转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004408; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011278-RA_Salv SmilChr08G004408 MYB XP_057780613.1 MP00114 AAGTTGGTAGGTGAG

可能结合的靶基因

9897 个结合位点 8151 个候选靶基因 第 1 / 164 下载 TSV

1 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G000726 Chr07 NC_080393.1:5044608-5044622promoter 内 1160-1174 bp - 2827 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.5/ 100 2 5047449-5052382(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACCACCAC
SmilChr01G002080 Chr01 NC_080387.1:36750208-36750222promoter 内 40-54 bp + 3947 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.5/ 100 2 36743335-36746261(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACCACCAC
SmilChr03G001928 Chr03 NC_080389.1:27064338-27064352promoter 内 3872-3886 bp + 115 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 27064467-27066676(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAGTTGGTAGGTGGG
SmilChr02G001778 Chr02 NC_080388.1:32557776-32557790promoter 内 767-781 bp + 3220 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 32561010-32566063(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAGTTGGTAGGTGGG
SmilChr01G004522 Chr01 NC_080387.1:63347583-63347597promoter 内 2450-2464 bp + 1537 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 4 63342734-63346046(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACCACCTC
SmilChr02G004686 Chr02 NC_080388.1:69179317-69179331promoter 内 3683-3697 bp - 304 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 2 69170025-69179013(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAGGTGGTAGGTGAG
SmilChr08G001382 Chr08 NC_080394.1:11022229-11022243promoter 内 809-823 bp - 3178 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 2 11017590-11019051(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAGGTGGTAGGTGAG
SmilChr07G004730 Chr07 NC_080393.1:60181730-60181744promoter 内 764-778 bp - 3223 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 2 60184967-60188167(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACCACCTC
SmilChr04G001750 Chr04 NC_080390.1:28821809-28821823promoter 内 3887-3901 bp - 100 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 1 28819593-28821709(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAGGTGGTAGGTGAG
SmilChr01G002744 Chr01 NC_080387.1:45754960-45754974promoter 内 3656-3670 bp + 331 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 1 45755305-45757162(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAGGTGGTAGGTGAG
SmilChr03G000862 Chr03 NC_080389.1:9834589-9834603promoter 内 3581-3595 bp - 406 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 1 9835009-9836011(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACCACCTC
SmilChr02G004155 Chr02 NC_080388.1:63871525-63871539promoter 内 3101-3115 bp + 886 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 1 63869128-63870639(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACCACCTC
SmilChr01G006051 Chr01 NC_080387.1:76010307-76010321promoter 内 1523-1537 bp - 2464 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 1 76012785-76016993(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACCACCTC
SmilChr03G000863 Chr03 NC_080389.1:9834589-9834603promoter 内 1115-1129 bp - 2872 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 1 9837475-9839163(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACCACCTC
SmilChr07G001895 Chr07 NC_080393.1:16366787-16366801promoter 内 429-443 bp - 3558 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 1 16359915-16363229(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAGGTGGTAGGTGAG
SmilChr06G001349 Chr06 NC_080392.1:14040998-14041012promoter 内 2205-2219 bp + 1782 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 2 14042794-14042917(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGGGGGGTAGGTGGG
SmilChr06G001388 Chr06 NC_080392.1:14516416-14516430promoter 内 2196-2210 bp + 1791 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 2 14518221-14518344(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGGGGGGTAGGTGGG
SmilChr06G001350 Chr06 NC_080392.1:14040998-14041012promoter 内 1812-1826 bp + 2175 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 2 14043187-14043309(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGGGGGGTAGGTGGG
SmilChr06G001389 Chr06 NC_080392.1:14516416-14516430promoter 内 1804-1818 bp + 2183 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 2 14518613-14518735(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGGGGGGTAGGTGGG
SmilChr06G001351 Chr06 NC_080392.1:14040998-14041012promoter 内 1139-1153 bp + 2848 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 2 14043860-14043982(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGGGGGGTAGGTGGG
SmilChr06G001390 Chr06 NC_080392.1:14516416-14516430promoter 内 1126-1140 bp + 2861 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 2 14519291-14519413(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGGGGGGTAGGTGGG
SmilChr06G001387 Chr06 NC_080392.1:14516416-14516430promoter 内 2719-2733 bp + 1268 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 14517698-14520503(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGGGGGGTAGGTGGG
SmilChr06G001348 Chr06 NC_080392.1:14040998-14041012promoter 内 2667-2681 bp + 1320 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 14042332-14044888(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGGGGGGTAGGTGGG
SmilChr07G000237 Chr07 NC_080393.1:1529492-1529506promoter 内 2334-2348 bp - 1653 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 1531159-1531499(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACCACCTT
SmilChr01G000380 Chr01 NC_080387.1:7816847-7816861promoter 内 2029-2043 bp + 1958 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 7818819-7822732(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGGGGGGTAGGTGGG
SmilChr05G003829 Chr05 NC_080391.1:51690152-51690166promoter 内 1067-1081 bp + 2920 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 51682061-51687232(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACCCCCCC
SmilChr04G002882 Chr04 NC_080390.1:45034379-45034393promoter 内 786-800 bp + 3201 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 45037594-45039789(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGGGGGGTAGGTGGG
SmilChr05G003973 Chr05 NC_080391.1:53533677-53533691promoter 内 2823-2837 bp + 1164 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 2 53530986-53532513(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACCACCAC
SmilChr07G001498 Chr07 NC_080393.1:11906475-11906489promoter 内 1541-1555 bp + 2446 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 2 11902656-11904029(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACCTCCAC
SmilChr08G000786 Chr08 NC_080394.1:5797028-5797042promoter 内 2398-2412 bp - 1589 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 5798631-5800246(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACCTCCCA
SmilChr08G002378 Chr08 NC_080394.1:22569358-22569372promoter 内 2629-2643 bp + 1358 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 2 22565363-22568000(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACCCACCC
SmilChr08G000710 Chr08 NC_080394.1:5276661-5276675promoter 内 1572-1586 bp - 2415 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 2 5271259-5274246(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGGTGGGTAGGTGGG
SmilChr02G003507 Chr02 NC_080388.1:56250900-56250914promoter 内 3155-3169 bp + 832 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 56251746-56264745(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGGTGGGTAGGTGGG
SmilChr02G003559 Chr02 NC_080388.1:56753840-56753854promoter 内 3139-3153 bp + 848 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 56754702-56767587(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGGTGGGTAGGTGGG
SmilChr01G004034 Chr01 NC_080387.1:58769525-58769539promoter 内 3029-3043 bp - 958 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 58770497-58773294(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACCCACCC
SmilChr01G004272 Chr01 NC_080387.1:60963627-60963641promoter 内 2335-2349 bp - 1652 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 60965293-60968483(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACCCACCC
SmilChr05G002858 Chr05 NC_080391.1:34083178-34083192promoter 内 2128-2142 bp - 1859 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 34085051-34086226(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACCCACCC
SmilChr07G002991 Chr07 NC_080393.1:30516313-30516327promoter 内 1911-1925 bp - 2076 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 30518403-30520977(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACCCACCC
SmilChr04G003478 Chr04 NC_080390.1:51242427-51242441promoter 内 12-26 bp + 3975 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 51246416-51246990(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGGTGGGTAGGTGGG
SmilChr03G001025 Chr03 NC_080389.1:11913632-11913646promoter 内 2170-2184 bp + 1817 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 4 11910604-11911815(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACCCACCT
SmilChr04G002901 Chr04 NC_080390.1:45275834-45275848promoter 内 3917-3931 bp - 70 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 3 45275918-45278874(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACCCACCT
SmilChr02G001494 Chr02 NC_080388.1:27887659-27887673promoter 内 3624-3638 bp + 363 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 2 27886473-27887296(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACCACATC
SmilChr03G002617 Chr03 NC_080389.1:41571705-41571719promoter 内 2436-2450 bp + 1551 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 2 41573270-41573341(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAGGGGGTAGGTGGG
SmilChr03G003948 Chr03 NC_080389.1:58534118-58534132promoter 内 3981-3995 bp + 6 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 58531954-58534112(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACCCCCTC
SmilChr05G002572 Chr05 NC_080391.1:28934245-28934259promoter 内 3243-3257 bp + 744 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 28935003-28938758(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAGGGGGTAGGTGGG
SmilChr04G001518 Chr04 NC_080390.1:25062270-25062284promoter 内 1982-1996 bp + 2005 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 25053188-25060265(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACCCCCTC
SmilChr06G001500 Chr06 NC_080392.1:16062624-16062638promoter 内 1685-1699 bp + 2302 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 16064940-16069058(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGGAAGGTAGGTGGG
SmilChr06G000086 Chr06 NC_080392.1:625110-625124promoter 内 3304-3318 bp - 683 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 623048-624427(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTGGTGGTAGGTGGA
SmilChr07G003427 Chr07 NC_080393.1:37508597-37508611promoter 内 1515-1529 bp + 2472 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 37511083-37514243(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCGGTGGTAGGTGGG
SmilChr06G000085 Chr06 NC_080392.1:625110-625124promoter 内 1340-1354 bp - 2647 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 617296-622463(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTGGTGGTAGGTGGA