转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00019539-RA_Salv SmilChr04G003955 ERF XP_057805828.1 MP00120 GATATTGTCGGTGGT

可能结合的靶基因

7514 个结合位点 6144 个候选靶基因 第 13 / 123 下载 TSV

上一页 13 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G001328 Chr07 NC_080393.1:10217027-10217041promoter 内 1955-1969 bp - 2032 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 5 10219073-10225590(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCACCTCC
SmilChr01G004544 Chr01 NC_080387.1:63587576-63587590promoter 内 1504-1518 bp - 2483 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 5 63590073-63593410(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCACCTCC
SmilChr01G003041 Chr01 NC_080387.1:49398578-49398592promoter 内 2842-2856 bp + 1145 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 4 49399737-49402649(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGAGGTGGCGGTGGT
SmilChr01G003040 Chr01 NC_080387.1:49398578-49398592promoter 内 2688-2702 bp + 1299 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 4 49384449-49397279(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCACCTCC
SmilChr02G004208 Chr02 NC_080388.1:64348713-64348727promoter 内 859-873 bp + 3128 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 4 64342311-64345585(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCACCTCC
SmilChr04G004155 Chr04 NC_080390.1:56256210-56256224promoter 内 3466-3480 bp - 521 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 3 56252704-56255689(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGTGGTGGCGGTGGT
SmilChr07G001056 Chr07 NC_080393.1:7705629-7705643promoter 内 3166-3180 bp - 821 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 3 7703301-7704808(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGAATCGTCGGTGGA
SmilChr01G001779 Chr01 NC_080387.1:32685484-32685498promoter 内 2709-2723 bp + 1278 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 3 32686776-32690199(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGAGGTGGCGGTGGT
SmilChr01G005850 Chr01 NC_080387.1:74441755-74441769promoter 内 2319-2333 bp + 1668 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 3 74438105-74440087(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCACCTCC
SmilChr04G001141 Chr04 NC_080390.1:16815401-16815415promoter 内 2136-2150 bp - 1851 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 3 16808700-16813550(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGTGGTGGCGGTGGT
SmilChr01G005586 Chr01 NC_080387.1:72549419-72549433promoter 内 2008-2022 bp - 1979 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 3 72551412-72553133(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCACCTCC
SmilChr02G000660 Chr02 NC_080388.1:10045530-10045544promoter 内 610-624 bp + 3377 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 3 10033605-10042153(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCACCTCC
SmilChr05G003054 Chr05 NC_080391.1:38319433-38319447promoter 内 120-134 bp - 3867 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 3 38323314-38323796(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCACCTCC
SmilChr03G002179 Chr03 NC_080389.1:33868768-33868782promoter 内 2497-2511 bp + 1490 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 33863274-33867278(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCACCACC
SmilChr02G000289 Chr02 NC_080388.1:3679634-3679648promoter 内 2038-2052 bp - 1949 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 3676633-3677685(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGAGGTGGCGGTGGT
SmilChr08G004570 Chr08 NC_080394.1:55288457-55288471promoter 内 1763-1777 bp - 2224 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 55279534-55286233(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCCTTGTCGGTGGG
SmilChr05G000871 Chr05 NC_080391.1:6894319-6894333promoter 内 1565-1579 bp - 2422 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 6896755-6900763(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCACCTCC
SmilChr01G005310 Chr01 NC_080387.1:70351578-70351592promoter 内 1333-1347 bp + 2654 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 70348448-70348924(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCACCTCC
SmilChr01G005309 Chr01 NC_080387.1:70351578-70351592promoter 内 739-753 bp + 3248 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 70347307-70348330(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCACCTCC
SmilChr05G003053 Chr05 NC_080391.1:38319433-38319447promoter 内 666-680 bp - 3321 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 38314372-38316112(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGAGGTGGCGGTGGT
SmilChr08G002901 Chr08 NC_080394.1:28976047-28976061promoter 内 581-595 bp - 3406 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 28979467-28985858(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTCACCGACAAGGCC
SmilChr02G001682 Chr02 NC_080388.1:31056470-31056484promoter 内 249-263 bp - 3738 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 31060222-31061972(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCACCACC
SmilChr05G000870 Chr05 NC_080391.1:6894319-6894333promoter 内 228-242 bp - 3759 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 6888764-6890560(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGAGGTGGCGGTGGT
SmilChr06G002932 Chr06 NC_080392.1:42164360-42164374promoter 内 166-180 bp - 3821 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 42168195-42168665(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCACCTCC
SmilChr01G000184 Chr01 NC_080387.1:3166587-3166601promoter 内 3834-3848 bp - 153 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 3166754-3167811(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTCACCGACACCTCA
SmilChr07G001397 Chr07 NC_080393.1:10852137-10852151promoter 内 3800-3814 bp + 187 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 10852338-10853114(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGTGGTGGCGGTGGT
SmilChr01G006058 Chr01 NC_080387.1:76043043-76043057promoter 内 3584-3598 bp - 403 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 76039776-76042640(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTTGATGTCGGTGGA
SmilChr01G002631 Chr01 NC_080387.1:44611659-44611673promoter 内 3460-3474 bp + 527 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 44609104-44611132(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCCACCGACGCTCCC
SmilChr01G005161 Chr01 NC_080387.1:69386312-69386326promoter 内 2895-2909 bp - 1092 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 69381428-69385220(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGTGGTGGCGGTGGT
SmilChr02G000316 Chr02 NC_080388.1:3981427-3981441promoter 内 2515-2529 bp + 1472 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 3982913-3984679(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGAGGTGGCGGTGGT
SmilChr07G004673 Chr07 NC_080393.1:59677944-59677958promoter 内 2274-2288 bp + 1713 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 59679671-59688699(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCTTTGTCGGTGAG
SmilChr08G001539 Chr08 NC_080394.1:12547616-12547630promoter 内 2248-2262 bp - 1739 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 12544220-12545877(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGTGGTGGCGGTGGT
SmilChr08G000809 Chr08 NC_080394.1:5960372-5960386promoter 内 2198-2212 bp + 1789 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 5962175-5964349(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGTGGTGGCGGTGGT
SmilChr02G001625 Chr02 NC_080388.1:30170263-30170277promoter 内 2151-2165 bp - 1836 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 30172113-30174698(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCACCACC
SmilChr05G002677 Chr05 NC_080391.1:30242100-30242114promoter 内 2051-2065 bp + 1936 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 30244050-30246705(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GAATATGTCGGTGGT
SmilChr01G001500 Chr01 NC_080387.1:28857569-28857583promoter 内 2000-2014 bp - 1987 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 28851143-28855582(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGTGGTGGCGGTGGT
SmilChr01G004214 Chr01 NC_080387.1:60551712-60551726promoter 内 1971-1985 bp + 2016 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 60548645-60549696(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TGCACCGACACCAGC
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SmilChr02G000332 Chr02 NC_080388.1:4213004-4213018promoter 内 1641-1655 bp + 2346 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 4209441-4210658(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCACCTCC
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SmilChr01G003877 Chr01 NC_080387.1:57080113-57080127promoter 内 959-973 bp - 3028 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 57063543-57077085(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGTGGTGGCGGTGGT