转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000741; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002054-RA_Salv SmilChr05G000741 ARF XP_057764423.1 MP00021 TTGTCGGAAA

可能结合的靶基因

9812 个结合位点 7629 个候选靶基因 第 99 / 153 下载 TSV

上一页 99 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002116 Chr03 NC_080389.1:32915684-32915693promoter 内 3719-3728 bp - 273 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 32915966-32916445(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CCTCCGACAG
SmilChr03G001252 Chr03 NC_080389.1:14444292-14444301promoter 内 3703-3712 bp - 289 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 14444590-14449243(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATTCCGACAT
SmilChr04G000983 Chr04 NC_080390.1:13252041-13252050promoter 内 3616-3625 bp + 376 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 13250427-13251665(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CCTCCGACAG
SmilChr03G001672 Chr03 NC_080389.1:21802930-21802939promoter 内 3553-3562 bp - 439 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 21794417-21802491(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TGGTCGGAAT
SmilChr01G003737 Chr01 NC_080387.1:55698889-55698898promoter 内 3522-3531 bp + 470 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 55699368-55701398(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTGTCGGAGG
SmilChr03G001708 Chr03 NC_080389.1:22724462-22724471promoter 内 3522-3531 bp - 470 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 22715910-22723992(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TGGTCGGAAT
SmilChr01G001559 Chr01 NC_080387.1:29621980-29621989promoter 内 3474-3483 bp - 518 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 29622507-29624733(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATTCCGACCA
SmilChr03G001016 Chr03 NC_080389.1:11676264-11676273promoter 内 3382-3391 bp + 610 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 11676883-11677709(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTGTCGGAGG
SmilChr01G003833 Chr01 NC_080387.1:56655272-56655281promoter 内 3281-3290 bp + 711 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 56655992-56661823(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TGGTCGGAAT
SmilChr01G004204 Chr01 NC_080387.1:60495016-60495025promoter 内 3244-3253 bp + 748 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 60495773-60497387(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGGTT
SmilChr04G002461 Chr04 NC_080390.1:39435278-39435287promoter 内 3041-3050 bp + 951 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 39436238-39442760(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGAAT
SmilChr01G004761 Chr01 NC_080387.1:65792579-65792588promoter 内 3007-3016 bp - 985 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 65793573-65796299(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATTCCGACAT
SmilChr04G000828 Chr04 NC_080390.1:10435737-10435746promoter 内 2777-2786 bp - 1215 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 10436961-10437734(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CCTCCGACAG
SmilChr02G000888 Chr02 NC_080388.1:15294594-15294603promoter 内 2736-2745 bp - 1256 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 15289653-15293338(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGAAT
SmilChr03G003792 Chr03 NC_080389.1:57025920-57025929promoter 内 2606-2615 bp + 1386 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 57011179-57024534(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 AACCCGACAA
SmilChr04G001783 Chr04 NC_080390.1:29249574-29249583promoter 内 2596-2605 bp + 1396 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 29240628-29248178(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CCTCCGACAG
SmilChr05G002474 Chr05 NC_080391.1:27244311-27244320promoter 内 2596-2605 bp - 1396 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 27245716-27248886(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GTACCGACAA
SmilChr01G002512 Chr01 NC_080387.1:43024486-43024495promoter 内 2560-2569 bp + 1432 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 43025927-43027437(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TGGTCGGAAT
SmilChr01G000822 Chr01 NC_080387.1:17749637-17749646promoter 内 2285-2294 bp - 1707 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 17751353-17758891(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 AACCCGACAA
SmilChr04G000777 Chr04 NC_080390.1:9520356-9520365promoter 内 2261-2270 bp + 1731 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 9516582-9518625(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 AACCCGACAA
SmilChr01G005240 Chr01 NC_080387.1:69951970-69951979promoter 内 2257-2266 bp + 1735 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 69953714-69954297(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTGTCGGAGG
SmilChr01G005117 Chr01 NC_080387.1:68947677-68947686promoter 内 2190-2199 bp - 1802 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 68949488-68952268(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATTCCGACAT
SmilChr04G001746 Chr04 NC_080390.1:28741919-28741928promoter 内 2143-2152 bp - 1849 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 28743777-28751452(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CCTCCGACAG
SmilChr02G002566 Chr02 NC_080388.1:44654010-44654019promoter 内 2106-2115 bp - 1886 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 44648304-44652124(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TGGTCGGAAT
SmilChr02G004031 Chr02 NC_080388.1:62601934-62601943promoter 内 2088-2097 bp + 1904 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 62598530-62600030(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATTCCGACCA
SmilChr05G001892 Chr05 NC_080391.1:19228441-19228450promoter 内 2049-2058 bp - 1943 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 19230393-19231467(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATTCCGACCA
SmilChr01G001902 Chr01 NC_080387.1:34127309-34127318promoter 内 2024-2033 bp - 1968 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 34129286-34130890(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATTCCGACCA
SmilChr03G001885 Chr03 NC_080389.1:26257340-26257349promoter 内 2016-2025 bp + 1976 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 26247151-26255364(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATTCCGACCA
SmilChr04G002695 Chr04 NC_080390.1:42398322-42398331promoter 内 1844-1853 bp + 2148 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 42392802-42396174(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CCTCCGACAG
SmilChr04G002644 Chr04 NC_080390.1:41815962-41815971promoter 内 1837-1846 bp - 2155 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 41812893-41813807(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTGTCGGAGG
SmilChr01G002283 Chr01 NC_080387.1:39621814-39621823promoter 内 1693-1702 bp + 2299 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 39613927-39619515(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 AACCCGACAA
SmilChr03G000033 Chr03 NC_080389.1:409291-409300promoter 内 1653-1662 bp + 2339 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 411639-417891(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGAAT
SmilChr01G001860 Chr01 NC_080387.1:33555458-33555467promoter 内 1555-1564 bp - 2437 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 33557904-33559029(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATTCCGACCA
SmilChr04G001403 Chr04 NC_080390.1:22837335-22837344promoter 内 1470-1479 bp - 2522 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 22839866-22841266(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CCTCCGACAG
SmilChr03G000982 Chr03 NC_080389.1:11109186-11109195promoter 内 1451-1460 bp - 2541 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 11111736-11114161(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 AACCCGACAA
SmilChr04G000885 Chr04 NC_080390.1:11289305-11289314promoter 内 1448-1457 bp - 2544 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 11280501-11286761(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGGTT
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