转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004447; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027346-RA_Salv SmilChr02G004447 HD-ZIP XP_057797242.1 MP00200 AAAAGTAATGATTAC

可能结合的靶基因

9930 个结合位点 6661 个候选靶基因 第 116 / 134 下载 TSV

上一页 116 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004811 Chr02 NC_080388.1:70276360-70276374promoter 内 1267-1281 bp - 2720 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 70271070-70273640(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATGAACGATGATTAG
SmilChr01G001786 Chr01 NC_080387.1:32735354-32735368promoter 内 1217-1231 bp + 2770 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 32738138-32740854(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAGTATAATGATAAT
SmilChr02G004859 Chr02 NC_080388.1:70726038-70726052promoter 内 1202-1216 bp - 2785 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 70720193-70723253(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TAGAGAAATGATTAA
SmilChr03G002884 Chr03 NC_080389.1:45511935-45511949promoter 内 1114-1128 bp + 2873 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 45514822-45515380(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TATAATAATGATAAT
SmilChr02G000653 Chr02 NC_080388.1:9882172-9882186promoter 内 1071-1085 bp - 2916 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 9875624-9879256(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAGTAAAATGATTAT
SmilChr01G003648 Chr01 NC_080387.1:54951833-54951847promoter 内 1039-1053 bp + 2948 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 54954795-54957194(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATACTAATGATAAT
SmilChr01G003572 Chr01 NC_080387.1:54286073-54286087promoter 内 1010-1024 bp - 2977 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 54289064-54290069(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACAATCATTTTCATT
SmilChr01G002536 Chr01 NC_080387.1:43431441-43431455promoter 内 962-976 bp - 3025 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 43424648-43428416(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATTAAAATGATTAA
SmilChr01G005044 Chr01 NC_080387.1:68377395-68377409promoter 内 930-944 bp - 3057 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 68372151-68374338(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAAATAATGATGTA
SmilChr01G000313 Chr01 NC_080387.1:6051694-6051708promoter 内 858-872 bp - 3129 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 6045768-6048565(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAGTATAATGATAAT
SmilChr02G002644 Chr02 NC_080388.1:45831118-45831132promoter 内 846-860 bp + 3141 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 45834273-45835559(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATTAAAATGATTAA
SmilChr01G005963 Chr01 NC_080387.1:75354275-75354289promoter 内 842-856 bp - 3145 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 75357434-75360410(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTTTTATA
SmilChr01G005011 Chr01 NC_080387.1:68133812-68133826promoter 内 828-842 bp - 3159 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 68136985-68137404(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CCAATCATTTCTTCT
SmilChr01G001903 Chr01 NC_080387.1:34134965-34134979promoter 内 827-841 bp + 3160 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 34138139-34140145(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATACAAATGATTAT
SmilChr01G002719 Chr01 NC_080387.1:45465932-45465946promoter 内 794-808 bp + 3193 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 45469139-45471381(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTCACTAATGATGGA
SmilChr03G002490 Chr03 NC_080389.1:39581912-39581926promoter 内 665-679 bp + 3322 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 39585248-39588954(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAGTATAATGATAAT
SmilChr03G001928 Chr03 NC_080389.1:27061100-27061114promoter 内 634-648 bp + 3353 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 27064467-27066676(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATTAAAATGATTAA
SmilChr02G000381 Chr02 NC_080388.1:4777212-4777226promoter 内 629-643 bp + 3358 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 4772304-4773854(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TAAATCATTGCATTT
SmilChr01G001561 Chr01 NC_080387.1:29623631-29623645promoter 内 623-637 bp + 3364 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 29627009-29628114(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTGGATGATGATTAG
SmilChr01G004394 Chr01 NC_080387.1:62101604-62101618promoter 内 542-556 bp + 3445 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 62105063-62109085(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AACTATAATGATTTC
SmilChr01G002929 Chr01 NC_080387.1:48067607-48067621promoter 内 522-536 bp - 3465 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 48061372-48064142(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GGCATTAATGATGAG
SmilChr02G002548 Chr02 NC_080388.1:44343285-44343299promoter 内 511-525 bp - 3476 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 44337856-44339809(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TAGTTTGATGATTAC
