转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002075; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008328-RA_Salv SmilChr07G002075 C2H2 XP_057773918.1 MP00485 TTTTTTTTTGTCGTTTTCTG

可能结合的靶基因

8059 个结合位点 7130 个候选靶基因 第 118 / 143 下载 TSV

上一页 118 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G005417 Chr02 NC_080388.1:74632041-74632060promoter 内 3980-3999 bp + 2 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 74626092-74632039(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GTGAAACCGACAAACCAAAA
SmilChr03G003383 Chr03 NC_080389.1:52197617-52197636promoter 内 3980-3999 bp + 2 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 52191407-52197615(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 ACGAAAACGACAAGTTAAAC
SmilChr04G004135 Chr04 NC_080390.1:56157065-56157084promoter 内 3971-3990 bp + 11 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 56157095-56162754(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTCTATTTTGTCATTTAATT
SmilChr01G000347 Chr01 NC_080387.1:7114820-7114839promoter 内 3967-3986 bp + 15 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 7114407-7114805(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CAGAACAAAACAAAAAGAAA
SmilChr08G003493 Chr08 NC_080394.1:37538457-37538476promoter 内 3967-3986 bp - 15 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 37538491-37542190(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GTGAAACCGACAAACCAAAA
SmilChr06G001484 Chr06 NC_080392.1:15817247-15817266promoter 内 3963-3982 bp + 19 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 15811774-15817228(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CCCAAAATGACAAAATGTTC
SmilChr02G005419 Chr02 NC_080388.1:74646988-74647007promoter 内 3935-3954 bp + 47 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 74643948-74646941(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GTGAAACCGACAAACCAAAA
SmilChr02G005404 Chr02 NC_080388.1:74576324-74576343promoter 内 3933-3952 bp - 49 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 74576392-74579080(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GTGAAACCGACAAACCAAAA
SmilChr08G003486 Chr08 NC_080394.1:37504005-37504024promoter 内 3930-3949 bp - 52 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 37504076-37507697(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GTGAAACCGACAAACCAAAA
SmilChr02G005405 Chr02 NC_080388.1:74583022-74583041promoter 内 3925-3944 bp + 57 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 74579314-74582965(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GTGAAACCGACAAACCAAAA
SmilChr02G005406 Chr02 NC_080388.1:74587197-74587216promoter 内 3920-3939 bp + 62 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 74584570-74587135(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GTGAAACCGACAAACCAAAA
SmilChr05G003617 Chr05 NC_080391.1:48301105-48301124promoter 内 3916-3935 bp + 66 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 48298390-48301039(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CAAAAGGGGACAAAAACTAT
SmilChr08G003884 Chr08 NC_080394.1:46043238-46043257promoter 内 3912-3931 bp + 70 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 46043327-46043412(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AGTATTTTTGTCATCATCTT
SmilChr03G004326 Chr03 NC_080389.1:61618668-61618687promoter 内 3903-3922 bp + 79 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 61616270-61618589(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CACTACACGACAACACTCAG
SmilChr06G002778 Chr06 NC_080392.1:40466528-40466547promoter 内 3894-3913 bp - 88 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 40466635-40469559(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAAAAAAAAACAAAAAAAGA
SmilChr08G004786 Chr08 NC_080394.1:57175005-57175024promoter 内 3880-3899 bp - 102 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 57175126-57176578(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GTGAATAAGACAAAACACAA
SmilChr03G004674 Chr03 NC_080389.1:64176767-64176786promoter 内 3874-3893 bp - 108 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 64176894-64183309(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAAAAAAAAACAAAAAAAGA
SmilChr07G001077 Chr07 NC_080393.1:7911309-7911328promoter 内 3857-3876 bp - 125 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 7911453-7914616(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CAAAACACAACAAAAAATAG
SmilChr02G005407 Chr02 NC_080388.1:74636905-74636924promoter 内 3828-3847 bp + 154 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 74584570-74636751(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GTGAAACCGACAAACCAAAA
SmilChr02G003576 Chr02 NC_080388.1:56936537-56936556promoter 内 3812-3831 bp - 170 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 56936726-56938115(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAGAAAAGAACAAAAAGGGG
SmilChr02G001624 Chr02 NC_080388.1:30169728-30169747promoter 内 3778-3797 bp + 204 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 30169951-30171198(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AGGTTTTTTGTCATATTCTC
SmilChr02G005202 Chr02 NC_080388.1:73287237-73287256promoter 内 3769-3788 bp + 213 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 73286223-73287024(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AATAATACGACAAGAACGAA
SmilChr02G005210 Chr02 NC_080388.1:73331504-73331523promoter 内 3768-3787 bp + 214 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 73330538-73331290(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AATAATACGACAAGAACGAA
SmilChr07G000623 Chr07 NC_080393.1:4215518-4215537promoter 内 3763-3782 bp + 219 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 4214514-4215299(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CCCATTAAGACAAAAAAATC
SmilChr02G003730 Chr02 NC_080388.1:58935121-58935140promoter 内 3759-3778 bp - 223 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 58929601-58934898(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 ACTAATTTTGTCTTTATTTC
SmilChr02G003526 Chr02 NC_080388.1:56415277-56415296promoter 内 3750-3769 bp - 232 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 56415528-56416856(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAGAAAAGAACAAAAAGGGG
SmilChr06G001085 Chr06 NC_080392.1:10850208-10850227promoter 内 3744-3763 bp - 238 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 10850465-10854304(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TAAAAAAAAACAAAAAAAAA
SmilChr05G001158 Chr05 NC_080391.1:9708697-9708716promoter 内 3707-3726 bp + 275 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 9706437-9708422(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AACTAAACTACAAAAATATG
SmilChr07G002885 Chr07 NC_080393.1:29101986-29102005promoter 内 3703-3722 bp + 279 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 29102284-29102733(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTTATTTCTGTCGTTTCCTC
SmilChr03G004590 Chr03 NC_080389.1:63738180-63738199promoter 内 3698-3717 bp + 284 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 63738483-63741036(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TGAAAATTTGTCGTATACTT
SmilChr05G002432 Chr05 NC_080391.1:26816800-26816819promoter 内 3648-3667 bp - 334 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 26817153-26822829(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CATAAAAAAACAAAAATGAA
SmilChr02G004964 Chr02 NC_080388.1:71555734-71555753promoter 内 3638-3657 bp - 344 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 71556097-71562272(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GAGAAGAAAACAAAAAAATA
SmilChr08G003559 Chr08 NC_080394.1:38268020-38268039promoter 内 3612-3631 bp - 370 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 38266321-38267650(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 ATTATATTTGTCGGATTTTG
SmilChr05G003939 Chr05 NC_080391.1:53159149-53159168promoter 内 3609-3628 bp - 373 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 53157152-53158776(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GAACATTTTGTCATTTTGGG
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