转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007215-RA_Salv SmilChr01G003955 WRKY XP_057779712.1 MP00450 AGCGTTGACTTTTT

可能结合的靶基因

9901 个结合位点 8044 个候选靶基因 第 15 / 161 下载 TSV

上一页 15 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002360 Chr01 NC_080387.1:40771864-40771877promoter 内 2483-2496 bp + 1505 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 40764308-40770359(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAACTAA
SmilChr05G002634 Chr05 NC_080391.1:29722791-29722804promoter 内 2124-2137 bp + 1864 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 29724668-29725425(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TGAGTTGACTTTGT
SmilChr07G003382 Chr07 NC_080393.1:36640404-36640417promoter 内 1842-1855 bp - 2146 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 36634903-36638258(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTAGTTGACTTTTG
SmilChr03G000925 Chr03 NC_080389.1:10590040-10590053promoter 内 1764-1777 bp - 2224 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 10592277-10598534(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAACACT
SmilChr06G001579 Chr06 NC_080392.1:17234223-17234236promoter 内 1299-1312 bp - 2689 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 17230181-17231534(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GTAGTTGACTTTCT
SmilChr02G000910 Chr02 NC_080388.1:15747408-15747421promoter 内 1289-1302 bp - 2699 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 15743999-15744709(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATCGTTGACTTTAA
SmilChr02G003187 Chr02 NC_080388.1:53009165-53009178promoter 内 698-711 bp - 3290 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 53012468-53016493(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGAAAGTCAACTAC
SmilChr01G004432 Chr01 NC_080387.1:62429491-62429504promoter 内 683-696 bp - 3305 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 62424756-62426186(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TCCGTTGACTTCTT
SmilChr06G002372 Chr06 NC_080392.1:34560571-34560584promoter 内 536-549 bp - 3452 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 34564036-34568701(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TGAAAGTCAACCCC
SmilChr05G002980 Chr05 NC_080391.1:36338410-36338423promoter 内 343-356 bp + 3645 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 36333557-36334765(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAGAAGTCAACGGA
SmilChr03G003135 Chr03 NC_080389.1:48601848-48601861promoter 内 196-209 bp + 3792 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 48583252-48598056(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CCAAAGTCAACCAC
SmilChr05G000567 Chr05 NC_080391.1:4265418-4265431promoter 内 60-73 bp - 3928 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 4257504-4261490(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TGGGTTGACTTTGT
SmilChr01G004434 Chr01 NC_080387.1:62429491-62429504promoter 内 7-20 bp - 3981 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 62433485-62434688(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAGAAGTCAACGGA
SmilChr07G000051 Chr07 NC_080393.1:211848-211861promoter 内 553-566 bp + 3435 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 4 215296-218185(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAGGTTGACTTTTA
SmilChr01G003138 Chr01 NC_080387.1:50166727-50166740promoter 内 3850-3863 bp + 138 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 3 50165129-50166589(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAGAAGTCAACGAG
SmilChr07G004328 Chr07 NC_080393.1:55857652-55857665promoter 内 2262-2275 bp + 1726 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 3 55848640-55855926(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GCAAAGTCAACTGC
SmilChr04G003893 Chr04 NC_080390.1:54728745-54728758promoter 内 3945-3958 bp - 43 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 54728801-54730380(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CCAAAGTCAACCCA
SmilChr02G003733 Chr02 NC_080388.1:58969711-58969724promoter 内 3354-3367 bp - 634 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 58964002-58969077(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGGGTTGACTTTGC
SmilChr07G000814 Chr07 NC_080393.1:5744232-5744245promoter 内 2839-2852 bp + 1149 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 5741070-5743083(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAGGC
SmilChr03G004162 Chr03 NC_080389.1:60389117-60389130promoter 内 1035-1048 bp - 2953 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 60392083-60393964(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAGCT
SmilChr02G000003 Chr02 NC_080388.1:25706-25719promoter 内 627-640 bp + 3361 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 21172-22345(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAGGC
