转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G003404; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027732-RA_Salv SmilChr01G003404 bZIP XP_057773670.1 MP00184 TTGACAGCTGTA

可能结合的靶基因

9840 个结合位点 7147 个候选靶基因 第 135 / 143 下载 TSV

上一页 135 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G000890 Chr06 NC_080392.1:8417892-8417903promoter 内 1923-1934 bp + 2067 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 8419970-8421263(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AGACCAGCTGTT
SmilChr06G002362 Chr06 NC_080392.1:34399412-34399423promoter 内 1833-1844 bp + 2157 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 34401580-34407847(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GCAACAGCTGAA
SmilChr02G003210 Chr02 NC_080388.1:53278452-53278463promoter 内 1796-1807 bp + 2194 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 53280657-53285286(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GCAACAGCTGAA
SmilChr02G005475 Chr02 NC_080388.1:74992586-74992597promoter 内 1764-1775 bp + 2226 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 74994823-74996411(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GCAACAGCTGAA
SmilChr08G001179 Chr08 NC_080394.1:9465733-9465744promoter 内 1650-1661 bp - 2340 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 9458028-9463393(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GAGACAGCTGCT
SmilChr07G000427 Chr07 NC_080393.1:2975625-2975636promoter 内 1614-1625 bp + 2376 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 2970850-2973249(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AGGAGCTGTCAC
SmilChr02G004009 Chr02 NC_080388.1:62410572-62410583promoter 内 1578-1589 bp - 2412 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 62412995-62417878(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CACAGCTGTTGG
SmilChr02G004023 Chr02 NC_080388.1:62521550-62521561promoter 内 1549-1560 bp + 2441 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 62518392-62519109(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CCCAGCTGTTTC
SmilChr01G001860 Chr01 NC_080387.1:33555426-33555437promoter 内 1523-1534 bp - 2467 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 33557904-33559029(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TGCAGCTGTCTT
SmilChr04G003719 Chr04 NC_080390.1:53537991-53538002promoter 内 1499-1510 bp + 2491 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 53540493-53543900(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GCAACAGCTGAA
SmilChr06G002195 Chr06 NC_080392.1:30487967-30487978promoter 内 1495-1506 bp + 2495 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 30483934-30485472(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GGCAGCTGTAAC
SmilChr06G000038 Chr06 NC_080392.1:319394-319405promoter 内 1368-1379 bp - 2622 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 322027-325637(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AGCAGCTGTCTC
SmilChr02G003930 Chr02 NC_080388.1:61370389-61370400promoter 内 1325-1336 bp - 2665 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 61373065-61374600(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CACAGCTGTTGG
SmilChr05G002247 Chr05 NC_080391.1:24148527-24148538promoter 内 1312-1323 bp - 2678 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 24144159-24145849(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CCAACAGCTGTG
SmilChr06G000889 Chr06 NC_080392.1:8417892-8417903promoter 内 1305-1316 bp + 2685 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 8412523-8415207(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AACAGCTGGTCT
SmilChr02G001968 Chr02 NC_080388.1:35609839-35609850promoter 内 1281-1292 bp + 2709 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 35612559-35613464(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TGGACAGCTGCA
SmilChr01G003378 Chr01 NC_080387.1:52465169-52465180promoter 内 1272-1283 bp + 2718 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 52457879-52462451(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TACAGCTTTCTC
SmilChr04G000690 Chr04 NC_080390.1:8036397-8036408promoter 内 1120-1131 bp + 2870 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 8039278-8040309(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CCAACAGCTGTG
SmilChr07G000428 Chr07 NC_080393.1:2979031-2979042promoter 内 1109-1120 bp + 2881 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 2974828-2976150(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AGGAGCTGTCAC
SmilChr01G004180 Chr01 NC_080387.1:60255633-60255644promoter 内 1085-1096 bp + 2905 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 60242014-60252728(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CACAGCTGTTGG
SmilChr01G001355 Chr01 NC_080387.1:26816113-26816124promoter 内 1071-1082 bp - 2919 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 26811190-26813194(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CCAACAGCTGTG
SmilChr01G005149 Chr01 NC_080387.1:69270458-69270469promoter 内 1057-1068 bp - 2933 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 69266267-69267525(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GAGACAGCTGCT
SmilChr01G003948 Chr01 NC_080387.1:57856151-57856162promoter 内 1056-1067 bp - 2934 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 57859096-57862319(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TACAGCTTTCTC
SmilChr03G003470 Chr03 NC_080389.1:53162014-53162025promoter 内 1054-1065 bp - 2936 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 53164961-53171918(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTCAGCTGTTGC
