chr05 NC_080391.1:19120154-19120163promoter 内 1987-1996 bp - 2005 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 19114101-19118149(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTGTACGGAT
SmilChr03G001985 Chr03 NC_080389.1:29032984-29032993promoter 内 3543-3552 bp + 449 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 29033442-29034056(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTGTACGGAT
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SmilChr06G002870 Chr06 NC_080392.1:41540937-41540946promoter 内 3706-3715 bp + 286 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 41537458-41540651(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 ATCCGTACAA
SmilChr03G002050 Chr03 NC_080389.1:31047528-31047537promoter 内 3653-3662 bp + 339 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 31041157-31047189(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 ATCCGTACAA
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