转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 99 / 142 下载 TSV

上一页 99 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G001303 Chr07 NC_080393.1:10007426-10007440promoter 内 3470-3484 bp + 517 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 10007957-10012295(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCTAAAT
SmilChr01G003009 Chr01 NC_080387.1:49128715-49128729promoter 内 3468-3482 bp + 519 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 49127526-49128196(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTTAGGTAGGTGTA
SmilChr01G004351 Chr01 NC_080387.1:61711598-61711612promoter 内 3462-3476 bp - 525 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 61712137-61716762(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTTAGGTAGGTGTA
SmilChr03G004187 Chr03 NC_080389.1:60559065-60559079promoter 内 3421-3435 bp - 566 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 60555913-60558499(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTACCTACCTTCTC
SmilChr03G002761 Chr03 NC_080389.1:43904618-43904632promoter 内 3419-3433 bp - 568 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 43902231-43904050(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCTAAAT
SmilChr04G003546 Chr04 NC_080390.1:51818486-51818500promoter 内 3377-3391 bp + 610 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 51811688-51817876(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTTAGGTAGGTGTA
SmilChr06G000791 Chr06 NC_080392.1:7455535-7455549promoter 内 3367-3381 bp + 620 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 7456169-7456936(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGTACCTACCTACTT
SmilChr07G000198 Chr07 NC_080393.1:1279358-1279372promoter 内 3360-3374 bp - 627 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 1249307-1278731(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACTCCAGA
SmilChr05G002524 Chr05 NC_080391.1:28084867-28084881promoter 内 3333-3347 bp - 654 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 28085535-28090191(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTTAGGTAGGTGTA
SmilChr02G003897 Chr02 NC_080388.1:61055502-61055516promoter 内 3311-3325 bp - 676 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 61056192-61058680(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTTAGGTAGGTGTA
SmilChr02G004694 Chr02 NC_080388.1:69287114-69287128promoter 内 3306-3320 bp - 681 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 69287809-69295931(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTTAGGTAGGTGTA
SmilChr03G003474 Chr03 NC_080389.1:53268614-53268628promoter 内 3285-3299 bp + 702 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 53269330-53273731(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCTAAAT
SmilChr04G000136 Chr04 NC_080390.1:1165292-1165306promoter 内 3281-3295 bp + 706 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 1166012-1167714(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCTAAAT
SmilChr05G002162 Chr05 NC_080391.1:22857575-22857589promoter 内 3267-3281 bp + 720 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 22858309-22858744(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCTAAAT
SmilChr02G001878 Chr02 NC_080388.1:34087307-34087321promoter 内 3264-3278 bp - 723 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 34088044-34090623(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GATGAAGTAGGTGAA
SmilChr03G004186 Chr03 NC_080389.1:60559065-60559079promoter 内 3258-3272 bp - 729 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 60555913-60558336(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTACCTACCTTCTC
SmilChr08G000507 Chr08 NC_080394.1:3706617-3706631promoter 内 3248-3262 bp + 739 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 3707370-3709422(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCTAAAT
SmilChr05G001674 Chr05 NC_080391.1:15869787-15869801promoter 内 3232-3246 bp - 755 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 15866135-15869032(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCTAAAT
SmilChr08G002008 Chr08 NC_080394.1:17852941-17852955promoter 内 3224-3238 bp + 763 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 17850233-17852178(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTTAGGTAGGTGTA
SmilChr08G002421 Chr08 NC_080394.1:23005450-23005464promoter 内 3193-3207 bp - 794 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 23000709-23004656(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCTAAAT
SmilChr01G005245 Chr01 NC_080387.1:69966314-69966328promoter 内 3179-3193 bp - 808 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 69967136-69969848(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTTAGGTAGGTGTA
SmilChr02G005540 Chr02 NC_080388.1:75417827-75417841promoter 内 3164-3178 bp + 823 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 75418664-75420406(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CATAACTACCACAAT
SmilChr06G002558 Chr06 NC_080392.1:36758893-36758907promoter 内 3154-3168 bp - 833 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 36759740-36761658(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTTAGGTAGGTGTA
SmilChr04G003114 Chr04 NC_080390.1:47698995-47699009promoter 内 3145-3159 bp + 842 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 47699851-47702672(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCTAAAT
SmilChr07G001478 Chr07 NC_080393.1:11636941-11636955promoter 内 3125-3139 bp + 862 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 11630380-11636079(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCTCTAGTAGGTGGC
