转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001961; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001298-RA_Salv SmilChr05G001961 MIKC_MADS XP_057766054.1 MP00077 TTCCAAAAATGGAAA

可能结合的靶基因

9815 个结合位点 6125 个候选靶基因 第 11 / 123 下载 TSV

上一页 11 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005398 Chr01 NC_080387.1:71250233-71250247promoter 内 3540-3554 bp - 447 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 3 71250694-71253099(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTCCCTTTTTGGCA
SmilChr02G000780 Chr02 NC_080388.1:12795259-12795273promoter 内 3461-3475 bp - 526 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 3 12795799-12802086(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTCCCTTTTTGGCA
SmilChr01G005228 Chr01 NC_080387.1:69817548-69817562promoter 内 3278-3292 bp - 709 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 3 69818271-69819493(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTCCATTTTGGGGT
SmilChr01G003668 Chr01 NC_080387.1:55090107-55090121promoter 内 3065-3079 bp - 922 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 3 55091043-55092374(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTCCATTTTGGGGT
SmilChr02G003686 Chr02 NC_080388.1:58223307-58223321promoter 内 2824-2838 bp + 1163 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 3 58224484-58228396(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TGCCAAAAAGGGAAA
SmilChr01G005479 Chr01 NC_080387.1:71773140-71773154promoter 内 2803-2817 bp - 1184 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 3 71771291-71771956(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TGCCAAAAAGGGAAA
SmilChr01G004578 Chr01 NC_080387.1:63826844-63826858promoter 内 2350-2364 bp - 1637 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 3 63819762-63825207(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TGCCAAAAAGGGAAA
SmilChr01G005515 Chr01 NC_080387.1:71982347-71982361promoter 内 2222-2236 bp + 1765 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 3 71975466-71980582(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTCCCTTTTTGGCA
SmilChr02G000338 Chr02 NC_080388.1:4336709-4336723promoter 内 1938-1952 bp + 2049 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 3 4338772-4339104(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 ACCCCAAAATGGAAA
SmilChr01G002321 Chr01 NC_080387.1:40284902-40284916promoter 内 1851-1865 bp - 2136 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 3 40281402-40282766(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TGCCAAAAAGGGAAA
SmilChr01G003666 Chr01 NC_080387.1:55090107-55090121promoter 内 1814-1828 bp - 2173 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 3 55080249-55087934(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 ACCCCAAAATGGAAA
SmilChr02G003411 Chr02 NC_080388.1:55271964-55271978promoter 内 1058-1072 bp + 2929 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 3 55274907-55280014(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TGCCAAAAAGGGAAA
SmilChr01G003473 Chr01 NC_080387.1:53274152-53274166promoter 内 798-812 bp - 3189 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 3 53277355-53281155(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTCCCTTTTTGGCA
SmilChr02G004957 Chr02 NC_080388.1:71508085-71508099promoter 内 205-219 bp + 3782 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 3 71511881-71517933(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TGCCAAAAAGGGAAA
SmilChr02G000318 Chr02 NC_080388.1:3994406-3994420promoter 内 3867-3881 bp - 120 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 3993468-3994286(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TGCCAAAAAGGGAAA
SmilChr01G003652 Chr01 NC_080387.1:54982121-54982135promoter 内 3740-3754 bp - 247 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 54982382-54989938(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTCCCTTTTTGGCA
SmilChr02G005020 Chr02 NC_080388.1:71966110-71966124promoter 内 3621-3635 bp - 366 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 71966490-71968279(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTCCCTTTTTGGCA
SmilChr01G003524 Chr01 NC_080387.1:53873404-53873418promoter 内 3558-3572 bp + 429 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 53873847-53875602(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 GTCCAAAAGAGGAAA
SmilChr02G004161 Chr02 NC_080388.1:63935098-63935112promoter 内 3534-3548 bp + 453 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 63935565-63940700(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TGCCAAAAAGGGAAA
SmilChr01G002069 Chr01 NC_080387.1:36562807-36562821promoter 内 3499-3513 bp - 488 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 36559137-36562319(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TGCCAAAAAGGGAAA
SmilChr01G004517 Chr01 NC_080387.1:63299913-63299927promoter 内 3486-3500 bp + 501 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 63300428-63304872(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 CACCCAAAATGGAAA
SmilChr02G004405 Chr02 NC_080388.1:66378442-66378456promoter 内 3467-3481 bp - 520 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 66378976-66379335(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTCCCTTTTTGGCA
SmilChr03G001047 Chr03 NC_080389.1:12196428-12196442promoter 内 3439-3453 bp - 548 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 12196990-12199512(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTCCCTTTTTGGCA
SmilChr01G002348 Chr01 NC_080387.1:40626814-40626828promoter 内 3406-3420 bp - 581 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 40627409-40632379(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTCCCTTTTTGGCA
SmilChr01G003742 Chr01 NC_080387.1:55729594-55729608promoter 内 3396-3410 bp - 591 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 55722434-55729003(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TGCCAAAAAGGGAAA
SmilChr01G004287 Chr01 NC_080387.1:61082569-61082583promoter 内 3396-3410 bp + 591 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 61083174-61085986(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TGCCAAAAAGGGAAA
SmilChr01G003205 Chr01 NC_080387.1:50814124-50814138promoter 内 3272-3286 bp - 715 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 50811557-50813409(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 AGCCAAAAAAGGAAA
SmilChr02G005370 Chr02 NC_080388.1:74398943-74398957promoter 内 3250-3264 bp - 737 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 74374767-74398206(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 ACCCCAAAATGGAAA
SmilChr02G000243 Chr02 NC_080388.1:3134370-3134384promoter 内 3245-3259 bp - 742 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 3135126-3138047(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTCCTTTTTTGGCT
SmilChr02G005462 Chr02 NC_080388.1:74926889-74926903promoter 内 3245-3259 bp - 742 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 74921594-74926147(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TGCCAAAAAGGGAAA
SmilChr03G000236 Chr03 NC_080389.1:2821384-2821398promoter 内 3235-3249 bp + 752 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 2819595-2820632(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTCCCTTTTTGGCA
SmilChr02G002102 Chr02 NC_080388.1:37695192-37695206promoter 内 3234-3248 bp + 753 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 37690636-37694439(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTCCATTTTGGGGT
SmilChr03G000939 Chr03 NC_080389.1:10679956-10679970promoter 内 3127-3141 bp + 860 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 10680830-10685763(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TGCCAAAAAGGGAAA
SmilChr01G002027 Chr01 NC_080387.1:35819009-35819023promoter 内 3118-3132 bp + 869 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 35819892-35822581(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TGCCAAAAAGGGAAA
SmilChr03G000587 Chr03 NC_080389.1:6533682-6533696promoter 内 3070-3084 bp + 917 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 6527470-6532765(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTCCCTTTTTGGCA
SmilChr02G002072 Chr02 NC_080388.1:37305564-37305578promoter 内 3000-3014 bp - 987 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 37306565-37312550(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTCCATTTTGGGGT
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