转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000593; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001545-RA_Salv SmilChr05G000593 MIKC_MADS XP_057764223.1 MP00609 TTTTTTCCATTTTTGGTAA

可能结合的靶基因

9941 个结合位点 7575 个候选靶基因 第 112 / 152 下载 TSV

上一页 112 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G001247 Chr06 NC_080392.1:12962320-12962338promoter 内 3836-3854 bp - 147 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 12962485-12967212(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 ATACCAAAATAAGAAATAA
SmilChr01G004568 Chr01 NC_080387.1:63738555-63738573promoter 内 3787-3805 bp - 196 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 63735680-63738359(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTTTTTCTCTTTTGGGATG
SmilChr05G000186 Chr05 NC_080391.1:1497922-1497940promoter 内 3767-3785 bp - 216 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 1493467-1497706(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTTTGTCCATTTCTAGCAT
SmilChr01G003052 Chr01 NC_080387.1:49472499-49472517promoter 内 3734-3752 bp - 249 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 49470488-49472250(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 GTATTACTCTTTTTGGTAT
SmilChr02G002968 Chr02 NC_080388.1:50201774-50201792promoter 内 3709-3727 bp + 274 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 50199317-50201500(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 CGGCCCAAAATGGAATACA
SmilChr04G000163 Chr04 NC_080390.1:1468766-1468784promoter 内 3695-3713 bp + 288 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 1463504-1468478(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TCACTTAAAGTGGAAAAAC
SmilChr01G006018 Chr01 NC_080387.1:75765092-75765110promoter 内 3632-3650 bp - 351 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 75765461-75773588(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 ATTGCATAAAAGGAAAAAA
SmilChr03G003335 Chr03 NC_080389.1:51618910-51618928promoter 内 3622-3640 bp + 361 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 51614051-51618549(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 CAAACCAAAATGGAAAGGT
SmilChr04G001586 Chr04 NC_080390.1:26362830-26362848promoter 内 3585-3603 bp + 398 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 26363246-26364595(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TCATTGCCCTTTTTGGGGC
SmilChr06G001789 Chr06 NC_080392.1:20933766-20933784promoter 内 3551-3569 bp + 432 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 20934216-20937030(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 AACTTTTCATTTTTGGAAG
SmilChr05G002611 Chr05 NC_080391.1:29395084-29395102promoter 内 3545-3563 bp - 438 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 29395540-29396278(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TGTACAAAAATAGAAAATA
SmilChr03G002936 Chr03 NC_080389.1:46093815-46093833promoter 内 3517-3535 bp + 466 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 46090225-46093349(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 AAAACAAAAACGGAAAAAA
SmilChr06G002905 Chr06 NC_080392.1:41855578-41855596promoter 内 3512-3530 bp + 471 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 41853306-41855107(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 ATTGCATAAAAGGAAAAAA
SmilChr01G006043 Chr01 NC_080387.1:75955652-75955670promoter 内 3503-3521 bp + 480 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 75956150-75956609(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 CTTTTTCCGATTTTGGAAG
SmilChr03G000858 Chr03 NC_080389.1:9813637-9813655promoter 内 3416-3434 bp + 567 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 9798326-9813070(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TCTCCAAAAATGAAAAAAA
SmilChr04G003807 Chr04 NC_080390.1:54248765-54248783promoter 内 3399-3417 bp - 584 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 54243606-54248181(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 CTTCTTCTTCTTTTGGTTT
SmilChr05G002889 Chr05 NC_080391.1:34665961-34665979promoter 内 3394-3412 bp - 589 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 34666568-34666674(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 ATTGCATAAAAGGAAAAAA
SmilChr03G004132 Chr03 NC_080389.1:60159979-60159997promoter 内 3336-3354 bp - 647 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 60155499-60159332(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TATTTTTCTTTTTTGGACA
SmilChr01G001689 Chr01 NC_080387.1:31114607-31114625promoter 内 3301-3319 bp + 682 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 31115307-31115858(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 AACTTTCTATTTTTGCTAT
SmilChr04G003379 Chr04 NC_080390.1:50343672-50343690promoter 内 3287-3305 bp - 696 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 50330508-50342976(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TGTATTCCATTTTGGGCCG
SmilChr01G002308 Chr01 NC_080387.1:40013561-40013579promoter 内 3274-3292 bp + 709 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 40014288-40021864(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 CTGTCTCCATTTTTGGTCC
SmilChr02G001027 Chr02 NC_080388.1:18191866-18191884promoter 内 3212-3230 bp + 771 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 18190439-18191095(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 ATTGCATAAAAGGAAAAAA
SmilChr03G000934 Chr03 NC_080389.1:10649588-10649606promoter 内 3192-3210 bp - 791 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 10647369-10648797(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTTTCCCCCTTTTTGGGAA
SmilChr01G003056 Chr01 NC_080387.1:49472499-49472517promoter 内 3190-3208 bp - 793 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 49471634-49471706(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 GTATTACTCTTTTTGGTAT
SmilChr06G001153 Chr06 NC_080392.1:11664678-11664696promoter 内 3158-3176 bp + 825 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 11665521-11668520(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TATTTTCTATTTTTGTATA
SmilChr01G003809 Chr01 NC_080387.1:56464129-56464147promoter 内 3127-3145 bp - 856 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 56461262-56463273(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TCGTTTCTATTTTTGTTCA
SmilChr04G001722 Chr04 NC_080390.1:28484466-28484484promoter 内 3119-3137 bp - 864 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 28482472-28483602(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 CAAGTTCCTTTTTTGGTTT
SmilChr05G002378 Chr05 NC_080391.1:26094629-26094647promoter 内 3095-3113 bp - 888 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 26092113-26093741(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTCTTATCATTTTTGGACA
SmilChr01G003862 Chr01 NC_080387.1:56883819-56883837promoter 内 3055-3073 bp + 928 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 56884765-56886698(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TCGTTTCTATTTTTGTTCA
SmilChr01G005932 Chr01 NC_080387.1:75088229-75088247promoter 内 3033-3051 bp + 950 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 75089197-75093357(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTTTTTCCTTTTATGCAAT
SmilChr01G001168 Chr01 NC_080387.1:23721966-23721984promoter 内 3029-3047 bp - 954 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 23722938-23723570(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 GCTGCAAAAATGGAAAGAA
SmilChr02G001824 Chr02 NC_080388.1:33268385-33268403promoter 内 3011-3029 bp + 972 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 33264556-33267413(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTAATAAAAGTGGAAAATT
SmilChr01G004569 Chr01 NC_080387.1:63738555-63738573promoter 内 2989-3007 bp - 994 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 63739567-63742028(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 CATCCCAAAAGAGAAAAAA
SmilChr01G003055 Chr01 NC_080387.1:49472499-49472517promoter 内 2970-2988 bp - 1013 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 49471408-49471486(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 GTATTACTCTTTTTGGTAT
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