SmilChr08G001403 Chr08 NC_080394.1:11244801-11244812promoter 内 923-934 bp - 3067 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 11247879-11250317(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CACAGCTGTTGG
SmilChr03G000053 Chr03 NC_080389.1:517632-517643promoter 内 879-890 bp - 3111 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 520754-524608(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TGCAGCTGTCTT
SmilChr06G001314 Chr06 NC_080392.1:13637718-13637729promoter 内 861-872 bp - 3129 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 13633574-13634589(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CCGACAGCTGCT
SmilChr02G005575 Chr02 NC_080388.1:75614375-75614386promoter 内 854-865 bp - 3136 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 75617522-75618245(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TGCAGCTGTCTT
SmilChr01G000789 Chr01 NC_080387.1:17180183-17180194promoter 内 851-862 bp - 3139 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 17175442-17177044(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTGACAGTTAGG
SmilChr03G000050 Chr03 NC_080389.1:517632-517643promoter 内 732-743 bp - 3258 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 510914-514374(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AAGACAGCTGCA
SmilChr07G000425 Chr07 NC_080393.1:2972088-2972099promoter 内 683-694 bp + 3307 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 2960732-2968781(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AGGAGCTGTCAC
SmilChr02G001890 Chr02 NC_080388.1:34187709-34187720promoter 内 649-660 bp + 3341 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 34191061-34193024(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CCGACAGCTGCT
SmilChr06G002995 Chr06 NC_080392.1:42846318-42846329promoter 内 634-645 bp + 3356 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 42837169-42842962(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AGCAGCTGTCGG
SmilChr03G001639 Chr03 NC_080389.1:21146101-21146112promoter 内 624-635 bp + 3366 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 21149478-21151086(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GAGAAAGCTGTA
SmilChr07G003897 Chr07 NC_080393.1:48985556-48985567promoter 内 622-633 bp - 3368 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 48966578-48982188(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AGACCAGCTGTT
SmilChr04G000219 Chr04 NC_080390.1:1915861-1915872promoter 内 586-597 bp + 3404 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 1908422-1912457(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CACAGCTGTTGG
SmilChr04G002960 Chr04 NC_080390.1:45951309-45951320promoter 内 574-585 bp + 3416 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 45954736-45964470(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GTTACAGCTGCC
SmilChr02G002082 Chr02 NC_080388.1:37407886-37407897promoter 内 520-531 bp + 3470 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 37393825-37404416(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AGCAGCTGTCTC
SmilChr01G001698 Chr01 NC_080387.1:31268606-31268617promoter 内 502-513 bp + 3488 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 31262793-31265118(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTCAGCTGTTGC
SmilChr08G001703 Chr08 NC_080394.1:14245586-14245597promoter 内 470-481 bp - 3520 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 14249117-14251279(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TACAGCTTTCTC
SmilChr01G002239 Chr01 NC_080387.1:38941891-38941902promoter 内 438-449 bp + 3552 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 38935535-38938339(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AGCAGCTGTCTC
SmilChr02G005574 Chr02 NC_080388.1:75614375-75614386promoter 内 421-432 bp - 3569 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 75608762-75610806(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AAGACAGCTGCA
SmilChr07G004133 Chr07 NC_080393.1:53056192-53056203promoter 内 357-368 bp + 3633 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 53050340-53052559(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AGCAGCTGTCTC
SmilChr02G001889 Chr02 NC_080388.1:34187709-34187720promoter 内 331-342 bp + 3659 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 34183245-34184050(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AGCAGCTGTCGG
SmilChr08G001166 Chr08 NC_080394.1:9344400-9344411promoter 内 327-338 bp - 3663 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 9348074-9350519(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AGCAGCTGTCTC
SmilChr06G000195 Chr06 NC_080392.1:1350673-1350684promoter 内 323-334 bp + 3667 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 1345771-1347006(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AGCAGCTGTCGG
SmilChr07G001028 Chr07 NC_080393.1:7502176-7502187promoter 内 303-314 bp + 3687 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 7497547-7498489(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CACAGCTGTTGG
SmilChr01G003042 Chr01 NC_080387.1:49412536-49412547promoter 内 229-240 bp + 3761 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 49402652-49408775(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTCAGCTGTTGC
SmilChr07G000426 Chr07 NC_080393.1:2972088-2972099promoter 内 203-214 bp + 3787 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 2966810-2968301(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AGGAGCTGTCAC
SmilChr02G000303 Chr02 NC_080388.1:3830435-3830446promoter 内 181-192 bp - 3809 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 3834255-3838689(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TACAGCTTTCTC