转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001829; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00004434-RA_Salv SmilChr06G001829 MYB XP_057766988.1 MP00510 TTTACCTACCTTT

可能结合的靶基因

9799 个结合位点 7526 个候选靶基因 第 141 / 151 下载 TSV

上一页 141 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr03G003619 Chr03 NC_080389.1:54851769-54851781promoter 内 1737-1749 bp - 2252 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 54854033-54855725(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CGAGTGAGGTAAA
SmilChr01G004201 Chr01 NC_080387.1:60480447-60480459promoter 内 1725-1737 bp - 2264 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 60477960-60478183(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTATTTCA
SmilChr04G002012 Chr04 NC_080390.1:32665605-32665617promoter 内 1704-1716 bp - 2285 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 32667902-32669430(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGCAATAGGTAAA
SmilChr05G001959 Chr05 NC_080391.1:20111393-20111405promoter 内 1643-1655 bp + 2346 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 20102755-20109047(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TCTGGTAGGTTCG
SmilChr03G001803 Chr03 NC_080389.1:24623550-24623562promoter 内 1295-1307 bp - 2694 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 24618859-24620856(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTCCTCCA
SmilChr03G001877 Chr03 NC_080389.1:26048666-26048678promoter 内 1126-1138 bp - 2863 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 26051541-26060128(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGCAATAGGTAAA
SmilChr04G003239 Chr04 NC_080390.1:49182224-49182236promoter 内 1110-1122 bp - 2879 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 49176806-49179345(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CGAACCTACCTGA
SmilChr04G000687 Chr04 NC_080390.1:8009511-8009523promoter 内 1101-1113 bp - 2888 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 8012411-8016481(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGTAATAGGTAAA
SmilChr04G003335 Chr04 NC_080390.1:50037186-50037198promoter 内 1059-1071 bp - 2930 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 50031945-50034256(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CGAACCTACCTGA
SmilChr01G000035 Chr01 NC_080387.1:568981-568993promoter 内 1024-1036 bp + 2965 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 571958-572815(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTCACGTT
SmilChr02G003456 Chr02 NC_080388.1:55838771-55838783promoter 内 985-997 bp + 3004 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 55832703-55835767(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTGTGAGGTAAA
SmilChr01G004252 Chr01 NC_080387.1:60803324-60803336promoter 内 942-954 bp + 3047 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 60806383-60807910(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTATTGCC
SmilChr03G000814 Chr03 NC_080389.1:9319357-9319369promoter 内 870-882 bp + 3119 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 9309624-9316238(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTGGATAGGTAAA
SmilChr03G001929 Chr03 NC_080389.1:27094117-27094129promoter 内 773-785 bp - 3216 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 27066717-27090901(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTATTGCC
SmilChr01G005775 Chr01 NC_080387.1:73841717-73841729promoter 内 767-779 bp + 3222 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 73830187-73838495(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAGGGTAGGTTTG
SmilChr01G005148 Chr01 NC_080387.1:69262376-69262388promoter 内 723-735 bp - 3266 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 69257401-69259110(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTATTATA
SmilChr02G001367 Chr02 NC_080388.1:25763872-25763884promoter 内 700-712 bp + 3289 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 25759521-25760583(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTCTTTAGGTAAA
SmilChr03G001876 Chr03 NC_080389.1:26048666-26048678promoter 内 692-704 bp - 3297 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 26022430-26045369(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTATTGCC
SmilChr03G003990 Chr03 NC_080389.1:58925855-58925867promoter 内 659-671 bp + 3330 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 58929197-58933163(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTACCTAAATGT
SmilChr04G003888 Chr04 NC_080390.1:54706836-54706848promoter 内 585-597 bp - 3404 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 54692658-54703432(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTATTGCC
SmilChr04G000333 Chr04 NC_080390.1:3071016-3071028promoter 内 490-502 bp - 3499 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 3066259-3067517(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGAACCTACCCCA
SmilChr04G001888 Chr04 NC_080390.1:30822996-30823008promoter 内 486-498 bp + 3503 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 30826511-30827499(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTCACGTT
