转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G001606; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016473-RA_Salv SmilChr03G001606 WRKY XP_057802772.1 MP00539 TCGTTGACTTTTTT

可能结合的靶基因

9848 个结合位点 7338 个候选靶基因 第 1 / 147 下载 TSV

1 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004276 Chr02 NC_080388.1:64957672-64957685promoter 内 2757-2770 bp + 1231 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 64954210-64956441(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GAAAAAGTCAACGC
SmilChr01G005847 Chr01 NC_080387.1:74436929-74436942promoter 内 2508-2521 bp - 1480 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 74432516-74435449(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCGTTGACTTTTTT
SmilChr02G001688 Chr02 NC_080388.1:31114620-31114633promoter 内 1509-1522 bp - 2479 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 31111086-31112141(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCGTTGACTTTTTG
SmilChr02G001687 Chr02 NC_080388.1:31114620-31114633promoter 内 248-261 bp - 3740 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 31109680-31110880(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCGTTGACTTTTTG
SmilChr03G000709 Chr03 NC_080389.1:7885986-7885999promoter 内 3606-3619 bp - 382 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 2 7878409-7885604(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCGTTGACTTTTTT
SmilChr03G000710 Chr03 NC_080389.1:7885986-7885999promoter 内 763-776 bp - 3225 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 2 7889224-7889565(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAAAAAGTCAACGG
SmilChr03G001261 Chr03 NC_080389.1:14556947-14556960promoter 内 2973-2986 bp - 1015 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.5/ 100 6 14545865-14555932(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCGTTGACTTTTTG
SmilChr02G005108 Chr02 NC_080388.1:72595162-72595175promoter 内 3790-3803 bp + 198 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 4 72591050-72594964(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAAAAAGTCAACGA
SmilChr01G001065 Chr01 NC_080387.1:22009496-22009509promoter 内 2038-2051 bp - 1950 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 4 22002683-22007546(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCGTTGACTTTTCC
SmilChr01G000971 Chr01 NC_080387.1:20582251-20582264promoter 内 2762-2775 bp + 1226 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 3 20571972-20581025(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GGAAAAGTCAACGG
SmilChr02G003714 Chr02 NC_080388.1:58747087-58747100promoter 内 344-357 bp - 3644 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 3 58741135-58743443(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCGTTGACTTTTTC
SmilChr03G003010 Chr03 NC_080389.1:46965229-46965242promoter 内 1094-1107 bp - 2894 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 46940075-46962335(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCGTTGACTTTTTT
SmilChr04G001823 Chr04 NC_080390.1:29740419-29740432promoter 内 3584-3597 bp + 404 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 29740836-29745115(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCGTTGACTTTTTA
SmilChr04G002097 Chr04 NC_080390.1:33806827-33806840promoter 内 2992-3005 bp - 996 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 33807836-33814671(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAAAAAGTCAACGA
SmilChr04G000069 Chr04 NC_080390.1:626971-626984promoter 内 2436-2449 bp - 1552 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 622735-625419(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCGTTGACTTTTTC
SmilChr04G002683 Chr04 NC_080390.1:42279621-42279634promoter 内 1802-1815 bp - 2186 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 42275407-42277435(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCGTTGACTTTTTT
SmilChr03G000219 Chr03 NC_080389.1:2529617-2529630promoter 内 730-743 bp + 3258 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 2532888-2534832(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCGTTGACTTTTTT
SmilChr02G003060 Chr02 NC_080388.1:51413160-51413173promoter 内 1091-1104 bp + 2897 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 51388125-51410263(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCAAAAGTCAACGG
SmilChr02G004329 Chr02 NC_080388.1:65566658-65566671promoter 内 2623-2636 bp + 1365 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 1 65568036-65572115(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCGTTGACTTTTTA
SmilChr03G002958 Chr03 NC_080389.1:46349607-46349620promoter 内 3508-3521 bp + 480 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 2 46350100-46352683(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCGTTGACTTTTAT
SmilChr01G002358 Chr01 NC_080387.1:40754082-40754095promoter 内 890-903 bp + 3098 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 2 40757193-40758131(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCGTTGACTTTTGA
SmilChr01G005695 Chr01 NC_080387.1:73231464-73231477promoter 内 3110-3123 bp + 878 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 73223758-73230586(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TGAAAAGTCAACGC
SmilChr01G005696 Chr01 NC_080387.1:73231464-73231477promoter 内 2277-2290 bp + 1711 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 73233188-73241369(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCGTTGACTTTTCA
SmilChr01G005346 Chr01 NC_080387.1:70700393-70700406promoter 内 2336-2349 bp - 1652 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 11 70702058-70714857(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCCAAAGTCAACGC
SmilChr02G002963 Chr02 NC_080388.1:50145716-50145729promoter 内 1239-1252 bp - 2749 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 2 50141901-50142967(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCGTTGACTTTTTA
SmilChr01G003452 Chr01 NC_080387.1:53090769-53090782promoter 内 501-514 bp - 3487 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 2 53086481-53087282(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCGTTGACTTTTCA
SmilChr02G001418 Chr02 NC_080388.1:26808066-26808079promoter 内 2303-2316 bp - 1685 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 26809764-26810826(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AGCAAAGTCAACGC
SmilChr04G001815 Chr04 NC_080390.1:29643926-29643939promoter 内 2102-2115 bp + 1886 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 29645825-29649899(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCGTTGACTTTTTA
SmilChr04G001278 Chr04 NC_080390.1:20372765-20372778promoter 内 244-257 bp - 3744 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 20363576-20369021(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCGTTGACTTTTGA
SmilChr02G005276 Chr02 NC_080388.1:73824844-73824857promoter 内 3766-3779 bp + 222 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 73825079-73825676(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCGTTGACCTTTTG
SmilChr04G002451 Chr04 NC_080390.1:39230318-39230331promoter 内 3696-3709 bp + 292 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 39230623-39236288(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCGTTGACTTTCTG
SmilChr01G001434 Chr01 NC_080387.1:28012293-28012306promoter 内 2889-2902 bp + 1099 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 28010553-28011194(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAAAAAGTCAACGT
SmilChr04G000766 Chr04 NC_080390.1:9377428-9377441promoter 内 2872-2885 bp + 1116 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 9373857-9376312(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAAAAAGTCAACGT
SmilChr04G003100 Chr04 NC_080390.1:47599086-47599099promoter 内 1577-1590 bp - 2411 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 47590595-47596675(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCGTTGACTTTATT
SmilChr03G003534 Chr03 NC_080389.1:53944540-53944553promoter 内 1453-1466 bp + 2535 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 53947088-53948198(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCGTTGACTATTTT
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