SmilChr01G003655 Chr01 NC_080387.1:55000637-55000651promoter 内 3113-3127 bp - 874 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 55001525-55004715(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTTAGGTAGGTGTA
SmilChr08G000295 Chr08 NC_080394.1:2038906-2038920promoter 内 3106-3120 bp + 881 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 2034972-2038025(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTTGTAGTAGGTGAT
SmilChr02G004546 Chr02 NC_080388.1:68014458-68014472promoter 内 3091-3105 bp - 896 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 68015368-68019629(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTTAGGTAGGTGTA
SmilChr03G004240 Chr03 NC_080389.1:60933183-60933197promoter 内 3084-3098 bp + 903 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 60928567-60932280(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CAGCAGGTAGGTAGC
SmilChr03G001177 Chr03 NC_080389.1:13524143-13524157promoter 内 3075-3089 bp - 912 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 13525069-13537051(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTTAGGTAGGTGTA
SmilChr03G002981 Chr03 NC_080389.1:46631586-46631600promoter 内 3071-3085 bp - 916 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 46632516-46636803(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTTAGGTAGGTGTA
SmilChr05G003868 Chr05 NC_080391.1:52275649-52275663promoter 内 3055-3069 bp + 932 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 52272332-52274717(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTTAGGTAGGTGTA
SmilChr08G003374 Chr08 NC_080394.1:35345711-35345725promoter 内 3023-3037 bp + 964 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 35343444-35344747(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTTAGGTAGGTGTA
SmilChr02G005539 Chr02 NC_080388.1:75417827-75417841promoter 内 3007-3021 bp + 980 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 75413636-75416847(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTGTGGTAGTTATG
SmilChr02G001758 Chr02 NC_080388.1:32324581-32324595promoter 内 3003-3017 bp - 984 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 32325579-32328119(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GATGAAGTAGGTGAA
SmilChr05G003030 Chr05 NC_080391.1:37914992-37915006promoter 内 2967-2981 bp - 1020 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 37916026-37918649(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTGAAAGTAGGTGGG
SmilChr01G001450 Chr01 NC_080387.1:28195692-28195706promoter 内 2947-2961 bp + 1040 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 28196746-28198342(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCTAAAT
SmilChr08G002749 Chr08 NC_080394.1:27148135-27148149promoter 内 2939-2953 bp + 1048 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 27149197-27151595(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCTAAAT
SmilChr08G003394 Chr08 NC_080394.1:35760424-35760438promoter 内 2929-2943 bp - 1058 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 35761496-35771745(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTTAGGTAGGTGTA
SmilChr07G001856 Chr07 NC_080393.1:16091747-16091761promoter 内 2920-2934 bp + 1067 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 16088024-16090680(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTTAGGTAGGTGTA
SmilChr08G004499 Chr08 NC_080394.1:54613909-54613923promoter 内 2917-2931 bp - 1070 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 54614993-54615295(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTTAGGTAGGTGTA
SmilChr01G004454 Chr01 NC_080387.1:62666585-62666599promoter 内 2914-2928 bp + 1073 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 62661573-62665512(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTTAGGTAGGTGTA
SmilChr07G002747 Chr07 NC_080393.1:26994748-26994762promoter 内 2893-2907 bp + 1094 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 26991908-26993654(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GATGAAGTAGGTGAA
SmilChr01G000438 Chr01 NC_080387.1:8802773-8802787promoter 内 2873-2887 bp + 1114 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 8799929-8801659(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTTAGGTAGGTGTA
SmilChr01G001812 Chr01 NC_080387.1:33043852-33043866promoter 内 2861-2875 bp - 1126 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 33044992-33053763(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGGGAGGCAGGTGGA
SmilChr08G001713 Chr08 NC_080394.1:14347264-14347278promoter 内 2831-2845 bp - 1156 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 14344862-14346108(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCTAAAT
SmilChr08G003245 Chr08 NC_080394.1:33369939-33369953promoter 内 2826-2840 bp - 1161 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 33371114-33373225(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGTGAGTTAGGTGGC
SmilChr05G004307 Chr05 NC_080391.1:56774316-56774330promoter 内 2803-2817 bp - 1184 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 56768788-56773132(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCTAAAT
SmilChr02G003205 Chr02 NC_080388.1:53183230-53183244promoter 内 2794-2808 bp - 1193 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 53184437-53187017(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCGTGGGTAGGTGAT
SmilChr08G004037 Chr08 NC_080394.1:48837745-48837759promoter 内 2778-2792 bp - 1209 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 48838968-48840747(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GATGAAGTAGGTGAA