SmilChr02G000616 Chr02 NC_080388.1:8974585-8974597promoter 内 477-489 bp - 3512 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 8978109-8984463(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TACAGTAGGTATC
SmilChr02G004525 Chr02 NC_080388.1:67844486-67844498promoter 内 428-440 bp + 3561 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 67838849-67840925(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTGTGAGGTAAA
SmilChr02G001765 Chr02 NC_080388.1:32394102-32394114promoter 内 419-431 bp - 3570 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 32384930-32390532(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTATTTCA
SmilChr04G003346 Chr04 NC_080390.1:50108745-50108757promoter 内 400-412 bp + 3589 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 50104510-50105156(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGCAATAGGTAAA
SmilChr04G003337 Chr04 NC_080390.1:50037186-50037198promoter 内 387-399 bp - 3602 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 50040800-50043893(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TCAGGTAGGTTCG
SmilChr04G003999 Chr04 NC_080390.1:55361210-55361222promoter 内 385-397 bp + 3604 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 55356537-55357606(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATAATAGGTAAA
SmilChr03G000450 Chr03 NC_080389.1:4813111-4813123promoter 内 333-345 bp - 3656 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 4816779-4817934(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGAAATAGGTAAA
SmilChr01G003098 Chr01 NC_080387.1:49784668-49784680promoter 内 304-316 bp - 3685 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 49788365-49792661(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGTTGTAGGTAGT
SmilChr04G003241 Chr04 NC_080390.1:49182224-49182236promoter 内 286-298 bp - 3703 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 49185939-49194530(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TCAGGTAGGTTCG
SmilChr02G000570 Chr02 NC_080388.1:8045869-8045881promoter 内 285-297 bp - 3704 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 8049585-8051478(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGGGGTAGGTTCC
SmilChr03G003770 Chr03 NC_080389.1:56847960-56847972promoter 内 284-296 bp + 3705 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 56836499-56844255(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GAAGGTAGGCACA
SmilChr04G002644 Chr04 NC_080390.1:41817524-41817536promoter 内 272-284 bp - 3717 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 41812893-41813807(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTCACCTA
SmilChr02G004120 Chr02 NC_080388.1:63475385-63475397promoter 内 252-264 bp + 3737 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 63479134-63483294(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAAAGAA
SmilChr01G002270 Chr01 NC_080387.1:39476954-39476966promoter 内 208-220 bp + 3781 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 39471441-39473173(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGCAATAGGTAAA
SmilChr02G004589 Chr02 NC_080388.1:68383676-68383688promoter 内 141-153 bp - 3848 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 68377213-68379828(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AGTACCTACTCAT
SmilChr03G001930 Chr03 NC_080389.1:27094117-27094129promoter 内 124-136 bp - 3865 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 27097994-27106553(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGCAATAGGTAAA
SmilChr05G002075 Chr05 NC_080391.1:21686185-21686197promoter 内 3261-3273 bp - 728 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 3 21676812-21685457(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTACACAC
SmilChr05G000768 Chr05 NC_080391.1:5984851-5984863promoter 内 3744-3756 bp - 245 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 5978121-5984606(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATACCTACTGAA
SmilChr03G001687 Chr03 NC_080389.1:22283250-22283262promoter 内 3710-3722 bp - 279 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 22282306-22282971(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTACAAAT
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SmilChr03G004282 Chr03 NC_080389.1:61245602-61245614promoter 内 2723-2735 bp - 1266 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 61241481-61244336(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTACACAC
SmilChr03G003000 Chr03 NC_080389.1:46818216-46818228promoter 内 2378-2390 bp - 1611 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 46819839-46820705(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTGTGTAGGTAAT
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SmilChr04G000091 Chr04 NC_080390.1:821804-821816promoter 内 1013-1025 bp - 2976 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 816821-818828(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTACAAAT
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SmilChr03G001490 Chr03 NC_080389.1:17955727-17955739promoter 内 3886-3898 bp - 103 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 17955842-17956975(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAGGTAGGTTTA