转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G001094; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021820-RA_Salv SmilChr04G001094 WRKY XP_057804404.1 MP00408 AGCGTTGACTTTT

可能结合的靶基因

9902 个结合位点 8149 个候选靶基因 第 103 / 163 下载 TSV

上一页 103 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G002276 Chr08 NC_080394.1:21157305-21157317promoter 内 344-356 bp + 3645 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 21160962-21162335(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GCCATTGACTTAT
SmilChr08G001971 Chr08 NC_080394.1:17386141-17386153promoter 内 302-314 bp + 3687 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 17379128-17382454(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 ACAAGTCAATGCC
SmilChr05G001878 Chr05 NC_080391.1:19043658-19043670promoter 内 206-218 bp + 3783 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 19037772-19039875(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 TAAAGTCAACAAT
SmilChr02G002970 Chr02 NC_080388.1:50220412-50220424promoter 内 201-213 bp - 3788 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 50212510-50216624(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 TTAGTTGACTTGT
SmilChr05G004315 Chr05 NC_080391.1:56819449-56819461promoter 内 198-210 bp - 3791 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 56823252-56824138(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 ATACGTCAACGGC
SmilChr01G004682 Chr01 NC_080387.1:64896151-64896163promoter 内 176-188 bp + 3813 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 64890235-64892338(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GCCAGTCAACGGT
SmilChr03G002579 Chr03 NC_080389.1:41002749-41002761promoter 内 174-186 bp - 3815 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 41006576-41010508(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 AACGGTCAACGTT
SmilChr05G003539 Chr05 NC_080391.1:47257945-47257957promoter 内 96-108 bp - 3893 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 47261850-47263928(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GTTAGTCAACGTG
SmilChr07G002700 Chr07 NC_080393.1:26355423-26355435promoter 内 77-89 bp + 3912 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 26341862-26351511(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 AACGGTCAACGTT
SmilChr05G000603 Chr05 NC_080391.1:4542158-4542170promoter 内 76-88 bp + 3913 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 4534778-4538245(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 TTGAGTCAACGAC
SmilChr03G000380 Chr03 NC_080389.1:4251758-4251770promoter 内 67-79 bp - 3922 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 4255692-4259229(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CCAAGTCAACCAT
SmilChr02G001427 Chr02 NC_080388.1:26929430-26929442promoter 内 48-60 bp - 3941 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 26933383-26936742(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 ACAAGTCAACAGA
SmilChr05G004218 Chr05 NC_080391.1:56060526-56060538promoter 内 45-57 bp + 3944 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 56052751-56056582(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CCGAGTCAACGAA
SmilChr02G000973 Chr02 NC_080388.1:17013461-17013473promoter 内 24-36 bp - 3965 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 17017438-17018094(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 AGAAGTCAACATC
SmilChr05G002623 Chr05 NC_080391.1:29563878-29563890promoter 内 2-14 bp + 3987 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 29557008-29559891(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 ATAAGTCAACCAG
SmilChr07G003043 Chr07 NC_080393.1:31550102-31550114promoter 内 3243-3255 bp - 746 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 3 31544367-31549356(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 AATGTTGACTTTA
SmilChr07G003295 Chr07 NC_080393.1:34772257-34772269promoter 内 1618-1630 bp + 2371 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 3 34763295-34769886(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 AATAGTCAACTAG
SmilChr01G002075 Chr01 NC_080387.1:36700993-36701005promoter 内 3730-3742 bp - 259 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 36699589-36700734(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 AGTGTTGACTTCC
SmilChr02G005240 Chr02 NC_080388.1:73576111-73576123promoter 内 3448-3460 bp + 541 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 73572201-73575570(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CATAGTCAACTAT
SmilChr08G002444 Chr08 NC_080394.1:23261057-23261069promoter 内 3070-3082 bp + 919 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 23255588-23260138(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 ATCAGTCAACGAT
SmilChr01G003095 Chr01 NC_080387.1:49779175-49779187promoter 内 3010-3022 bp + 979 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 49776377-49778196(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CGACGTCAACGCC
SmilChr07G003911 Chr07 NC_080393.1:49343981-49343993promoter 内 2724-2736 bp - 1265 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 49331621-49342716(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 TCCGTTGACCGTC
SmilChr05G003934 Chr05 NC_080391.1:53103026-53103038promoter 内 2687-2699 bp - 1302 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 53101653-53101724(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CTGGTTGACTTGT
SmilChr01G000814 Chr01 NC_080387.1:17596788-17596800promoter 内 2398-2410 bp + 1591 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 17594313-17595197(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CAGAGTCAACCAC
SmilChr01G000815 Chr01 NC_080387.1:17600749-17600761promoter 内 2382-2394 bp + 1607 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 17598615-17599142(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CATAGTCAACTAT
SmilChr08G000598 Chr08 NC_080394.1:4443516-4443528promoter 内 2147-2159 bp + 1842 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 4445370-4447821(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 TCAGTTGACTTAA
SmilChr08G000595 Chr08 NC_080394.1:4427540-4427552promoter 内 2143-2155 bp + 1846 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 4429398-4431847(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 TCAGTTGACTTAA
SmilChr07G002000 Chr07 NC_080393.1:17714121-17714133promoter 内 1837-1849 bp - 2152 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 17703999-17711969(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CTAGTTGACTATT
SmilChr01G003482 Chr01 NC_080387.1:53371521-53371533promoter 内 1680-1692 bp - 2309 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 53373842-53376928(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 ATAAGTCAACATC
SmilChr07G002513 Chr07 NC_080393.1:23819015-23819027promoter 内 1601-1613 bp - 2388 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 23812511-23816627(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CCGGTTGACTTCA
SmilChr07G004558 Chr07 NC_080393.1:58302715-58302727promoter 内 1539-1551 bp + 2450 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 58305177-58312302(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GTCGTTGACGTTC
SmilChr06G003299 Chr06 NC_080392.1:45528148-45528160promoter 内 1498-1510 bp - 2491 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 45519483-45525657(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 TCAGTTGACTTAA
SmilChr06G001717 Chr06 NC_080392.1:19786713-19786725promoter 内 1477-1489 bp + 2512 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 19781952-19784201(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 ATCAGTCAACGAT
SmilChr02G004422 Chr02 NC_080388.1:66549117-66549129promoter 内 1400-1412 bp + 2589 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 66551718-66553390(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 ATCGTTGACTGAT
SmilChr01G001272 Chr01 NC_080387.1:25400624-25400636promoter 内 1380-1392 bp + 2609 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 25403245-25405945(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GGCGTTGACCGAT
SmilChr05G003933 Chr05 NC_080391.1:53103026-53103038promoter 内 1139-1151 bp - 2850 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 53097448-53100176(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CTGGTTGACTTGT
SmilChr08G000884 Chr08 NC_080394.1:6536521-6536533promoter 内 1038-1050 bp - 2951 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 6539484-6541160(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 ATCAGTCAACGAT
SmilChr01G004716 Chr01 NC_080387.1:65378156-65378168promoter 内 985-997 bp + 3004 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 65374814-65375152(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CGAAGTCAATGCC
SmilChr04G003732 Chr04 NC_080390.1:53633803-53633815promoter 内 404-416 bp - 3585 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 53627892-53630218(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CTCGTTGACGTTT
SmilChr05G002462 Chr05 NC_080391.1:27143388-27143400promoter 内 277-289 bp - 3712 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 27138411-27139676(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GCGGTTGACTACT
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SmilChr03G004392 Chr03 NC_080389.1:62099879-62099891promoter 内 3887-3899 bp + 102 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 62099029-62099777(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 AAAAGTCAATGAG
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