SmilChr03G001181 Chr03 NC_080389.1:13564113-13564127promoter 内 405-419 bp + 3582 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 13557593-13560531(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTGATTTG
SmilChr02G000610 Chr02 NC_080388.1:8914876-8914890promoter 内 398-412 bp - 3589 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 8918479-8918931(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTTGTATT
SmilChr02G001605 Chr02 NC_080388.1:29878230-29878244promoter 内 361-375 bp - 3626 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 29881870-29888854(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATCTTCTTC
SmilChr01G000037 Chr01 NC_080387.1:600638-600652promoter 内 338-352 bp + 3649 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 604301-606337(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TATAATAATGATAAT
SmilChr03G003027 Chr03 NC_080389.1:47192594-47192608promoter 内 331-345 bp + 3656 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 47196264-47197202(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAGTGCAATGATTTT
SmilChr01G000344 Chr01 NC_080387.1:7010319-7010333promoter 内 310-324 bp - 3677 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 7014010-7031591(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATGACAATT
SmilChr01G004045 Chr01 NC_080387.1:58874060-58874074promoter 内 291-305 bp + 3696 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 58877770-58889743(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AGTAAAAATGATTAT
SmilChr03G001452 Chr03 NC_080389.1:17334341-17334355promoter 内 239-253 bp + 3748 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 17324997-17330593(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTTGTATT
SmilChr03G002196 Chr03 NC_080389.1:34581862-34581876promoter 内 121-135 bp + 3866 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 34577229-34577996(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACAATTATTACTTAT
SmilChr03G001696 Chr03 NC_080389.1:22521809-22521823promoter 内 110-124 bp - 3877 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 22514800-22517932(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAGAGAAATGATTGG
SmilChr01G004506 Chr01 NC_080387.1:63163461-63163475promoter 内 76-90 bp + 3911 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 63167386-63168771(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTTGAAATGATTAA
SmilChr02G004520 Chr02 NC_080388.1:67720020-67720034promoter 内 43-57 bp - 3944 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 67712220-67716076(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CGAACTGATGATTAA
SmilChr02G005473 Chr02 NC_080388.1:74984357-74984371promoter 内 652-666 bp + 3335 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 3 74987706-74989538(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AGTTATAATGATAAT
SmilChr03G001076 Chr03 NC_080389.1:12465318-12465332promoter 内 3881-3895 bp - 106 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 12465438-12468821(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAATCATTATCTCT
SmilChr01G005329 Chr01 NC_080387.1:70497880-70497894promoter 内 3779-3793 bp + 208 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 70493962-70497672(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATCAAATTT
SmilChr02G004399 Chr02 NC_080388.1:66338457-66338471promoter 内 3014-3028 bp - 973 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 66334013-66337484(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCATATGATGATTAA
SmilChr01G005572 Chr01 NC_080387.1:72479919-72479933promoter 内 2303-2317 bp - 1684 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 72481617-72483066(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTAATCATCATAGCA
SmilChr03G003155 Chr03 NC_080389.1:49523617-49523631promoter 内 2262-2276 bp - 1725 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 48912586-49521892(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TATTTTAATGATTGT
SmilChr02G003223 Chr02 NC_080388.1:53444832-53444846promoter 内 1915-1929 bp + 2072 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 53446918-53454401(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATGCTAATGATGTT
SmilChr02G003915 Chr02 NC_080388.1:61246597-61246611promoter 内 1458-1472 bp - 2529 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 61238750-61244068(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAAAAAATGATTAT
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SmilChr03G001266 Chr03 NC_080389.1:14676746-14676760promoter 内 1268-1282 bp + 2719 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 14668002-14674027(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTAATCCA
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SmilChr01G006017 Chr01 NC_080387.1:75751699-75751713promoter 内 3966-3980 bp + 21 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 75751734-75759911(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAGGGAAATGATTGA
SmilChr02G003187 Chr02 NC_080388.1:53012422-53012436promoter 内 3955-3969 bp - 32 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 53012468-53016493(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTCATCATTAATACA
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