转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G002953; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011004-RA_Salv SmilChr04G002953 ARF XP_057809314.1 MP00033 TTTGTCGGC

可能结合的靶基因

9827 个结合位点 7406 个候选靶基因 第 1 / 149 下载 TSV

1 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001058 Chr02 NC_080388.1:18827368-18827376promoter 内 3465-3473 bp - 528 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 5 18827904-18828059(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAGG
SmilChr03G000542 Chr03 NC_080389.1:5887565-5887573promoter 内 3523-3531 bp + 470 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 4 5888043-5890586(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCTGTCGGC
SmilChr03G004213 Chr03 NC_080389.1:60724161-60724169promoter 内 2391-2399 bp + 1602 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 4 60720102-60722559(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAGG
SmilChr03G004215 Chr03 NC_080389.1:60724161-60724169promoter 内 1355-1363 bp + 2638 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 4 60726807-60730533(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCTGTCGGC
SmilChr01G002624 Chr01 NC_080387.1:44511461-44511469promoter 内 3677-3685 bp + 316 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 44508084-44511145(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAGG
SmilChr03G004744 Chr03 NC_080389.1:64550697-64550705promoter 内 3027-3035 bp - 966 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 64551671-64552520(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAGG
SmilChr02G000968 Chr02 NC_080388.1:16919017-16919025promoter 内 2650-2658 bp - 1343 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 16910989-16917674(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCTGTCGGC
SmilChr04G002504 Chr04 NC_080390.1:40001906-40001914promoter 内 2391-2399 bp + 1602 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 40003516-40005619(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCTGTCGGC
SmilChr01G003486 Chr01 NC_080387.1:53420523-53420531promoter 内 1599-1607 bp + 2394 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 53416969-53418129(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAGG
SmilChr03G002493 Chr03 NC_080389.1:39712532-39712540promoter 内 1330-1338 bp + 2663 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 39715203-39718804(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCTGTCGGC
SmilChr02G000292 Chr02 NC_080388.1:3704259-3704267promoter 内 3961-3969 bp - 32 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 3704299-3707126(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAGG
SmilChr02G000344 Chr02 NC_080388.1:4494995-4495003promoter 内 3947-3955 bp + 46 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 4492434-4494949(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAGG
SmilChr02G000299 Chr02 NC_080388.1:3771352-3771360promoter 内 3937-3945 bp - 56 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 3771416-3774441(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAGG
SmilChr01G000148 Chr01 NC_080387.1:2549310-2549318promoter 内 3465-3473 bp + 528 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 2548627-2548782(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAGG
SmilChr02G001055 Chr02 NC_080388.1:18819306-18819314promoter 内 3465-3473 bp - 528 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 18819842-18819997(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAGG
SmilChr01G000147 Chr01 NC_080387.1:2549310-2549318promoter 内 3081-3089 bp + 912 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 2545090-2548398(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAGG
SmilChr02G001056 Chr02 NC_080388.1:18819306-18819314promoter 内 3081-3089 bp - 912 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 18820226-18823614(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAGG
SmilChr03G001817 Chr03 NC_080389.1:24841222-24841230promoter 内 3016-3024 bp - 977 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 24837738-24840245(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCTGTCGGC
SmilChr03G002555 Chr03 NC_080389.1:40725836-40725844promoter 内 2986-2994 bp - 1007 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 40726851-40729666(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAGG
SmilChr02G004145 Chr02 NC_080388.1:63775250-63775258promoter 内 2981-2989 bp + 1012 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 63770923-63774238(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAGG
SmilChr04G000053 Chr04 NC_080390.1:466783-466791promoter 内 2820-2828 bp + 1173 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 467964-474356(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCTGTCGGC
SmilChr01G000162 Chr01 NC_080387.1:2700434-2700442promoter 内 2564-2572 bp + 1429 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 2701871-2702522(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCTGTCGGC
SmilChr04G002477 Chr04 NC_080390.1:39609105-39609113promoter 内 2430-2438 bp + 1563 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 39610676-39612815(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCTGTCGGC
SmilChr01G005076 Chr01 NC_080387.1:68637556-68637564promoter 内 2296-2304 bp + 1697 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 68639261-68642398(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCTGTCGGC
SmilChr01G004978 Chr01 NC_080387.1:67836445-67836453promoter 内 2047-2055 bp - 1946 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 67838399-67842346(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAGG
SmilChr01G001210 Chr01 NC_080387.1:24332045-24332053promoter 内 1967-1975 bp - 2026 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 24334079-24334794(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAGG
SmilChr01G002881 Chr01 NC_080387.1:47436646-47436654promoter 内 1859-1867 bp - 2134 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 47431042-47434512(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCTGTCGGC
SmilChr01G002882 Chr01 NC_080387.1:47436646-47436654promoter 内 1807-1815 bp - 2186 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 47438840-47442897(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAGG
SmilChr03G004742 Chr03 NC_080389.1:64550697-64550705promoter 内 1479-1487 bp - 2514 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 64542658-64548183(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCTGTCGGC
SmilChr03G002841 Chr03 NC_080389.1:44951980-44951988promoter 内 1011-1019 bp - 2982 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 44954970-44955041(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAGG
SmilChr04G001930 Chr04 NC_080390.1:31410623-31410631promoter 内 750-758 bp + 3243 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 31404416-31407380(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAGG
SmilChr01G003485 Chr01 NC_080387.1:53420523-53420531promoter 内 462-470 bp + 3531 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 53414664-53416992(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAGG
SmilChr03G001818 Chr03 NC_080389.1:24841222-24841230promoter 内 359-367 bp - 3634 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 24844864-24846175(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAGG
SmilChr01G001668 Chr01 NC_080387.1:30782694-30782702promoter 内 335-343 bp - 3658 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 30777945-30779036(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCTGTCGGC
SmilChr02G004146 Chr02 NC_080388.1:63775250-63775258promoter 内 43-51 bp + 3950 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 63779208-63782520(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCTGTCGGC
SmilChr01G003406 Chr01 NC_080387.1:52725951-52725959promoter 内 3971-3979 bp - 22 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 52725981-52727578(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAGG
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