SmilChr02G000493 Chr02 NC_080388.1:6747775-6747788promoter 内 624-637 bp - 3364 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 6751152-6755117(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAGGC
SmilChr05G004158 Chr05 NC_080391.1:55501853-55501866promoter 内 463-476 bp + 3525 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 55494715-55498328(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAGCT
SmilChr04G002533 Chr04 NC_080390.1:40428762-40428775promoter 内 3677-3690 bp + 311 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 40429086-40434077(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAAGTTGACTTTTA
SmilChr04G003585 Chr04 NC_080390.1:52286644-52286657promoter 内 3633-3646 bp + 355 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 52285399-52286289(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CCAAAGTCAACTGT
SmilChr05G003742 Chr05 NC_080391.1:50528674-50528687promoter 内 3471-3484 bp + 517 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 50529204-50531256(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAAGTTGACTTTTA
SmilChr03G001105 Chr03 NC_080389.1:12723257-12723270promoter 内 3435-3448 bp + 553 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 12723823-12724932(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACAGTTGACTTTGG
SmilChr07G000081 Chr07 NC_080393.1:401705-401718promoter 内 3056-3069 bp - 932 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 394187-400773(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAAGTTGACTTTTA
SmilChr01G004623 Chr01 NC_080387.1:64254473-64254486promoter 内 2973-2986 bp + 1015 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 64255501-64262368(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CTCGTTGACTTTAC
SmilChr04G001700 Chr04 NC_080390.1:28129119-28129132promoter 内 2856-2869 bp - 1132 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 28124056-28127987(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGCTTTGACTTTTT
SmilChr03G000461 Chr03 NC_080389.1:4921019-4921032promoter 内 2793-2806 bp + 1195 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 4911930-4919824(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TAAAAGTCAACTAT
SmilChr03G004240 Chr03 NC_080389.1:60933537-60933550promoter 内 2731-2744 bp + 1257 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 60928567-60932280(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAAAAGTCAACTGA
SmilChr06G001617 Chr06 NC_080392.1:17983062-17983075promoter 内 2590-2603 bp + 1398 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 17978972-17981664(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGGAAGTCAACGGC
SmilChr03G004592 Chr03 NC_080389.1:63752818-63752831promoter 内 2577-2590 bp - 1411 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 63748546-63751407(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAAGTTGACTTTTA
SmilChr07G003954 Chr07 NC_080393.1:50050137-50050150promoter 内 2554-2567 bp - 1434 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 50041000-50048703(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATAGTTGACTTTTA
SmilChr07G003710 Chr07 NC_080393.1:44828561-44828574promoter 内 2431-2444 bp + 1557 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 44820859-44827004(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAACACT
SmilChr05G001189 Chr05 NC_080391.1:9979327-9979340promoter 内 2327-2340 bp + 1661 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 9974153-9977666(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAAAAGTCAACTGA
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SmilChr02G000752 Chr02 NC_080388.1:12268350-12268363promoter 内 2084-2097 bp + 1904 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 12265035-12266446(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CCAAAGTCAACCCA
SmilChr06G000225 Chr06 NC_080392.1:1504353-1504366promoter 内 1795-1808 bp + 2193 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 1506559-1506661(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TCAGTTGACTTTTC
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SmilChr06G002648 Chr06 NC_080392.1:38261465-38261478promoter 内 1246-1259 bp - 2742 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 38264220-38266544(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GCAAAGTCAACTGC
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SmilChr05G004160 Chr05 NC_080391.1:55501853-55501866promoter 内 875-888 bp + 3113 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 55504979-55507681(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGCTTTGACTTTTT
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SmilChr02G003292 Chr02 NC_080388.1:54199457-54199470promoter 内 765-778 bp - 3223 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 54190962-54196234(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGTGTTGACTTTTG