转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000260; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013647-RA_Salv SmilChr05G000260 bZIP XP_057763683.1 MP00040 TGCTGACGTGGC

可能结合的靶基因

9919 个结合位点 6920 个候选靶基因 第 10 / 139 下载 TSV

上一页 10 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G004647 Chr03 NC_080389.1:64024195-64024206promoter 内 2928-2939 bp + 1062 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 64020398-64023133(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCATCG
SmilChr02G004957 Chr02 NC_080388.1:71510677-71510688promoter 内 2797-2808 bp + 1193 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 71511881-71517933(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGTTGACGTGGC
SmilChr03G004020 Chr03 NC_080389.1:59182877-59182888promoter 内 2035-2046 bp + 1955 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 59184843-59189099(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGATGACGTGGC
SmilChr02G003007 Chr02 NC_080388.1:50702158-50702169promoter 内 1975-1986 bp + 2015 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 50704184-50705021(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AGGTGACGTGGC
SmilChr04G001811 Chr04 NC_080390.1:29605103-29605114promoter 内 1924-1935 bp + 2066 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 29607180-29610502(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGTTGACGTGGC
SmilChr02G005492 Chr02 NC_080388.1:75086520-75086531promoter 内 1748-1759 bp - 2242 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 75083585-75084278(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGTTGACGTGGC
SmilChr02G005493 Chr02 NC_080388.1:75086520-75086531promoter 内 1586-1597 bp - 2404 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 75088935-75096699(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCAACC
SmilChr02G000193 Chr02 NC_080388.1:2410052-2410063promoter 内 1282-1293 bp + 2708 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 2412771-2413870(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGTTGACGTGGC
SmilChr02G004956 Chr02 NC_080388.1:71510677-71510688promoter 内 1185-1196 bp + 2805 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 71505615-71507872(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCAACG
SmilChr03G003190 Chr03 NC_080389.1:49362476-49362487promoter 内 1024-1035 bp + 2966 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 49359408-49359510(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCACCT
SmilChr02G001420 Chr02 NC_080388.1:26822950-26822961promoter 内 895-906 bp - 3095 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 26818107-26819855(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGATGACGTGGC
SmilChr02G004659 Chr02 NC_080388.1:69002763-69002774promoter 内 224-235 bp - 3766 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 68990617-68998997(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGATGACGTGGC
SmilChr04G000320 Chr04 NC_080390.1:2917148-2917159promoter 内 204-215 bp - 3786 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 2920945-2921988(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCAACG
SmilChr03G004022 Chr03 NC_080389.1:59188632-59188643promoter 内 172-183 bp + 3818 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 59192461-59197626(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGATGACGTGGC
SmilChr01G006186 Chr01 NC_080387.1:77410174-77410185promoter 内 26-37 bp - 3964 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 77401606-77406210(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGTTGACGTGGC
SmilChr02G000113 Chr02 NC_080388.1:1429778-1429789promoter 内 3676-3687 bp + 314 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 1427366-1429464(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCGCCC
SmilChr04G004177 Chr04 NC_080390.1:56369835-56369846promoter 内 3116-3127 bp + 874 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 56366051-56368961(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCGCCG
SmilChr01G003298 Chr01 NC_080387.1:51665577-51665588promoter 内 2825-2836 bp + 1165 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 51666753-51674549(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGGCGACGTGGC
SmilChr01G000664 Chr01 NC_080387.1:14778469-14778480promoter 内 2610-2621 bp + 1380 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 14779860-14782457(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCTCACGTGGC
SmilChr01G000663 Chr01 NC_080387.1:14778469-14778480promoter 内 1723-1734 bp + 2267 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 14773813-14776202(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTGAGGA
SmilChr02G000112 Chr02 NC_080388.1:1429778-1429789promoter 内 1605-1616 bp + 2385 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 1426595-1427393(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCGCCC
SmilChr01G004137 Chr01 NC_080387.1:59885874-59885885promoter 内 1598-1609 bp - 2392 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 59881414-59883482(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGGCGACGTGGC
SmilChr01G004138 Chr01 NC_080387.1:59885874-59885885promoter 内 1131-1142 bp - 2859 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 59888744-59891578(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCGCCG
SmilChr02G000781 Chr02 NC_080388.1:12840202-12840213promoter 内 717-728 bp - 3273 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 12835022-12836929(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGGCGACGTGGC
SmilChr01G003475 Chr01 NC_080387.1:53299738-53299749promoter 内 324-335 bp - 3666 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 53303415-53305304(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCGCCG
SmilChr01G003409 Chr01 NC_080387.1:52749679-52749690promoter 内 255-266 bp - 3735 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 52753425-52755236(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCGCCG
SmilChr04G004176 Chr04 NC_080390.1:56369835-56369846promoter 内 25-36 bp + 3965 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 56362912-56365870(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCGCCG
SmilChr02G001832 Chr02 NC_080388.1:33340421-33340432promoter 内 3420-3431 bp - 570 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 3 33341002-33345584(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCAGGG
SmilChr02G001321 Chr02 NC_080388.1:24550470-24550481promoter 内 2264-2275 bp + 1726 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 3 24552207-24555159(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GACTGACGTGGG
SmilChr05G000401 Chr05 NC_080391.1:3020891-3020902promoter 内 3854-3865 bp - 136 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 3021038-3034413(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCAGGT
SmilChr02G004005 Chr02 NC_080388.1:62378385-62378396promoter 内 2635-2646 bp + 1355 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 62379751-62380769(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACCTGACGTGGG
SmilChr04G002401 Chr04 NC_080390.1:38556692-38556703promoter 内 1775-1786 bp + 2215 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 38553610-38554477(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCAGGG
SmilChr02G003950 Chr02 NC_080388.1:61668459-61668470promoter 内 1594-1605 bp + 2396 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 61670866-61674951(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CTCTGACGTGGG
SmilChr02G003146 Chr02 NC_080388.1:52484357-52484368promoter 内 766-777 bp - 3224 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 52480406-52481133(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CACTGACGTGGG
SmilChr03G002530 Chr03 NC_080389.1:40367658-40367669promoter 内 3871-3882 bp + 119 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 40367090-40367539(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCAGTC
SmilChr04G002455 Chr04 NC_080390.1:39309700-39309711promoter 内 3557-3568 bp + 433 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 39307868-39309267(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCAGTG
SmilChr02G003145 Chr02 NC_080388.1:52484357-52484368promoter 内 1952-1963 bp - 2038 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 52478208-52482319(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CACTGACGTGGG
SmilChr02G001778 Chr02 NC_080388.1:32558616-32558627promoter 内 1607-1618 bp - 2383 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 32561010-32566063(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCAGAG
SmilChr01G004458 Chr01 NC_080387.1:62694498-62694509promoter 内 1410-1421 bp + 2580 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 62697089-62699251(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGCAGACGTGGG
SmilChr01G002536 Chr01 NC_080387.1:43431041-43431052promoter 内 1365-1376 bp + 2625 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 43424648-43428416(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCTGCC
SmilChr04G000873 Chr04 NC_080390.1:11037248-11037259promoter 内 416-427 bp - 3574 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 11040833-11041393(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCAGGT
SmilChr01G000485 Chr01 NC_080387.1:9921207-9921218promoter 内 293-304 bp - 3697 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 9924915-9928587(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACCACGTCAGGG
SmilChr03G004249 Chr03 NC_080389.1:60967542-60967553promoter 内 26-37 bp + 3964 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 60971517-60975668(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCTGACGTGGT
SmilChr04G000460 Chr04 NC_080390.1:4902762-4902773promoter 内 2644-2655 bp - 1346 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 6 4896849-4901416(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AGCTGACGTGGA
SmilChr03G002594 Chr03 NC_080389.1:41245535-41245546promoter 内 1616-1627 bp + 2374 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 4 41242315-41243161(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACCACGTCAGCT
SmilChr03G002595 Chr03 NC_080389.1:41245535-41245546promoter 内 408-419 bp + 3582 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 4 41249128-41252082(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AGCTGACGTGGT
SmilChr04G003607 Chr04 NC_080390.1:52544086-52544097promoter 内 1308-1319 bp + 2682 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 3 52546779-52550752(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AGCTGACGTGGA
SmilChr01G006061 Chr01 NC_080387.1:76052769-76052780promoter 内 3954-3965 bp + 36 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 76048442-76052733(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCAGCT
SmilChr02G003849 Chr02 NC_080388.1:60236133-60236144promoter 内 3475-3486 bp + 515 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 60233021-60235618(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCAGCT
SmilChr04G001367 Chr04 NC_080390.1:22193035-22193046promoter 内 2408-2419 bp + 1582 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 22194628-22206378(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AGCTGACGTGGA